Советские специалисты вплоть до конца XX в. были лишены доступа «в поле» и в основном вынуждены были работать с информантами из числа африканских студентов в СССР. Ситуация изменилась в начале XXI в., когда российские учёные получили возможность работать непосредственно в поле. За последние полтора десятилетия российские лингвистические экспедиции побывали во всех крупных регионах Африки, работали в Кот-д’Ивуаре, Гвинее, Эфиопии, Танзании, ЮАР, Нигерии и других странах. Российские учёные-лингвисты сегодня входят в состав многочисленных международных полевых команд, исследующих языки Африки. Помимо западных и российских экспедиций, в Африке работают учёные японских и китайских университетов. Крупнейшим центром полевого изучения языков Африки остаётся SIL International, изначально именовавшийся Летним институтом лингвистики. С 1961 г. SIL ведёт работу в Африке по документации малоисследованных языков, сбору и обработке социолингвистических данных, публикации грамматик и словарей африканских языков. Подразделения SIL в странах Западной Африки остаются важными центрами научной мысли.
Большим подспорьем в изучении языков Африки и реконструкции их доисторического прошлого может стать приобретающий в последнее время всё бóльшую популярность междисциплинарный подход к решению проблем доисторического развития языка. Наиболее перспективным видится сотрудничество лингвистов с археологами, палеоботаниками и генетиками. В частности, реконструкция климатического состояния отдельных регионов Субэкваториальной Африки в II–I тысячелетиях до н. э. уже сегодня позволяет сделать ряд важных выводов о направлениях миграций бантуязычных народов к югу через коридоры, образованные в зоне экваториальных лесов. Археологические раскопки расширяют объём данных об антропологических разновидностях популяций Тропической Африки начиная с раннего неолита, хотя эта работа движется довольно медленно: почвы на большей части территории влажных экваториальных лесов от бассейна Нигера и до бассейна Конго не способствуют сохранению окаменелых останков. Отметим рост внимания к проблемам палеоботаники Африки, особенно в свете анализа специфической по происхождению природной лексики в языках пигмеев Центральной Африки, изолированных языках Восточной Африки, а также острова Мадагаскар.
Развитие геногеографических исследований начиная с 1990-х гг. привело к появлению ряда интересных гипотез о происхождении и генетических связях народов Африки, часть из которых коррелирует с данными сравнительного языкознания. Эти гипотезы подробно описаны в ряде работ итальянского учёного Л. Кавалли-Сфорца и его коллег. В их работах народы Африки разделены на четыре основных генетических типа:
а) кавказоидный тип жителей Северной Африки и Африканского Рога;
б) негроидный тип, распространённый на большей части территории континента южнее Сахары;
в) пигмеи, небольшие очаги распространения которых рассеяны по обширной территории Субэкваториальной Африки;
г) койсаноиды Южной Африки [Cavalli-Sforza et al. 1994].
Нетрудно заметить, что народы первого типа в основном говорят на афразийских языках, а последнего – на койсанских языках. Негроидный тип, согласно выводам авторов, распространялся по континенту с северо-запада на юго-восток из районов Сахары и Сахеля. Высчитывая «генетическое расстояние» между представителями различных языковых семей Западной Африки, авторы выделяют три родственные группы: народы Сенегала, народы Нигерии и широкое объединение народов Западной Африки, включающее носителей языков манде, гур, кру, а также ряда языков семьи ква на западе Нигерии.
В то же время наблюдаются серьёзные различия на генетическом уровне между указанными тремя группами популяций и, например, носителями чадских и нило-сахарских языков. Среди атлантических народов Западной Африки выделяется небольшая группа носителей языка бедик, генетические данные которых оказались весьма далеки от данных других народов атлантической семьи языков. Что же касается пигмеев бассейна р. Конго и Великих озёр, говорящих сегодня на языках банту (народности ака, мбути, бака и др.), то данные генетики позволяют утверждать, что пигмеи представляют особую группу, не связанную родством с другими народами Тропической Африки. О том же свидетельствует и мощный субстратный слой в языках центральноафриканских пигмеев, где до 30 % лексического фонда (в основном природной лексики и профессиональных терминов охоты и собирательства) имеют неизвестное происхождение.