Важным событием в современной истории Дальней авиации России стало возвращение в ее состав части оставшихся на территории Украины стратегических самолетов Ту-160 и Ту-95МС. Соответствующие межправительственное соглашение, после многолетних переговоров, было подписано летом 1999 г., и в 2000 г. 37-я ВА ВВС России пополнилась перелетевшими с Украины восемью самолетами Ту-160 и тремя Ту-95МС. Кроме того, в том же 2000 г. авиационный завод в Казани смог достроить и передать Дальней авиации еще один новый Ту-160. Все это позволило сформировать в составе ВВС России полноценный полк на этих наиболее совершенных в России стратегических самолетах. До трагической катастрофы 18 сентября 2003 г. на вооружении 121-го полка в Энгельсе находилось 15 бомбардировщиков-ракетоносцев Ту-160. Недавно Министерство обороны России объявило о своих планах приобрести у промышленности еще один самолет данного типа. После этого численность группировки Ту-160 в ВВС России будет восстановлена на прежнем уровне. Печально заметить, что большинство оставшихся на Украине дальних и стратегических бомбардировщиков, в т.ч. таких уникальных машин, какими являются Ту-160, во второй половине 90-х гг. были подвергнуты там утилизации.
Согласно данным ежегодника Military Balance, по состоянию на 2002-2003 гг., помимо 15 самолетов Ту-160, Дальняя авиация России располагала 63 дальними стратегическими ракетоносцами Ту-95МС, 125 дальними бомбардировщиками-ракетоносцами Ту-22М3, 20 самолетами-заправщиками Ил-78 и 30 учебно-боевыми самолетами Ту-134УБЛ.
Несмотря на значительное сокращение численности дальней и стратегической авиации, по сравнению с советскими временами, Дальняя авиация России по прежнему способна эффективно выполнять ставящиеся перед ней задачи. Об этом, в частности, свидетельствует практика крупномасштабных летно-тактических учений и стратегических командно-штабных тренировок, регулярно проводимых в последние годы Министерством обороны России.
Так, в ходе стратегических командно- штабных учений «Запад-99», состоявшихся летом 1999 г. после почти шестилетнего перерыва в подобных тренировках, две пары самолетов Ту-95МС и Ту-160 совершили многочасовые полеты с авиабазы Энгельс с дозаправками в воздухе от заправщиков Ил-78 в район Исландии и в Норвежское море, сымитировав удары по целям противника.
В 2000, 2001 и 2002 гг. тяжелобомбардировочные авиаполки Дальней авиации, вооруженные самолетами Ту-160, Ту-95МС и Ту-22М3, ежегодно успешно выполняли в среднем по 10 практических пусков крылатых ракет воздушного базирования.
В 2003 г. стратегические ракетоносцы Ту-160 и Ту-95МС впервые в новейшей истории России совершили сверхдальний перелет и учебные пуски крылатых ракет в акватории Индийского океана. Учения проходили в два этапа в воздушном пространстве России, а также в океанских стратегических районах Северного Ледовитого и Тихого океанов. Впервые за все постсоветские годы бомбардировщики Ту-160, Ту-95МС и Ту-22М3 Дальней авиации практически одновременно поднялись в воздух с нескольких аэродромов и направились выполнять поставленные учебно-боевые задачи сразу в разных районах, в том числе далеко за пределами страны. После многочасового полета по назначенным маршрутам бомбардировщики выполнили практические и тактические пуски ракет воздушного базирования и бомбометание на полигонах на севере и юге России.
В августе 2003 г. пара стратегических ракетоносцев Дальней авиации Ту-160 приняла участие в широкомасштабных командно-штабных учениях Тихоокеанского флота «Восток-2003». Согласно планам учений, пара Ту-160 под прикрытием истребителей Су-27 вылетела в дальнюю океанскую зону (несколько тысяч километров от побережья России), где по данным средств космической разведки и целеуказания обнаружила и идентифицировала условную надводную цель противника, проведя ее условное поражение.
Во время стратегической командно- штабной тренировки Вооруженных Сил России в феврале 2004 г. экипажи стратегических бомбардировщиков-ракетоносцев Ту-160 и Ту-95МС выполнили почти 20 самолето-вылетов, причем налет личного состава только за два дня учений составил около 130-140 ч. В частности, экипажи двух Ту-95МС, взлетевших с аэродрома Энгельс, выполнили практические пуски крылатых ракет воздушного базирования типа Х-55, успешно поразив условные цели на одном из северных полигонов России в районе Новой Земли. Полет двух ракетоносцев Ту-95МС с авиабазы Энгельс в район Баренцева моря и обратно продолжался более 9 ч и проходил в сложных метеоусловиях. Несмотря на это экипажи полностью справились с поставленными задачами.