Москва сразу же постаралась поставить партизанское движение под свой контроль. Сначала им руководили Военные советы соответствующих фронтов и находившиеся при них представители НКВД, а также компартии союзных республик и подпольные обкомы оккупированных областей РСФСР.
30 мая 1942 г. при Ставке Верховного Главнокомандования был создан Центральный штаб партизанского движения во главе с первым секретарем Компартии Белоруссии П. К. Пономаренко. К тому времени выяснилось, что партизанские отряды могут получать оружие, боеприпасы и продовольствие преимущественно по воздуху. Центральный штаб в этом отношении располагал большими возможностями, чем командование отдельных фронтов, — он мог привлекать транспортную и авиацию дальнего действия.
Кроме того, в сентябре 1942 г. главнокомандующим партизанским движением был назначен Климент Ефремович Ворошилов, которому подчинялся Центральный штаб партизанского движения. Однако, очень скоро выяснилось, что аппарат главнокомандующего и аппарат штаба дублировали друг друга, а Климент Ефремович превратился в еще одну промежуточную инстанцию между Центральным штабом партизанского движения и Ставкой. Поэтому уже в ноябре 1942 г. его пост был упразднен.
Впоследствии Центральный штаб претерпевал всевозможные изменения: был расформирован, снова воссоздан и только 13 января 1944 г. окончательно упразднен. Руководство партизанами передали республиканским штабам. Пономаренко возглавил самый крупный из них — Белорусский.
Освобождение советской территории шло быстро, и местным штабам было сподручнее координировать взаимодействие партизан и частей Красной Армии, а также снабжать партизан всем необходимым. Это, однако, не предотвратило крупные поражения партизанских отрядов Белоруссии накануне изгнания врага из республики.
Сталин и Пономаренко вплоть до конца войны заблуждались относительно того, что партизанские отряды способны воевать, главным образом, с помощью оружия и боеприпасов, захваченных у врага. 18 августа 1942 г. Пантелеймон Кондратьевич направил специальную директиву фронтовым штабам партизанского движения: «Во-первых, партизанские отряды должны, и имеют к этому все возможности, обеспечить себя за счет противника. Партизаны, если у них нет в достаточном количестве оружия, боеприпасов и другого снаряжения, должны добыть все это в бою… Нельзя приучать отряды требовать и полагаться на снабжение только из центра и поощрять этим беззаботность в отрядах. Во-вторых, фронтовые штабы, представляя заявки в Центральный штаб, упускают из виду, что все вооружение, боеприпасы, снаряжение и др. отпускаются для действующих фронтов и армий и… снабжение должно идти через них, а они, в свою очередь, вправе и должны предъявлять соответствующие заявки… для нужд партизанского движения. Доставка в отряды грузов самолетами также может во многом быть разрешена силами фронтов. Само собой разумеется, что в снабжении специальным вооружением, например рациями, подрывными минами и т. д., Центральный штаб партизанского движения будет оказывать помощь».
На практике за счет местных ресурсов партизаны могли обеспечить себя только продовольствием и фуражом, но никак не вооружением и боеприпасами. Об этом уже после войны, 28 декабря 1965 г., вполне откровенно написал Пономаренко бывший командир партизанского отряда А. Андреев, впоследствии один из руководителей белорусских профсоюзов. Он критиковал утверждение в статье Пономаренко, опубликованной в юбилейном сборнике к 20-летию Победы «Борьба советского народа в тылу врага», будто «немецкие склады, базы снабжения и эшелоны являлись главным снабжением партизанских отрядов и соединений». Андреев на основании собственного опыта вполне резонно возражал: «На самом деле указанный в статье источник являлся не главным, а подсобным в боевом снабжении советских партизанских отрядов и соединений».
Известно, что в первые годы войны основная масса оружия и боеприпасов черпалась партизанами из оставленного частями Красной Армии при отступлении и в большинстве случаев запрятанного населением, а затем — за счет получения из советского тыла.
Исключение, пожалуй, составляли операции партизан по разгрому вражеских гарнизонов, если производились они силами, значительно превосходящими силы противника, однако и они в большинстве случаев не давали должного эффекта, ибо влекли за собой большие потери в живой силе, большой расход боеприпасов. Этим и объясняется то, что трофейное оружие и боеприпасы сравнительно мало были распространены среди партизанских отрядов, хотя партизаны и стремились заполучить его.