Городами реестровых казаков стали Киев, Белая Церковь, Корсунь, Константинов, Бар, Черкассы, Чигирин, Кодак, Ямполь, Брацлав, Винница, Умань, Чернигов, Переяславль, Лубны, Фастов. Они получали постоянное жалованье и одежду.
Однако более 30 000 бывших реестровых казаков лишились казачьих прав и привилегий и должны были перейти в крестьянское сословие — «поспольство», рискуя стать крепостными польских панов.
Казаки шли в Запорожскую Сечь, которая стала полностью независимой, несмотря на попытки Батория обуздать запорожцев, которые вопреки запретам короля выбирали себе кошевого атамана. Их количество превысило 20 000 человек.
В 1586 году, после смерти Стефана Батория, Сигизмунд III начал притеснять украинских казаков, их земли раздавались польской шляхте. В 1587 году казаки во главе с гетманом Иваном Подковой, ломавшим подкову двумя пальцами, подняли восстание. Поляки объединились с турками и подавили восстание, казнив Подкову во Львове — публично, на рынке.
В 1590 году сейм лишает казаков избирательных прав, что вызывает массовое казацко-крестьянское восстание под руководством польского шляхтича Кшиштофа Косинского, подавленное в 1593 году. В 1594—1596 годах на Украине произошло восстание казаков под началом Северина Наливайко. Однако его войско было разбито, сам он казнен поляками — Наливайко живьем сожгли в раскаленном медном быке в Варшаве.
В 1596 году на Брестском соборе была провозглашена уния с римско-католической церковью, объявленная господствующей религией, Православная церковь была объявлена вне закона. Это было начало конца Речи Посполитой, хотя именно тогда казалось, что польские паны окончательно завладели Украиной. Но не Запорожской Сечью, и которую все шли и шли казаки.
Новым украинским гетманом в 1606 году был назначен Петр Сагайдачный. Казаки участвовали в польском походе на Москву во время Смуты, но после заключения в 1616 году Деулинского перемирия казаки уже не были нужны Польше, снова начавшей проводить антиказацкую политику. Петр Сагайдачный отправил посольство в Москву — казаки предлагали себя на службу московскому правительству. Тогда Москва не ответила.
Опираясь на православное духовенство, мещанство и казачество, Сагайдачный вместе с казачьей старшиной, православной шляхтой, Киево-Печерским монастырем, при содействии патриарха Иерусалимского Феофана, остановившегося в Киеве по дороге домой, в 1620 году тайно восстановил православную иерархию во главе с митрополитом Иовом Борецким. Король не признал восстановления и приказал схватить православных епископов, но церковь охраняли казаки, и королевские приказы не выполнялись. В 1621 году благодаря участию украинских казаков Польша разгромила турок под Хотином — наступление турок на Европу было задержано. Тем не менее поляки не возвратили казакам прав и привилегий, которые они имели при Стефане Батории. Но Сагайдачный, имевший под ружьем более 30 ООО воинов уже именовался гетманом обеих сторон Днепра и всего войска Запорожского.
Перед битвой под Цецорой на р. Прут в 1620 году польский гетман Жолковский отказался от участия запорожцев в бою, сказав: «Не хочу воевать с Грицками, пусть пасут свиней». Турки разбили поляков, сам Жолковский был убит, гетман Конецпольский захвачен в плен, убиты тысячи поляков; погибли и многие реестровые казаки, в том числе отец Богдана Хмельницкого Михаил. Выяснилось, чего стоит польское войско без украинского казачества. Хотин это подтвердил.
В 1622 году Сагайдачный умер от ран, полученных при Хотине. Началось новое польское давление на Украину. В 1625 году после переговоров гетмана Конецпольского с казаками была составлена «Ординация» 1625 г. — «Реестровых казаков должно быть 6000 мужей, 1000 из них будет пребывать за порогами, чтобы следить движения врагов. Плата этим казакам должна быть 60 000 польских злотых на один год, получаться она будет в Киеве после праздника святого Ильи. Казакам запрещено выходить в море и начинать войну с турками и татарами, а все их чайки должны быть сожжены. Казаки могут выбирать себе старшего, однако без титула гетманского, и он должен утверждаться польским гетманом».
Не попавшие в реестр назывались «выписчиками» и не считались казаками. Естественно, это соглашение не было выполнено. Польские войска стали гарнизонами в украинских городах. Люди говорили — «они пришли уничтожить веру православную и погубить народ». Крестьян, живших в слободах, стали превращать в крепостных.
В 1628 году запорожцы избрали гетманом-атаманом Тараса Трясило, который в 1630 году под Переяславлем во главе тридцатитысячного войска разгромил армию гетмана Конецпольского, уничтожив цвет польских воинов, захватил пушки поляков и весь их лагерь с оружием и снаряжением. Казачья победа получила название «Тарасовой ночи». На Украине говорили, что убежавший с поля боя Конецпольский в битве потерял больше воинов, чем за всю четырехлетнюю войну со шведским королем Густавом. Тарас Трясило обманом был захвачен и казнен. Казацким гетманом стал Антон Конашевич-Бут.
В 1632 году польским королем стал Владислав IV. Шла война с Московским царством, и казаки опять стали ему нужны. В 1633 году для успокоения украинского народа была, наконец, легализована Православная церковь, но главе которой стал митрополит Петр Могила. Поляки подписали «Грамоту примирения» — «1) чтобы в землях русских были два митрополита, униатский и православный; 2) в Полоцкой епархии должны быть тоже два владыки; 3) в епархиях Перемышльской и Львовской будут только православные епископы; 4) Луцкую епархию униаты уступают православным; 5) православным должны вернуть некоторые церкви и монастыри; 6) в епархиях униатских свободно православным сноситься к православному епископу, а униатам в епархиях православных к униатским епископам». Несмотря на подпись короля, грамота не исполнялась.
В июле 1635 года в устье Днепра была построена поляками крепость Кодак — чтобы препятствовать бегству украинцев в Запорожскую Сечь. В том же году крепость была взята приступом запорожцами во главе с кошевым Сулимой и разрушена до основания, большой польский гарнизон уничтожен. Гетман Конецпольский догнал запорожцев и захватил Сулиму, который был четвертован в Варшаве.
В 1637 году началось новое казацкое восстание П. Павлюка и Д. Гуни. Через год польское войско Н. Потоцкого разбило казаков, Павлюк был захвачен в плен и через некоторое время жестоко казнен. Петр Симоновский писал:
«Гетман Потоцкий вблизи Корсуни атаковал казаков, и как не имели они много конницы, то вскоре были побеждены, а остальные принуждены были бежать и спрятаться в Боровичах, где Потоцкий легким способом осадил их, так как то место не было укреплено, и как оттуда спастись было чем не можно, то, по требованию Потоцкого, на пароль выдали они ему своего гетмана, Павлюка, с прочими четырьмя главнейшими старшинами, которым всем во время сейма в Варшаве, несмотря и на пароль, головы отсечены. Но сего не довольно: больше всего последовало несчастье, что казаки, за потерей своих шефов, потеряли и город Терехтемиров, а всего более и привилегии, данные им от короля Стефана Батория, а притом и форму их казацкую».
Часть казаков ушла на правый берег Днепра, где стала громить имения злейшего врага украинцев Иеремии Вишневского. Восстание жестоко подавил польный гетман Н. Потоцкий.
Сейм принял «Ординацию» 1638 г., которая отменила Круковское соглашение, упразднила казацкие выборы, оставив только 6000 реестровых казаков. Н. Потоцкий пошел на Запорожскую Сечь, но неудачно. В том же году началось восстание казаков под руководством С. Остряницы и Р. Гуни — в Приднепровье. Восстание было жесточайшим образом подавлено поляками, восстановившими и Кодак.
Украинские историки писали: «По побитых отцах и матерях остались дети, которые держали в душе ненависть к гонителям народа, ненависть, которая заглушала любой страх перед муками и смертью. За десять лет собирается весь народ целой Украины под начальством мстителя Богдана Хмельницкого и начинает новую великую и славную борьбу не на жизнь, а на смерть; встаёт ограбленный, оскорбленный во всех чувствах украинский великан лицом к лицу своевольного бессердечного гонителя своего и рассчитывается с ним горьким кровавым расчетом».
«Этому ужасному восстанию, «Руине», — писал Н. Березин,— предшествовал целый ряд мятежей, которые были подобны предостерегающим колебаниям земли в окрестности вулкана перед его взрывом и катастрофой извержения. В каждом восстании или войне главную роль играли казаки, особенно запорожские, к которым, едва они появлялись на Украине, присоединялись толпы хлопов. Каждый раз польскому правительству удавалось или подавить восстание победами и следовавшими за ними жестокими мерами, или заставить казаков подчиниться путем переговоров, причем с каждым успехом поляков казацкие вольности урезывались. И если вначале в своих увещевательных грамотах польские гетманы обращались к казакам «как люди рыцарские к таким же рыцарским людям», то под конец, под влиянием успехов и раздражения, вызываемого повторениями восстаний, поляки стали рассматривать казаков не в качестве рыцарских людей, а считали их просто грубыми хлопами, с которыми нечего церемониться. Так, начиная с конца XVI и все начало XVII века происходили бунты, связанные с именами Косинского, Наливайки, Павлюка, Сулимы, Остряницы. Как ни храбро бились казаки и хлопы с ляхами за землю, за вольности, за веру православную, но справиться с громадным и сильным Польским государством они собственными силами не могли, и в 1638 году сила сопротивления украинского народа, казалось, была сломленной. В казацком звании остались записанными всего 6000 человек, но из старых прав и вольностей у этих 6000 не оставалось почти уже ничего; их превратили в пограничную стражу против татар и отдали в полное распоряжение польского коронного гетмана, разделив на шесть полков. За казаками признавалась земельная собственность, на «вечном и наследственном», т.е. на шляхетском праве, а вся остальная, не вошедшая в реестры масса теперь уже неминуемо должна была обратиться в «поспольство», в народ, в мещан королевских городов или в панских подданных.