Может быть, Паули предполагал, что «тёмная сторона науки», способная обращать природу против самой себя, породит противодействие в рядах физиков? Но импульс пошёл в противоположном направлении. Меньше, чем через год коллективные усилия, подобным которых не знала история науки, объединятся с одной целью — создать атомную бомбу.
Паули чувствовал себя чужим в обстановке, где военные задавали направление науке. Но его беспокоило и нечто более глубокое. Через две недели после письма к Оппенгеймеру он выразил своё ощущение «отчуждённости» в письме к другу-аналитику К.А. Мейеру, жившему в Цюрихе: «Мой дом — духовный, и, как духовная личность, я не нуждаюсь в принадлежности к одной определённой нации. Но мне всегда чего-то не хватает, что-то ускользает от меня. Что это? … Может быть, я недостаточно хочу этого достичь? Не знаю»[123].
В письме Паули спрашивает, что сам Мейер думает об этом. Ответное письмо Мейера не сохранилось, но, судя по более позднему письму Паули от 26 мая, Мейер посоветовал ему попробовать договориться о возвращении в Швейцарию. Но швейцарские власти не желали сотрудничать. Паули писал: «Я не могу ничего доказать, но предполагаю, что те же люди [в Берне], которые [раньше] отказали мне в гражданстве, теперь отказывают мне в документах на въезд — просто потому, что не хотят пускать меня в Швейцарию»[124]. Очевидно, Мейер считал, что для Паули было ошибкой покидать Швейцарию. И в самом деле, Паули ощущал себя как человек без страны. Однако дальше этот вопрос, видимо, не обсуждался, и со временем Паули всерьёз задумался о том, чтобы навсегда поселиться в Соединённых Штатах.
1942 год был решающим в истории физики. Демонстрация возможности контролируемой цепной реакции, проведённая Энрико Ферми, повысила уверенность в том, что немцы, возможно, уже запустили процесс разработки атомной бомбы, которая могла стать страшным оружием в руках Гитлера. Вайскопф, которому были известны таланты Гейзенберга, за два месяца до эксперимента Ферми выступил с радикальным предложением. Паули стало известно, что Гейзенберг, его давний друг, получил должность директора Института кайзера Вильгельма, занимавшегося ядерными исследованиями. Узнав об этом, Вайскопф 8 октября 1942 года написал Оппенгеймеру, предлагая следующее:
Я получил письмо от Паули, в котором он сообщает следующее: 1) Гейзенберг приезжает в декабре в Цюрих читать лекции студентам Университета; 2) Вефельмайер (ученик Гейзенберга, занимающийся ядерной физикой) находится в Швейцарии по медицинским причинам; 3) Вик будет проезжать через Швейцарию на пути из Италии в Германию; 4) От двух последних он слышал, что Гейзенберг работает в Институте кайзера Вильгельма и ещё до первого октября будет назначен директором. Возможно, вы знаете, что этот институт занимается ядерными исследованиями. Я пытаюсь получить от Паули исходное письмо ... но пишу вам сейчас, поскольку нужно что-то немедленно предпринять. Я считаю, что лучшее возможное решение — организовать похищение Гейзенберга и переправить его в Швейцарию. Так поступили бы и немцы, если бы, к примеру, вы или Бете оказались в Швейцарии[125].
Никаких действий по этому плану предпринято не было.
По мере того, как всё большее число физиков вовлекалось в проект разработки атомной бомбы, Паули попадал во всё более глубокую профессиональную изоляцию. Ближе к 1943 году, вероятно, движимый чувством долга, он спросил Оппенгеймера, не следует ли ему присоединиться к военным разработкам. Оппенгеймер ответил, что предпочитает, чтобы Паули оставался в стороне: «На этот вопрос трудно дать ответ, который не был бы временным, но я чувствую, что в настоящий момент это было бы для вас ошибкой и пустой тратой сил»[126]. Возможно, с практической точки зрения Оппенгеймер знал Паули лучше, чем тот знал себя сам. Будучи теоретиком, Паули не интересовался прикладной наукой и работой в команде. 11 октября 1945 года в письме своему голландскому коллеге Казимиру Паули сообщает, что тогда он «сидел в тишине и одиночестве в Принстоне, работая над теорией мезонов (а также безумной квантовой электродинамикой Дирака, в которую больше не верю)». В конце письма он прибавляет: «Вам и всем остальным будет достаточно нескольких недель, чтобы узнать обо всём произошедшем за эти «потерянные годы», что представляет хоть какой-то научный интерес»[127]. Однако Исидор Раби из Колумбийского университета не был согласен с такой оценкой; он считал, что деятельность физиков в годы войны поможет сформировать «новое направление физических исследований в Соединённых Штатах»[128]. Раби был физиком-экспериментатором.