Другого березня 1945 р., поки Флінн іще проводив зустрічі, Сталін і Молотов викликали полковника Карпова і наказали йому підготувати меморандум про протидію впливу Ватикану на західних прикордонних територіях СРСР і на світовій арені. Пропозиції Карпова були схвалені 16 березня, перш ніж Флінн доїхав до Рима. Головними жертвами наступу на Ватикан стали члени п’ятимільйонної Української греко-католицької церкви, керівників якої заарештували 11 квітня. Церкву офіційно скасували на скликаному НКВС у березні наступного року синоді. Її вірянам наказали приєднатися до Російської православної церкви; ті, хто цього не зробив, були змушені піти в підпілля[572].
Місія Флінна стала поштовхом до наступу на права католиків та греко-католиків у СРСР, але Флінн міг стверджувати, що він долучився до їхньої толеранції у захоплених Червоною армією країнах Східної Європи, а це було головною ціллю його місії. Одразу після Ялти радянці намагалися бути максимально приязними до католицьких інституцій у Східній Європі, але ця доброзичливість не поширювалася на радянську територію. Характерно, що на той час відкритий наступ Сталіна на католицьку церкву обмежувався визначеними для СРСР у Ялті кордонами. Навіть Закарпатську область, яка стала частиною Української Радянської Соціалістичної Республіки влітку 1945 р., не чіпали до 1949 р. Греко-католицька церква також вижила на українських територіях на захід від лінії Керзона, які залишилися частиною Польщі.
Наївне прагнення Рузвельта забезпечити свободу віросповідання в СРСР, яке він уперше озвучив восени 1941 р., коли хотів пролобіювати в Конгресі ленд-ліз для Радянського Союзу, мало непередбачені наслідки відродження в СРСР цезарепапізму, старої імперської традиції, згідно з якою православна церква керувалася як частина російського уряду. Під час підготовки до Тегеранської конференції Сталін не тільки розпорядився розпустити Комуністичний інтернаціонал, за допомогою якого Москва контролювала комуністичні партії та комуністичні рухи в усьому світі, але також уперше з 1920-х рр. дозволив обрати православного патріарха. Переслідування церкви атеїстичною державою, яке було офіційною політикою після революції 1917 р., тимчасово призупинилося. Мета полягала в тому, щоб представити образ Радянського Союзу як країни, яка поважає релігійні переконання своїх громадян, і таким чином полегшити для західних лідерів співпрацю із комуністичним союзником.
Саме цей образ Сталін прагнув продемонструвати в бесіді з польським католицьким священиком зі США, отцем Станіславом Орлеманським, у квітні 1944 р. Його послання призначалося для західних урядів і поляків у Сполучених Штатах, а також у Польщі. «Ми не людожери, — сказав Сталін священикові. — Ми, більшовики, маємо пункт у нашій програмі, який передбачає свободу релігійних переконань. Із перших днів існування радянської влади ми ставили собі за мету реалізувати цей пункт. Проте бунтівна поведінка активістів православної церкви відібрала у нас можливість реалізувати цей пункт, і уряд мусив прийняти битву після того, як церква наклала прокляття на радянську владу. На цій підставі виникли непорозуміння між представниками релігії та радянським урядом. Це було до війни з німцями. Після початку війни з німцями люди й обставини змінилися. Війна усунула відмінності між церквою та державою, віряни зреклися свого бунтівного ставлення, а радянський уряд відмовився від свого войовничого ставлення до релігії»[573].
Сталін, колишній православний семінарист, тепер був готовий використати церкву для досягнення своїх міжнародних цілей. Після Ялти, як і після пакту Молотова-Ріббентропа, коли він уперше окупував Західну Україну, Західну Білорусь та країни Балтії, Сталін хотів використати церкву, щоб утримати щойно придбані території та тісніше зв’язати їх із Москвою. Сталін ішов шляхом царів, які «возз’єднували» українських та білоруських католиків із Російською православною церквою впродовж XIX століття. Царі не змогли виконати цю мету в Галичині, яка належала Габсбургам, але після війни Сталін, семінарист із незавершеною освітою, який перетворився на комуністичного диктатора, остаточно здійснив мрію Романових. Коли радянська влада поклала кінець легальній діяльності греко-католицької церкви в Україні, її парафії та вірних забрала Російська православна церква.
Тимчасом як Ялта відходила в минуле, Сталін, здавалося, дедалі менше спирався на співпрацю з союзниками. Навпаки, він проводив нові лінії поділу в Європі. Він був готовий поступитись у питанні розчленування Німеччини, але прагнув закріпитися Польщі та на колишніх польських територіях, які він приєднав до Радянського Союзу. На включених до СРСР колишніх польських територіях Сталін узявся не тільки зсувати державні кордони, але й перероблювати цивілізаційні лінії розлому, які століттями відділяли православний схід від католицького заходу. І хоч ця справа досягла короткострокового успіху, на довшу перспективу її не вистачило. Греко-католицька церква пішла в підпілля і була успішно відроджена 1989 р. завдяки зусиллям своєї пастви і за підтримки папи Івана Павла ІІ. Її відродження збіглося із закінченням холодної війни та розпадом комуністичного блоку у Східній Європі. Якщо державні кордони, створені в Ялті, залишилися незмінними, то релігійні кордони повернулися на старі позиції.