Обеспечение посредством незначительных по численности надводных вооруженных сил могло происходить только в скромных рамках. Большее значение должно было играть оружие подводных лодок, которое после прежних успехов внушало надежду на эффективные действия против больших сосредоточений вражеских кораблей. Поэтому 4 марта Верховное командование ВМФ приказало временно не посылать подводные лодки в Атлантику. Обеспечение десанта на морских просторах и перед гаванями, а также борьба с вражескими контрвысадками выпали на долю подводных лодок. Кроме того, они должны были быть эффективны против военно-морских сил, которые использовались бы для разружения морских коммуникаций. Чтобы оказаться своевременно в районах действия, лодки должны были занять свои позиции — внутри фьордов или в положении ожидания на предполагаемых вражеских путях, прежде чем начнется отход своих групп военных кораблей.
Надводные корабли и подводные лодки впервые во Второй мировой войне совместно оперировали в одном и том же морском районе. Взаимная угроза не была исключена. К тому же для развертывания подводных лодок необходимо было по возможности дольше сохранять неожиданность. Все необходимые мероприятия были учтены в отданном для проведения операции в Норвегии операционном приказе командующего подводным флотом. Он был выдан командирам при выходе в запечатанном виде и мог быть открыт только по особому распоряжению. Операция подводных лодок носила наименование «Хартмут». Подводные лодки, предназначенные для Нарвика и Тронхейма, уже 11 марта получали приказ занять свои позиции. 14 марта были замечены минимум 14 английских подводных лодок в Северном море, против которых сразу были задействованы восемь маленьких лодок, разумеется безуспешно. На сообщение немецкого морского атташе в Осло, что якобы 60 английских военных кораблей стоят перед Эгерсунном, туда маршем были направлены четыре лодки, к которым после Пентленд-Ферт приблизились находившиеся в пути U-21 и U-22. Это ошибочное сообщение имело серьезные последствия: U-21 в далеком марше вследствие небезопасной навигации села на грунт около острова Оддкнуппен (к юго-востоку от Мандала) 27 марта в пределах норвежских территориальных вод и была интернирована в Кристиансанн. Предназначенные для операции «Хартмут» лодки между 31 марта и 6 апреля вышли из немецких гаваней. В последний день командиры получили указание открыть запечатанные конверты и поступать согласно оперативному приказу. Через два дня развертывание подводных лодок, по существу, было закончено.
Люфтваффе выпало задание перевозить парашютистов и армейские части в Осло, Берген, Ставангер, Кристиансанн и Ольборг, защищать эшелоны морских транспортов и высадку на берег от вражеских ВВС и поддерживать наземные войска в боях с вражеским сопротивлением. Другими первоочередными задачами были разведка и эксплуатационная готовность аэродромов, организация зенитной обороны, защита воздушного пространства, контроль морских областей в поисках вражеских подводных лодок. Против английских воздушных соединений на ютландские и норвежские аэродромы должны были быть переведены и находиться там в состоянии готовности подразделения истребительной и штурмовой авиации. Требовались боевые соединения для разгрома скоплений вражеских надводных вооруженных сил в районе проведения операции. Необходимо было предоставить в распоряжение воздушное пространство для транспортировки больших армейских соединений с вооружением. Таким образом, для военной авиации был поставлен ряд совершенно новых задач. До сих пор было обдумано только теоретически использование в большем объеме парашютистов и воздушно-десантных войск, сотрудничество с армией и военно-морским флотом. Спорный вопрос, находилась ли на верном пути организация германского вермахта с обоснованием независимой военной авиации, мог бы получить
За подготовительные работы и проведение операции по захвату Дании и Норвегии отвечал командир X авиационного корпуса генерал-лейтенант Гейсслер. Его мероприятия должны были происходить в согласовании с оперативными штабами военно-морского флота и армии. X авиационному корпусу были выделены следующие соединения: боевые эскадры 4, 26, 30-я, 100-я группа боевой эскадры, три отделения зенитных пушек, один батальон парашютистов, семь авиатранспортных групп, по одной транспортной эскадре — соответственно наземной и морской. Если эти соединения еще не стояли в своих немецких гаванях, то они прибыли туда 8 апреля. Для налаживания системы аэродромного обслуживания были предусмотрены воздушный штаб округа для особого применения 300 — для Дании и воздушный штаб округа для особого применения 200 — для Норвегии, три моторизованные роты из полка генерала Геринга подчинялись в решении наземных задач X авиационному корпусу. Летный бензин, бомбы и тяжелые зенитные пушки должны были быть доставлены в так называемом «экспортном эшелоне» по морскому пути в Нарвик, Тронхейм и Ставангер, а для остальных гаваней — последующими морскими транспортными эшелонами. Группы авиатранспорта нужно было формировать 6 апреля и готовить днем, позже в гаванях, транспортные группы парашютистов — только 8 апреля. Старт авиатранспортных соединений должен был происходить 9 апреля в 1 час. Разведка над морем была проведена по распоряжению командования морской группы «Запад» руководителем морских военно-воздушных сил «Запад» и X авиационным корпусом. При группе XXI и XXXI высшем командовании особого назначения находились штабы связи с летчиками, так что сотрудничество с другими родами войск, кажется, было гарантировано.
Круг офицеров, участвовавших в подготовительных работах, был настолько узким для сохранения тайны, что командующий военной авиацией узнал о запланированной операции только после подписания директивы «Учение Везер». Геринг, который очень давно знал от Розенберга, что подготовка в этом направлении шла полным ходом, был глубоко уязвлен и пожаловался 2 марта Гитлеру на начальника Верховного командования вермахта, предположив, что тот исключил его по личным причинам. Прежде всего, Геринг высказался против любого подчинения соединений военной авиации группе XXI. 4 марта Йодль в разговоре с начальником Генерального штаба военной авиации генералом Ешоннеком добился согласия по организационной форме, что все участвующие в операции «Учение Везер» силы военной авиации подчиняются X авиационному корпусу и — соответственно требованиям группы XXI — должны получать приказы от главнокомандующего военной авиацией. Распоряжение от 14 марта принципиально урегулировало приказные отношения и разграничения трех родов войск.
Приказ об общей операции — в соответствии с характером совместной операции армии, военно-морского флота и военной авиации — впервые оставило за собой Верховное командование вермахта. С оперативной точки зрения главный штаб вермахта руководил всеми боевыми частями. По своему персональному составу он был, однако, больше координирующим, чем планирующим органом. Руководство приказами на воде имели командующий морским флотом группы «Восток» (адмирал Карльс, до 7 апреля как командующий морским флотом группы «Север» он оперативно подготовил операцию) для Балтийского моря вплоть до заграждения в Скагерраке и командующий морским флотом группы «Запад» (генерал-адмирал Заальвэхтер) для Северного моря, включая норвежские воды. Оба оперативно подчинялись военно-морскому руководству. Военная авиация командовала авиатранспортами вплоть до проведенной высадки. Все воздушные операции в районе Дания — Норвегия были проведены соединениями X авиационного корпуса в Гамбурге (генерал-лейтенант Гейсслер). Операции армии после высадки проводила группа XXI (генерал фон Фалькенхорст), под его руководством XXXI высшее командование (генерал авиации Каупиш) в Дании. Операция по захвату Дании и Норвегии должна была разделиться в самом начале вследствие пространственного разделения боевых групп на многочисленные одиночные действия. Это зависело в каждой из высадившихся групп от строгого руководства, которое должно было одновременно обозревать общее развитие событий и действовать соответствующим образом. Сосредоточение боевых групп и их отдельные операции были делом назначенных для этого оперативных штабов трех родов войск вермахта, согласование их интересов вменялось в обязанность Верховному командованию вермахта. Для такого тесного сотрудничества, какого требовала операция в Норвегии, отсутствовал какой-либо опыт.