В годы Великой Отечественной войны, когда гитлеровские вандалы захватили Новгород, они превратили драгоценный памятник истории и архитектуры в казарму. После освобождения города от фашистов с большим трудом был восстановлен довоенный архитектурный облик собора.
В 1963 году в Никольском соборе разместился вновь созданный научно-атеистический отдел Новгородского историко-архитектурного музея-заповедника. Сейчас в западной пристройке открыта выставка «Правда о религии».
Известно, что новгородское духовенство занимало в русской православной церкви одно из ведущих мест. На выставке показано, какую внушительную силу представлял этот оплот царского самодержавия. В годы, непосредственно предшествовавшие Октябрьской революции, на территории нынешней Новгородской области насчитывалось 429 церквей, а в самом Новгороде на 27 тысяч жителей было 54 церкви. Из 34 учебных заведений 27 составляли духовные училища, семинария, церковно-приходские школы. В дни церковных праздников над городом стоял густой колокольный звон.
Вся масса черного и белого духовенства верно служила интересам эксплуататоров.
В экспозиции представлен журнал «Новгородские епархиальные ведомости». Январская книжка за 1906 год открывается статьей одного из церковнослужителей, содержащей красноречивое признание: «Да, мы не только за страх перед людьми, но и за совесть считали себя обязанными нашему народу проповедовать безграничное терпение. У нас даже мысли не являлось о том, что возможны такие условия социальной жизни, при которых легче жить будет, легче дышать трудящемуся классу… Мы по совести считали себя обязанными становиться в оппозицию с теми, кто мечтал о лучших временах для нашего простого народа».
Духовенство само было крупнейшим собственником и эксплуататором. До революции ежегодный доход новгородского архиепископа составлял 307 500 рублей, а церковные и монастырские ризницы ломились от изобилия серебряных и золотых потиров, кадильниц, дароносиц, дискосов и других предметов церковной утвари, богато украшенных жемчугом и драгоценными камнями.
Но когда в 1921 году из-за засухи и недорода разразился голод в поволжских губерниях и Советское правительство обратилось к русской православной церкви с просьбой передать в пользу голодающих хотя бы часть тех богатств, которыми она владела (речь шла о предметах, которые уже не использовались при богослужении из-за ветхости и не представляли художественной или исторической ценности), церковь отклонила эту просьбу. Так обернулось хваленое милосердие церкви!
Подлинная культурная революция навсегда освободила сознание трудящихся от темноты и невежества. Даже беглый осмотр выставки показывает, какие разительные перемены произошли в Новгороде, как и во всей стране, за 50 лет Советской власти.
Воротная башня Гостиного двора.
В древнейшей части собора сейчас создается раздел экспозиции, рассказывающий об отношении церкви к искусству. Русская православная церковь всегда стремилась эмоционально воздействовать на верующих. Пышное убранство храмов, роскошь священнических облачений, живопись, архитектура, музыка - все это применялось церковниками для утверждения религии. Но, по существу, церковь была глубоко равнодушна к судьбам национального искусства. Ведь сами церковники, заботившиеся лишь о благолепии храма, уничтожили в Никольском соборе, как и в других русских церквах, великолепные древние росписи. В Николе на Дворище древние фрески были заменены в XVIII веке невыразительной клеевой росписью. Все перестройки собора, исказившие его первоначальный облик, были проведены духовенством еще в ту пору, когда церковь была в зените своего могущества.
Только после того как народ взял власть в свои руки, были проведены работы по учету, раскрытию и реставрации памятников древнерусского искусства.
В помещении собора, кроме отдела музея, размещены планетарий и лекционный зал.
В планетарии часто бывают группы школьников, да и взрослые тоже не прочь послушать увлекательный рассказ о необычных небесных явлениях, совершить путешествие в космические дали, к планетам солнечной системы или еще дальше - к загадочным звездным туманностям.