Затем весь XIX в. прошел под знаком сопоставительных исследований как в генетическом плане (сравнительно-историческое языкознание), так и независимо от языкового родства (историческая типология). Большую часть ХХ в. (эпоха структурной лингвистики) лингвисты стремились охватить своими методами как можно больше языков, идея же их сопоставления уже не была приоритетной. А основатель нового этапа в развитии лингвистики, уже упоминавшийся Ноам Хомский, ограничил сферу своих исследований и сферу исследований большинства ученых его школы английским языком. Он выдвинул в качестве основной задачи лингвистики построение общей теории языка, удобным материалом для которой, естественно, выступает родной язык лингвиста; лишь после этого могут строиться частные теории, учитывающие особенности отдельных языков. А если исходить, как Хомский, из того, что язык — «единообразная система», то любое сопоставление языков в лучшем случае второстепенно. С другой стороны, во второй половине ХХ в. на новой основе активизировалось и типологическое сопоставление языков, выявляющее общие и особенные свойства языков вне зависимости от их родства, о котором далее еще будет специально говориться.
Другая проблема, по-разному решавшаяся в разные эпохи, — связь лингвистики с другими науками. В лингвистике можно видеть как периоды сближения с другими науками, разработки пограничных проблем, так и периоды ее обособления от других наук, выработки собственно лингвистических методов. В античный период, особенно до Александрии, а затем снова в Средние века языкознание считалось частью философии, в Европе XVI–XVIII вв. оно не отделялось от филологии — науки о текстах и их толковании. Обособление впервые четко выразилось в первой половине XIX в., когда разрабатывался первый строгий лингвистический метод — сравнительно-исторический, позволявший сопоставлять родственные языки и реконструировать лежащие в их основе праязыки. Филологу, например филологу-классику, изучающему древнегреческий или латинский текст, важны сведения о личности автора и исторических обстоятельствах создания текста, а лингвисту, изучающему тот же текст, это неважно, зато лингвисту, исходившему из сравнительно-исторического метода, нужны параллели с родственными языками (например, греческого или латинского языка с санскритом или старославянским), несущественные для филолога.
Затем, когда к концу XIX в. обнаружился кризис исторического языкознания, стали активно сближать лингвистику с историей, психологией, физиологией, социологией и даже с географией. Но после появления книги Ф. де Соссюра начался длительный период нового, еще более радикального обособления лингвистики от всех наук (исключая лишь математику, сближение с которой науки о языке началось именно в этот период). Считалось, что лингвистика должна основываться исключительно на собственно лингвистических методах. Основатель ведущей американской лингвистической школы того времени, школы дескриптивистов, Леонард Блумфилд (1887–1949) утверждал, что предмет изучения лингвистики — «шум, производимый органами речи». Другой виднейший структуралист, датчанин Луи Ельмслев (1899–1965), писал в 1953 г.: «Лингвистика должна попытаться охватить язык не как конгломерат внеязыковых (т. е. физических, физиологических, психологических, логических, социологических) явлений, но как самодовлеющее целое». Представители разных школ структурной лингвистики сходились в том, что связь лингвистики с другими науками если и может быть, то лишь односторонней: другие науки могут и даже должны использовать результаты, полученные лингвистикой, но последняя от них совершенно независима.
Однако Хомский в 1960-е гг. объявил лингвистику частью психологии познания. И в последнее время лингвистика всё более сближается с самыми разными, преимущественно гуманитарными науками; развиваются пограничные дисциплины (социолингвистика, психолингвистика, нейролингвистика, лингвистическая поэтика и др.). Как писал Кибрик, «то, что считается "не лингвистикой" на одном этапе, включается в нее на следующем. Этот процесс лингвистической экспансии нельзя считать законченным». И сравнительно-историческое языкознание, и структурализм по-разному сокращали объект своей науки, что дало возможность значительно развить методы в тех областях, которыми они занимались, однако сейчас лингвистика характеризуется расширением объектов исследований и всё более тесными связями с другими науками.