Необходимо добавить, что, хотя раковинные кучи имеют особую важность с точки зрения содержания артефактов периода неолита, в действительности они составляют лишь небольшой процент археологических памятников эпохи Дзёмон. Даже сам характер кьёккенмёдингов представляет большой интерес для стратиграфии: в простейших по составу кучах верхние слои состоят из земли, перемешанной с раковинами, средние слои — из раковин и постороннего мусора, а нижние — из раковин, перемешанных с землей. В куче раковины редко находятся ниже 130 сантиметров от поверхности — и это несмотря на то, что высота кучи в отдельных случаях зависит от рельефа места, где она была устроена. Так, существует и кьёккенмёдинг толщиной более 6 метров. Есть раковинные кучи — например в Касори, где чередование слоев земли или золы указывают на то, что заложившие ее люди насильно или по собственной воле покинули нажитое место, но затем через некоторое время сами вернулись туда или же их место занял кто-то другой (рис. 2). Такие передвижения, возможно обусловленные сезонными колебаниями состояния пищевых ресурсов, являются бесценными для археологов с точки зрения связанных с ними изменений типов артефактов. Размеры раковинной кучи в Касори значительно превышают размеры кьёккенмёдинга равнины Канто. По форме она напоминает цифру 8, ее длина с севера на юг составляет более 360 метров, а с запада на восток — около 180 метров. В ходе ее раскопок в 1936 году не было выявлено никакой преемственности типов керамики, тем не менее, эта раковинная куча дала свое имя двум самостоятельным типам керамики, найденным на двух участках раскопок — Касори Е и Касори В.
Достаточно часто прямо под основаниями куч или же в непосредственной близости к кучам встречаются ямы от полуземлянок, однако в связи с отсутствием необходимых для осуществления раскопок признаков, указывающих на возможное наличие остатков других жилищ по соседству, фактическое расположение жилищ, в том числе и относительно раковинной кучи, не всегда можно установить. Во многих случаях люди строили свое жилье к югу от куч. Как предполагал Н. Мунро, возможно, это объясняется стремлением жить как можно дальше от неприятного запаха, который делался особенно невыносимым в жаркие и влажные летние дни. Однажды летом, когда автор наблюдал за раскопками кьёккенмёдинга, располагавшегося около навозохранилища, он понял, что эта версия не так уж далека от истины.
В нижнем слое раковин, а то и в нижнем слое земли часто встречаются захоронения, сохранившиеся именно благодаря раковинам. Вероятно, покойников клали в специально вырытые в раковинных кучах неглубокие ямы — их делали даже несмотря на то, что подготовка таких ям была трудным и малоприятным делом. Считается, что эти захоронения производились в то время, когда куча уже существовала. А погребения и ямы от жилищ, находящиеся под слоем раковин, возможно, по времени очень близки к началу закладки кьёккенмёдинга, или, как считают некоторые, остались от ранее живших на этом месте людей. Когда раковинная куча устроена непосредственно на полу постройки, это говорит о том, что она была заложена сразу же после того, как дом был покинут его обитателями. Люди могли оставить его по целому ряду причин, однако иногда создается впечатление, что кьёккенмёдинги просто вытесняли жилые дома и люди вынуждены были переносить свое жилье подальше от раковинных куч.
Значительную часть года древние люди жили в полуземлянках. Это было вызвано необходимостью: в Тохоку и на Хоккайдо, где к настоящему моменту найдено много таких жилищ, довольно холодный климат. Нет сомнения, что в дальнейшем при раскопках будут обнаружены и другие жилища. В горах Канто и Тюбу люди обычно строили себе именно такое жилье. Типичная полуземлянка имела длину от 4,5 до 6 метров и почти такую же ширину, пол находился на глубине более 70 сантиметров от поверхности земли. В землю вкапывали 4 или больше столба, между собой их соединяли поперечными балками в количестве 4 или более штук. Затем по сторонам будущего дома устанавливали жерди. Их вкапывали под наклоном, так, что верхние концы одного ряда жердей скрещивались с верхними концами противоположного ряда. Сверху на скрещенные концы горизонтально клали еще одну жердь (рис. 3). Жерди и балки связывали между собой и покрывали корой или листьями деревьев, а иногда землей. Вход в дом в ранних жилищах представлял собой обычный лаз, а в более поздних — дверной проем, оборудованный при помощи двух жердей и имевший выступавший над ним навес. Изнутри дома к выходу вела наклонная насыпь. Снаружи постройку окружали водоотводной канавкой. Как правило, существует закономерность: чем сложнее устроен вход в жилище, тем к более позднему периоду оно относится. В некоторых домах полы вымощены большими гладкими камнями (этот вариант особенно предпочитали в гористых районах). В среднем периоде эпохи Дзёмон и позднее рядом с центром дома делали очаг. Жилища этого периода находят чаще всего, обычно это небольшие поселения из 15 и более домов.
Жилищ раннего Дзёмон известно очень мало, причем необязательно это объясняется более теплым климатом в тот период. Скорее причина состоит в меньшей численности населения и, соответственно, в целом в небольшом количестве сохранившихся археологических памятников. Также нельзя не принимать во внимание, что люди раннего Дзёмон пользовались самыми примитивными орудиями труда, с помощью которых они рыли свои полуземлянки, и, соответственно, результаты их труда оказались менее долговечными. В Хаямидзудаи в префектуре Оита найдена яма от полуземлянки площадью около 4,5 квадратных метров, относящаяся, вероятно, к очень раннему периоду. В период Каяма на равнине Канто жилища имели примерно квадратную форму и закругленные углы, очагов в них еще не было. В период Мороисо дома впервые приобрели округлую форму, однако многие хозяева предпочитали придерживаться более традиционных форм (рис. 3, б). Количество ямок от столбов и шестов в прямоугольных жилищах раннего Дзёмон сильно варьируется — их бывает от 20 до 40 (рис. 3, а). Судя по всему, длина построек иногда увеличивалась — вероятно, это было связано с ростом числа членов семьи или было вызвано какими-то чрезвычайными обстоятельствами. Яма жилища D из группы В в деревне Фукуока, графство Ирума, префектура Сайтама, принадлежала одной из самых больших известных на данный момент жилых построек, ее размеры — 7,4 метра в длину и 6,7 метра в ширину. Строение имело сложную систему канавок и входов и, вероятно, неоднократно достраивалось — об этом можно судить по тому, что переносились места очагов. Четыре раза расширяли и другое жилище, обнаруженное под раковинной кучей Симайбата на территории Большого Токио. В остатках строения размерами всего 4,5 х 4,2 метра была найдена керамика раннего Дзёмон нескольких типов (Ханадзуми, Секияма и Мороисо), а также 9 очагов различной формы. Очевидно, все это означает, что прямоугольная форма многих жилищ не была результатом воплощения первоначальных планов строителей и стихийно появлялась в процессе жизни. Судя по остаткам немногих сохранившихся жилищ раннего Дзёмон, частью внутреннего убранства помещения были деревянные полки, которые устанавливались на деревянных опорах. Очаги, которые находят сравнительно редко, имеют овальную форму и обложены камнями, обычно они расположены в западной или центральной части помещения. Квадратные жилища обычно ориентированы с востока на запад.
В общинах среднего периода эпохи Дзёмон в центральной и западной частях равнины Канто и в центральных горах, вероятно, существовало своеобразное разделение труда: кто-то занимался охотой, кто-то рыболовством, кто-то собирательством, а при возникновении необходимости, возможно, были и специальные группы для защиты поселения. Большинство общин располагалось на высоких берегах рек, поблизости от источников воды, но вот одна община в Кусабане, княжество Ниситама, неподалеку от Большого Токио, находится далеко от источника воды — реки Хираи. Вероятно, жить в этом месте было не очень удобно. Поэтому невольно приходит мысль о том, что люди поселились там не по своей воле и что это было своего рода изгнание.