Но в своя ентусиазъм да развие минното дело правителството се провали при утвърждаването на ефективни мерки и предотвратяване на замърсяването от дейността в мините. Инвестициите за опазване на околната среда бяха малки, ниски бяха обществените фондове. В края на деветнадесети век вече се забелязваше, че рибата в някои реки умира, и то в голямо количество — заради водата, която се изтича от мините. Понякога през последните две десетилетия на деветнадесети век наводненията от реките носели тиня, наситена с тежки метали, и заливали плодородна земя. Върху някои места нищо не се е раждало след това. Поради приоритета на Китайско-японската война от 1894–1895 година — първото сражение на съвременна Япония с чужда страна — правителството на Мейджи е гледало на медта като на добив от първа необходимост за неговата национална политика. Бакърът бил необходим и за комуникационни линии. И не че японските управници не виждали опасността. Не е могло и да се помисли да се унищожи замърсяването, като се затворят мините.
Периодът 1868–1945 г. беше за Япония начало на индустриалното развитие. А периодът 1946–1954 г. стана период на замърсяване от него. След края на Втората световна война страната е бедна и гладна, на места — изравнена със земята. Разпространяват се заразни болести. Наводненията и бурите причиняват огромни разрушения. Енергийното захранване често не достига. Инфлацията нараства.
Периодът на реконструкция в по-голяма или в по-малка степен завърши към края на 1955 г., когато икономиката достигна довоенното си равнище. Десет години продължи бумът на капитални вложения в производството на технологични новости и икономически растеж. Индустриалното развитие започна гъсто да се концентрира в градските райони, привличайки все повече хора в градовете. Започнаха да се изпълняват проекти за пътища и жилища, да се подобряват пристанища, да се поставят линии за откриване на Шинкансен.
Периодът 1955–1959 г. беше период на болести, причинени от замърсяването. В началото на втората половина на 1950 г. се появиха няколко сериозни заболявания, причинени от замърсяването на околната среда и привлякоха вниманието на японската общественост. В 1956 г., наскоро след като започна периодът на бурния растеж в страната, общественият център по здравеопазването в Минамата, град в южния остров Кюшу, получи известие за избухване на заболяване, което поразява централната нервна система. Причината започна да става все по-ясна: заболяването е свързано с тежките метали. Министерството на здравеопазването и благосъстоянието призна заболяването в Минимата като „болест на замърсяването“. Във втората половина на 1950 г. петрулохимическата индустрия започна бързо да расте. Скоро беше забелязано и разпространение на астма, която нарекоха „иоккаичи астма“. Основният виновник за болестта беше серният двуокис. През 1950 г. се появи и странна болест. Жертвите й се оплакваха от деформация и чупливост на костите. Тази болест беше наречена „итай-итай“ (оуч, оуч), кръстена така от местните лекари.
Периодът 1960–1964 г. беше период на висок икономически растеж… и разпространение на замърсяването. През първата половина на десетилетието (1960) икономиката нарасна повече от 10 на сто. И се заговори за икономическо чудо. Но японците не са стояли със скръстени ръце, когато са видели обратната „страна на медала“ — замърсяването. Периодът 1965–1974 г. беше период на драстична смяна на „курса към подобряване“. Критични гласове започнаха да се чуват още в началото на индустриализацията. Имаше протестни демонстрации, многократно се припомняше на собствениците на заводи да инсталират контролиращи замърсяването устройства. Правителството започна да прокарва закони за опазване на околната среда. Заводи и мини се закриваха. Жертвите на замърсяването започнаха да искат пълна компенсация (нещо, за което жертвите на замърсяването в нашата страна не смееха и да помислят). Смайващо, но японците получиха компенсациите си.
Насрочиха се съдебни процеси. През март 1973 г. съдът приключи с това, което масмедиите в Япония нарекоха „големите четири процеса на замърсяването“. Те костваха на заводите причинители не само плащания на пълна компенсация на жертвите за щетите, но и закриване на причинителите на замърсяването. През март 1992 г. всичките 35 местни правителства (управления) приеха строги разпоредби. И самите заводи започнаха борба срещу замърсяването заедно с другите в обществото. В 1967 г. фирмата от петролната рафинерия Идемицу Козан направи голяма инвестиция от 9,8 милиарда йени в проект да се построят пречиствателни устройства, които изваждат сярата от „тежкия“ нефт, преди той да изгори. Те бяха първите от този вид в света.