Противоречие между гидробиологией и ихтиологией в дальнейшем приняло более глубокую форму и вылилось в обширную дискуссию (1951—1954), затронувшую многие принципиальные и практические вопросы.
Первоначально деятельность Ихтиологической и Океанографической комиссий заключалась главным образом в проведении ежегодных планово-координационных совещаний и представлении в высшие инстанции объединенных отчетных материалов и предложений. Обе комиссии решили создать свои отделения вблизи морских бассейнов. Мне поручили организовать такие отделения в Черноморско-Азовском бассейне — в Севастополе. В первые годы мы проводили сначала океанографическое совещание, а непосредственно вслед за ним ихтиолого-гидробиологическое. Но потом решили их объединить, и наши сессии превратились в небольшие полугодичные научные конференции, на каждой из которых заслушивались в среднем 15 научных докладов, отчеты и планы различных учреждений. Таким образом, практически воплотилась идея (15-летней давности) о создании постоянной комиссии по изучению Черного моря. Я не сомневаюсь, что наши конференции в Севастополе, в которых регулярно принимали участие представители 18—20 учреждений и которые носили чисто совещательный характер, сыграли весьма важную роль в общем развитии морских исследований. Всегда считалось, что значение научных съездов заключается прежде всего в личных контактах ученых.
В Академии наук по просьбе Министерства рыбного хозяйства была образована комиссия для разбора вопроса о последствиях вселения в Каспийское море из Черного и Азовского многощетинкового червя нереиса. Меня назначили председателем этой комиссии.
Инициатором пополнения донной фауны Каспийского моря был Л. А. Зенкевич, который вместе со своими сотрудниками изучал на нашей станции биологию этого червя и, в частности, его отношение к водам разных соленостей. В Каспийском море червь отлично прижился, и им стали питаться осетровые и многие другие рыбы. После 1948 г. Зенкевич попал в число профессоров, против которых выступило новое руководство биофака. Это выступление активно поддерживал Н. В. Лебедев, доцент гидробиолог, бывший ученик Зенкевича. Лебедев доказывал, что нереис нанес вред донной фауне Каспийского моря. Этот вопрос обсуждался на многих собраниях в университете и во ВНИРО, причем мнения разделились.
Меня вызвали в Москву и вручили список членов комиссии — 36 человек. Заседание длилось более пяти часов, но надо сказать, что некоторые участники умудрились не проронить ни слова, выжидая, по-видимому, чем все кончится. Мы постановили: для окончательного суждения о роли нереиса в Каспийском море необходимо провести две экспедиции (одну под руководством Л. А. Зенкевича, другую под руководством Н. В. Лебедева). Результаты их опубликовать и обсудить на специальном заседании, а пока прекратить шумиху и необоснованные обвинения.
Время показало, что нереис играет, безусловно, важную роль в повышении кормности бентоса в Каспийском море.
К юбилею станции мы подготовили для сдачи в печать сборник работ, явившийся шестым томом «Трудов» станции. В числе других материалов в него вошла первая часть большой работы Нины Васильевны о фитопланктоне и моя статья о водообмене в Черном море. Как полагается, издательство послало материалы на рецензии специалистам. Рецензенты отрицательно отозвались о наших работах. По адресу работы Нины Васильевны было сказано, что такого количества фитопланктонных организмов, как насчитал автор, в «бедном» Черном море не бывает (!) и если этот материал будет опубликован, то многий ведущие гидробиологи выступят с опровержением. О моей статье говорилось, что автор увлекается и вертикальное перемешивание в Черном море может идти только путем диффузии, а это очень медленный процесс. Но что же делать — ведь в работах мы выразили свои credo.
Прежде всего решаем все заново тщательно просмотреть и продумать. Затем пишем в Отделение и просим опубликовать наши работы в дискуссионном порядке. Руководство Отделения, не уведомив нас, совершило удивительный поступок: присоединило наши работы к 30 работам, представленным биологическими институтами в конкурсную комиссию по присуждению премии Президиума Академии наук. Мы тем временем ожидаем ответа на письмо. Не получив его, спустя месяц я еду в Москву — надо же решать вопрос о печатании шестого тома «Трудов». И здесь узнаю — наши работы пошли на конкурс, и комиссия Отделения признала их достойными премии. Но премия на Отделение одна. Назначается другой состав комиссии, который выносит такое же решение. Третий состав комиссии лишь подтверждает первые два решения. В конце концов Президиум постановил премировать обе наши работы. Конфликтный вопрос о «допустимости» их публикации был разрешен.