О поджоге отцом Гавриилом портрета Ленина вскоре узнали в Москве, и постановлением Верховного суда Грузии он был приговорен к безоговорочному расстрелу (следствие носило лишь формальный характер). На допросе лидеры коммунистического режима потребовали от отца Гавриила признания в том, что его поступок совершен по приказу высшего церковного руководства, а взамен обещали сохранить ему жизнь. Терпя долгие измождающие пытки, иеромонах Гавриил остался непреклонным. Следствие предложило отцу Гавриилу другой путь «спасения»: публично извиниться перед советским народом, признав, что его поступок совершён из-за тлетворного влияния религии и что теперь он образумился. Отец Гавриил остался непоколебимым и на этот раз.
На последнем допросе присутствовал занимавший в то время пост министра внутренних дел Грузии Эдуард Амвросиевич Шеварднадзе. Он спросил у отца Гавриила, почему тот сжег портрет вождя, ведь христиане должны уважать власть. Отец Гавриил парировал: «Потому что на портрете было написано: „Слава великому Ленину!“ Вся слава принадлежит Богу, а какая слава может быть у мертвой головы! Я сжег его портрет не как правителя, а как идола!» Отца Гавриила продолжали допрашивать и пытали по несколько раз в день. После одного из допросов изможденного и молящегося отца Гавриила посетило видение – изображенная сиянием цифра 7. Он увидел в этом Божий знак, что через семь месяцев Господь возвратит его домой, и его душа сразу успокоилась. По воспоминаниям отца Гавриила, «после этого видения в тюрьме <…> воцарился страх. Если прежде на всех допросах меня били и пытали, то после этого видения, силою Господней, не решались трогать меня. Следователи тайком приходили и говорили: „Прости нас, отче, за то, что мы совершили, не гневайся и прости“».
Тем временем ситуация с отцом Гавриилом стала известна иностранной прессе. Журналы и газеты Европы и США широко распространили информацию об этом сенсационном происшествии. Такое развитие событий отразилось на политике властей – отца Гавриила из изолятора перевели в тюремную камеру. Здесь один из узников попытался его избить, но отец Гавриил перекрестился и помолился, и все сидевшие в камере вдруг стали просить у него прощения. А когда в тюрьму пришло известие, что попавший к ним священник – родной брат умершего всесоюзного вора в законе по кличке Двуглавый, арестанты прониклись особым уважением к отцу Гавриилу. Когда он молился, то вся камера вставала на молитву вместе с ним.
Как вспоминали сестры отца Гавриила: «Вся тюрьма говорила о Гаврииле. Люди, возвращавшиеся со свидания, говорили окружающим: „В тюрьме сидит какой-то удивительный отец, и вся тюрьма смотрит на него. Воры говорят: „У нас в тюрьме такой человек сидит, что и выходить из тюрьмы не хочется“».
После нескольких месяцев заключения и пыток власти, видимо, не желая создавать ему славы мученика, смертный приговор заменили принудительным психиатрическим лечением, объявив отца Гавриила психически больным. Вот одна из иллюстраций того, как сотрудники тюрьмы воспринимали поступки, выражавшие стремление души святого к Богу. «Сижу я в комнате, – вспоминал отец Гавриил, – захотел помолиться. Вижу в углу веник. Поломал его, маленькой ниточкой перевязал и сделал крест, поставил в углу, молюсь. Надзиратель в глазок увидел это, зашел ко мне и отнял мой крест. Я рассердился, встал у стены вот так: „Я сам крест!“ А он спрашивает: „Ты что, помешался?“»
18 августа 1965 года отца Гавриила отвезли в городскую психоневрологическую больницу для экспертизы и принудительного лечения. Когда пришли санитары, чтобы побрить его и остричь, старец ответил им: «Я монах, меня стричь нельзя». Санитары возразили: «Нет, ты враг народа, мы тебя острижем!» Один из них взял машинку и подошел к отцу Гавриилу. «Я взмолился, – вспоминал старец, – „Матушка Богородица, как Тебе угодно, пускай так и будет“. Вдруг у этого человека отнялась рука. Другой санитар решил помочь: „Сейчас я его остригу!“ – нагнулся за машинкой, так и остался – разогнуться не в силах! А я остался с бородой». В психиатрической больнице старца пытали. Митрополит Фаддей (Тианетский) свидетельствовал, что однажды главврач принес молоток, большой гвоздь и стал вбивать его в колено отца Гавриила, чтобы он отрекся от Бога. Но святой устоял в вере.