Сюжет «Яконура» построен на столкновении двух противоборствующих лагерей. Один из них составляют сторонники возведенного на берегу озера Яконур химического комбината, его руководители, а также научные работники, для которых административная деятельность и соответствующая карьера стали важнее подлинного научного творчества и элементарных требований совести. Представители этого лагеря равнодушны к судьбе озера и его обитателей, к жизненно важным проблемам, волнующим лагерь «другого берега».
Лагерь этот представлен абсолютным большинством персонажей. Здесь и целая плеяда талантливых ученых, в числе которых и маститые академики, и только что вступившая на эту стезю молодежь. Здесь и династия Чалпановых — исконных сибиряков, уроженцев Яконура, а среди них — капитаны, охотники, рыбаки, художник… Понятно, что именно на этих людях сосредоточены авторские симпатии, именно представители этого лагеря, всяк по-своему, в сомнениях, ошибках, долгих раздумьях, в борьбе, приходят к пониманию и ощущению своей органической, кровной связи с Яконуром, то есть с природой, ее живым дыханием, с преемственностью поколений, эстафетой жизни, передаваемой из прошлого в будущее. И — к сознанию своей личной высокой ответственности за поступки, характер и направление научного поиска, за последствия совершаемого.
Так Яконур становится символом — философским, поэтическим, публицистическим, отнюдь не теряя при этом своего реального, собственно «озерного» облика. Писатель последовательно, через судьбу каждого из героев, проводит мысль о том, что служение Яконуру — не только правое и единственно возможное для настоящего человека, но и крайне трудное дело. Оно требует полной самоотдачи, оно чревато опасностями, вступившие на этот путь всегда должны быть готовы к чередованию падений и взлетов, к поступкам, требующим гражданского мужества. Здесь недопустимы компромиссы и сделки с собственной совестью, здесь нужно обладать огромным запасом нежности и терпенья, мудрости, стойкости, доброты, душевного размаха и воли. И если этих свойств недостает, их надобно воспитывать, растить в себе…
Именно такими людьми предстают в романе крупный ученый Леонид Лаврентьевич, чаще выступающий в действии под прозвищем Элэл, образованным сочетанием инициалов, его учитель — старый академик, именуемый Стариком, молодой научный работник Ольга Чалпанова — одна из наиболее ярких представительниц упомянутой выше «яконурской» династии. Заметной долей названных выше качеств располагают соратники Элэл: Яков Фомич, Михалыч, Валера, Грач, возлюбленная Элэл Маша-Машенька, Иван Егорович Чалпанов — капитан в отставке, его брат Карп — инспектор рыбнадзора и ряд других представителей «яконурского» лагеря. Особое, по сути, центральное место в романе отведено молодому ученому Герасиму. В душе этого человека происходит постоянная борьба. Он довольно долго мечется между двух лагерей, хотя всегда отдает себе отчет в том, что его тянет к себе именно «яконурский». Но поскольку слишком долог и труден искус служения делу Яконура, поскольку Герасиму часто кажется, что для быстрейшего и наиболее прямого пути к большой цели хороши если не любые, то многие средства, в том числе и те, которые требуют хотя бы временных, частичных компромиссов, приспособлений и прочих «тактических» ходов, постольку он и решается на такие ходы, то есть оступается, понимает, что уронил себя в глазах людей, которых любит и уважает, терзается угрызениями совести, чувством обиды и одиночества, погружается в духовную прострацию… Но вновь поднимается, бросается в очередную схватку, выходит на верный путь, где опять его ждут трудности, препятствия, утраты, поражения, соблазн компромиссных решений… Так, во взлетах и падениях, в постоянных размышлениях и самооценках проходит Герасим через роман. Но это — путь восхождения… В финале романа этот герой уже достигает тех рубежей научной и духовной зрелости, на которых находились Старик, Ольга, Элэл… Более того — он становится преемником двух последних, ибо они к этому времени почти одновременно погибают, сгорая во славу Яконура — каждый по-своему.