Павлюк Бут, Дмитрий Гуня 1637
Яцко Остренин, Дмитрий Гуня 1638
Богдан Хмельницкий 1648—1657
Иван Выговский 1657—1659
Юрий Хмельницкий 1659—1663
Иван Брюховецкий, левобережный 1663—1668
Павел Тетеря, правобережный 1663—1665
Степан Опара, правобережный 1665
Петр Дорошенко 1665—1676
Демьян Многогрешный, левобережный 1669—1672
Михаил Ханенко, правобережный 1669—1674
Иван Самойлович 1672—1687
Иван Мазепа 1687—1709
Иван Скоропадский 1709—1722
Даниил Апостол 1727—1734
Кирилл Разумовский 1750—1764
Павел Скоропадский 1918
Жажда воли и право на вольный труд. Не есть ли вся прошлая история украинского народа воплощением этих вековечных стремлений? Когда «батько» с длинными седыми волосами выезжал пред красные ряды и, указывая гетманской булавой на сверкающие золотой броней полки польских гусар, кричал зычным голосом: «За віру, за віру!», то какими чувствами трепетало казацкое сердце в груди? Не рвалось ли оно к воле, которая означает свободу от всякого ига?
Н. Беседин. Украина. СПб., 1907
До восстания Богдана Хмельницкого Запорожье было тесно связано с казачеством и являло собой основной центр, из которого выходили политические почины. После Богдана Хмельницкого оно утратило политическое значение. В Сечи стояли только небольшие отряды казаков под началом кошевого атамана, которого назначал гетман. Интересно что в 1654 году, когда проходила присяга Москве, Хмельницкий не считал необходимым привести к присяге запорожцев потому, что они «люди маленькие».
Однако Запорожье начало играть значительную роль в общей жизни Украины, и сюда сходились оппозиционные элементы, недовольные политикой гетманов. Хмельницкий мог своею твердой рукой удерживать порядок на Запорожье, но после его смерти, когда началась борьба за булаву, и был выбран Иван Выговский, запорожцы выступили с протестом, почему их не позвали на выборы гетмана. Кошевой атаман Яков Барабаш обратился в Москву с доносом на Выговского. Его поддержал полтавский полковник Мартын Пушкарь. Москва, которая разжигала социальные противоречия в Украине, поспешила поддержать всякого рода оппозицию против старшин. Поэтому она поддерживала Запорожье, которое выступало против гетмана-«ляха», который потакал старшине; чем далее шло социальное расслоение Украины, тем более Запорожье выдвигалось на руководящее место и часто играло при этом негативную роль, выступая на стороне Москвы против собственной старшины.
Однако на Запорожье не было стабильной ориентации и его политика постоянно колебалась. Контакты с Москвой не всех устраивали, наоборот, они вызывали неудовольствие той части казаков, которые относились враждебно к политике Москвы и понимали ее опасность для Украины. На Запорожье существовала противоположная ориентация — на помощь Крыма и Турции. Поэтому во время борьбы Дорошенко с Польшей запорожцы выставили против него молодого писаря Петра Суховея, которого поддерживали татары, и он объявил себя гетманом под протекторатом Крыма.
Типичным представителем Запорожья второй половины XVII века был Иван Серко, который несколько раз был кошевым атаманом. Он был талантливым стратегом, полководцем, но как дипломат принес много вреда делу освобождения Украины и в критические моменты уничтожал ее успехи. Нападением на Крым во время Конотопской победы он принудил татар покинуть Выговского и этим оставил его без помощи союзников. Серко повторил этот маневр в 1667 году во время осады Дорошенко Подгайцев, где засел Ян Собесский: нападением на Перекоп Серко принудил татар изменить Дорошенко. Последствием этой измены была капитуляция Дорошенко. А служа интересам Москвы, он в том же году разбил отряд татар, которые служили Дорошенко.
Такая «гибкая» политика Серко оттолкнула о него даже Москву, и после того, как Серко выставил свою кандидатуру в гетманы, он был арестован и сослан в Сибирь. Правда, оттуда его вскоре вернули, и он продолжал свою деструктивную и губительную игру в Запорожье, где всегда находил сторонников. Он умер в 1680 году.
Андрусовское перемирие 1667 года поставило Запорожье под совместный протекторат Польши и Москвы, но фактически Запорожье оставалось независимым. Так же было, когда после подписания «вечного мира» Москвы с Польшей в 1686 году отдано Запорожье в подданство Москвы: это подданство имело только номинальный характер и Запорожье вело свою собственную политику.
Во времена Мазепы Запорожье под началом кошевого Гордиенко стало в оппозицию к гетману, так как запорожцы противились политике Мазепы в социальных вопросах и в отношениях с Москвой. После перехода Мазепы к шведам Гордиенко, несмотря на личные разногласия с гетманом Мазепой, перешел к Карлу XII, приведя с собой 8000 казаков. Это имело огромное значение, подняв восстание Мазепы в глазах народа и обеспечив гетмана значительной военной силой.
Вследствие присоединения запорожцев к Мазепе восстали почти весь Полтавский полк, всегда тесно связанный с Запорожьем, часть Слобожанщины, Правобережной Украины. Кость Гордиенко рассылал письма всюду, где мог найти поддержку, и призывал украинцев присоединяться к шведам.
Петр решил уничтожить Запорожье. Три полка под командой Яковлева 18 апреля 1709 года взяли Пероволочну, разрушили замок и порубили около тысячи запорожцев, много их потонуло в реке. 11 мая была взята и разрушена Сечь.
Гордиенко с казаками все время был с Мазепой, участвовал в Полтавской битве, отступал в Бендеры, и остался с гетманом Орликом. Запорожцы участвовали в 1711 году в неудачном походе на Правобережную Украину. А после того пошли «под татарский протекторат» и основали Сечь в Алешках.
В Алешках было не более полутора тысяч человек, «многие тысячи людей» остались в запорожских степях. Была основана Новая Сечь.
В договоре с российским правительством говорилось, что запорожцы признают себя подданными царицы, подчиняются власти Киевского генерал-губернатора, российского генерала, и получают ежегодно 20 000 рублей платы за службу.
С самого начала Русско-турецкой войны 1768—1774 годов запорожское войско было мобилизовано и участвовало в военных действиях. Сечевики, казачество, что жило не в Сечи, казаки-батраки — все пошли на войну. 7000 запорожцев, с кошевым атаманом, бились в авангарде корпуса князя Прозоровского под Очаковом, Кинбурном, Хаджибеем. Запорожская флотилия действовала на Дунае. Военные заслуги запорожцев отмечало высшее командование. Кошевой Петр Калнишевский получил золотую медаль с брильянтами, 1000 казаков получили серебряные медали.