«Якутск» вновь вышел в море 13 июля 1740 г. Остров Бегичев прошли лишь 12 августа, а в Хатангском заливе дубель-шлюпку задержали льды. На следующий день, находясь на 75º 49’ с. ш., судно оказалось со всех сторон окружено льдом, дрейфовавшим по течению в северо-восточном направлении. Шканечный журнал «Якутска» сообщает: «13 августа. 1-й час пополудни. В начале сего часа стало льдом тереть дубель-шлюпку, и одною льдиною прижав, надломило форштевень, такожде и всеё дубель-шлюпку помяло; хотя подле бортов были бревна запущены, токмо то не помогало, и учинилась великая течь; того ради мы, поставя три помпы, стали выливать воду, а дрова из интрюма, воду и провиант выбрав на верх, стали искать течи, вырубая подтоварник (нижняя палуба) в носу и между кнопами (кокоры [часть елового ствола с корнями, приблизительно ему перпендикулярными, применяющаяся в судостроении], связывающие штевни с килем…). 2-й час. Засыпа́ли [пробоину] мукою и пеплом; в то же время погрузило у дубель-шлюпки корму, а нос на льдину приподняло; и мы с наружной стороны на носу то место законопатили. Выливали из дубель-шлюпки воду в три помпы и ведрами; токмо воды не убывает. 3-й час. Сделали доску и наложили небольшой мешок муки в то место, где течь пробилась, с наружною стороны, у надломленного форштевня».
К середине следующего дня оказался затоплен весь провиант. Под напором льда судно резко накренилось на правый борт. Спасательные работы продолжались до вечера 14 августа. Моряки подвели под пробоины в носу пластырь из парусов, откачивали воду. Но к вечеру вода поднялась уже до уровня верхней палубы. Вновь обратимся к шканечному журналу: «7-й час [вечера 14 августа 1740 г.]. Видя, что спасение судна не в нашей воле, стали доставать из трюма какой можно было достать провиант, выкидывая его на лед и продолжая в то же время отливать воду…».
Утром туман разошелся и примерно в 15 милях к юго-западу от гибнущего судна моряки увидели берег. Тогда же в подзорные трубы была замечена полоса припая, к которой несло «Якутск». Общими усилиями удалось подтащить дубель-шлюпку к ледовому полю, на которое начали выгружать имущество, провиант, собак. На берег сразу же перевезли денежную казну. Вечером 15 августа неожиданно взломало мористую часть неподвижного припая, и ледяные поля стало сносить к югу. Поскольку шансов на спасение судна не оставалось, был собран «консилиум» из офицеров и унтер-офицеров. На нем решили, что «…дубель-шлюпку спасти невозможно, и дабы спасти хотя людей, сошли на помянутый стоячий лед».
Утром 16 августа моряки двинулись к берегу, таща за собой восемь волокуш с провиантом. Путь им преградила полоса воды, которую пришлось переходить вброд. На берегу измученные люди сразу же приступили к постройке «земляных юрт». До конца месяца, пока не взломало припайный лед, потерпевшие кораблекрушение занимались доставкой на берег продуктов и предметов, оставленных на льду. За это время дубель-шлюпку южным ветром отнесло от припая, и она затонула на параллели входа в бухту Прончищевой.
Лишь 20–22 сентября, когда замерзли реки, возглавляемые Чекиным, Лаптевым и Челюскиным группы вышли в направлении Хатанги. В юртах оставили троих лежачих и одного ходячего больного (их привезли на базу 4 ноября, один – конопатчик Василий Михайлов скончался по дороге). Моряки «Якутска» собрались на базе на реке Блудная к 4 ноября 1740 г. С момента кораблекрушения от болезней скончались 4 человека (один похоронен вблизи места гибели «Якутска», трое – у зимовья в устье Хатанги).
После гибели судна стало ясно, что выполнение дальнейшей описи берегов возможно только по суше. Весной 1741 г. Х. П. Лаптев пересек полуостров на собаках до озера Таймыр, затем по долине реки Таймыры дошел до ее устья и, повернув на запад, берегом моря достиг мыса Лемана, где встретился с С. Челюскиным, описавшим реку Пясину и участок западного берега полуострова Таймыр до мыса Стерлегова. Оба путешественника вернулись к устью Пясины и летом 1741 г. поднялись вверх по ней до одноименного озера, откуда перебрались в Туруханск. Зимой 1741–1742 гг. необследованный участок восточного и северного побережья Таймыра (от мыса Стерлегова до залива Фаддея) был описан С. И. Челюскиным. Таким образом, к 1742 г. удалось выполнить первую в истории картографическую съемку побережья Северного Ледовитого океана между Леной и Енисеем.
Память о первопроходцах Таймыра осталась в виде многочисленных топонимов на географических картах, названиях судов и памятников, установленных в Арктике в разные годы. В селе Усть-Оленек сохранилась могила В. В. и Т. Ф. Прончищевых. В 1987 г. недалеко от нее был сооружен памятный знак из красного гранита. В 1999 г. по инициативе московского клуба «Приключение», возглавляемого Д. И. Шпаро, могила была отреставрирована, а проведенные археологические исследования позволили воссоздать внешний облик супругов Прончищевых.