Князь Горчаков, лицейский товарищ Пущина, привез ему вечером 14 декабря заграничный паспорт и предлагал устроить побег, но Пущин отказался: он считал нечестным спасаться самому, бросив товарищей в беде. На другой день, 15 декабря, он был арестован и посажен в Петропавловскую крепость. Начался суд под руководством нового императора — Николая I, который сам допрашивал арестованных. Пущин вел себя на суде с необыкновенным достоинством: никого не выдавал, не старался выгородить себя, не сваливал вину на других. Он был причислен к первому разряду виновных и первоначально приговорен к смертной казни «отсечением головы». Потом казнь была отменена. По указу Николая I велено было его «по лишении чинов и дворянства, сослать вечно в каторжные работы в Сибирь».
Нечего и говорить, как поразила Пушкина судьба декабристов и в особенности судьба его «первого друга». «Повешенные повешены, — писал он князю Вяземскому, — но каторга ста двадцати друзей, братьев, товарищей ужасна». Он не забывал Пущина до последнего дня своей жизни и помянул его в те часы, когда умирал от полученной на дуэли раны. «Как жаль, что нет теперь здесь ни Пущина, ни Малиновского, — говорил он, преодолевая страдания, — мне бы легче было умирать».
Точно так же и Пущин хранил любовное воспоминание о Пушкине. Родной голос друга, доходивший в мрачную сибирскую каторгу, был для него отрадой, и когда замолк навсегда этот голос, он был потрясен до глубины души. Он писал бывшему лицеисту Малиновскому: «Кажется, если бы при мне должна была случиться несчастная его история, роковая пуля встретила бы мою грудь — я бы нашел средство сохранить поэта-товарища, достояние России».
Тянулись долгие годы каторги (срок которой был сокращен), и только через двенадцать лет, в 1839 году, Пущин был выпущен на поселение. В Сибири он, как и в Лицее, пользовался общей любовью как среди товарищей-декабристов, так и среди окрестного населения. Он помогал нуждающимся, боролся с притеснениями и несправедливостью. Годы не охладили его. По-прежнему он всей душой был предан родине и благу народа. Из своей сибирской дали он следил за событиями литературной и общественной жизни. По-прежнему источником всех несчастий он считал деспотическое управление. «Пока дело общее (res publica) будет достоянием немногих, — говорил он в одном из писем, — до тех пор ничего не будет. Доказательство — нынешние обстоятельства».
Иван Иванович Пущин. С фотографии 1858 года.
Умер Николай I, и в 1856 году декабристы получили наконец свободу. Пущин вернулся из Сибири больной — ссылка подорвала его здоровье. Въезд в обе столицы ему был запрещен, и он поселился под Москвой, в селе Марьине, имении вдовы декабриста М. А. Фонвизина, на которой вскоре женился. Умер он в апреле 1859 года, шестидесяти лет.
Свои воспоминания о Пушкине Пущин записал в последний год жизни по настоятельным просьбам Евгения Ивановича Якушкина, сына декабриста И. Д. Якушкина. Е. И. Якушкин (1826―1905) ездил в 1853 году в командировку в Сибирь и в Ялуторовске близко сошелся с проживавшим там Пущиным, который очень его полюбил. Рассказы Пущина о Пушкине так заинтересовали Е. И. Якушкина, что он уговорил его их записать и таким образом сохранить для потомства. И в самом деле, если бы не было этого «немудрого рассказа», как скромно называл Пущин свои записки, то мы лишились бы самого важного, самого драгоценного источника для истории лицейских лет Пушкина, не знали бы многого, что открыто было только глазам любящего друга-товарища, глядевшего в самую душу поэта, в самые глубокие тайники его великого сердца.
Записки Пущина дают такие сведения, каких мы не найдем нигде в другом месте. Здесь подробно описывается весь распорядок дня в Лицее, рассказывается о встречах с Пушкиным в Петербурге, картинно изображается его образ жизни в Михайловском. Пущин не справлялся ни с какими документами, а писал то, что удержалось в сердечной памяти. Он сам предупреждает вначале: «Я гляжу на Пушкина не как литератор, а как друг и товарищ». В этом-то и главная прелесть его записок. Он не украшал свой рассказ, не прибегал к красноречивым рассуждениям, а писал так, как если бы дело шло не о знаменитом поэте, а о добром товарище детства, которого хорошо знаешь и любишь. И чем проще и естественнее его рассказ, тем яснее и живее выступает перед нами образ Пушкина. Пущин не думал о литературном достоинстве своих записок — и именно поэтому они стали прекрасным литературным произведением, которое читается легко, с захватывающим интересом.