Гибсон оставил своего кота Винди миссис Фрост, у которой он жил в Саундесфуте, на время войны. Судя по всему, он иногда навещал своего кота.
Когда началась Вторая Мировая война, в первый же день Гибсон отправился на боевую операцию. 83–я эскадрилья получила приказ бомбить германские корабли, выходящие из Вильгельмсхафена. 6 самолетов, в том числе и Гибсона, должны были атаковать карманный линкор «Адмирал Шеер». Из—за плохой видимости и дождя они не нашли цель и сбросили бомбы в море. Все самолеты вернулись на базу.
5 сентября Гибсон в качестве свидетеля присутствует на свадьбе своего брата. Его рука покоится на повязке. Гибсон рассказывает всем гостям, что он ранен шрапнелью во время вылета 3 сентября. Однако на самом деле его покусала собака командира авиабазы. Следующие несколько недель эскадрилья Гибсона занимается важным делом — сбрасывает листовки на Германию.
1 декабря 1939 года Гибсон отправился в увольнение в Ковентри, чтобы навестить брата, служившего в 6–м батальоне Уорвикширского полка. Там он впервые встретил Еву Мур, которая позднее стала его женой. В январе 1940 года 83–я эскадрилья была переброшена в Лоссимут для участия в противолодочных операциях. Там он впервые принял участие в новой для себя операции. Гибсон впервые сбрасывал магнитные мины. Английские пилоты ехидно называли такие минные постановки «посевом». На обратной дороге Гибсон заметил подводную лодку, которая, как он решил, возвращается из похода в Атлантику. Гибсон атаковал ее, но лодка спешно погрузилась. Атака сорвалась и очень кстати, так как лодка была английской. Позднее Гибсон заметил еще одну лодку. Но не стал атаковать ее.
27 февраля он снова участвовал в минных постановках. На сей раз никаких лодок он не заметил. 11/12 апреля Гибсон вместе с другими летчиками ставит мины в гавани Киля. 14/15 апреля Гибсон снова вылетает для минной постановки. Он сбрасывает мину с высоты всего 100 футов. Из—за плохой погоды Гибсон садится на аэродроме в Манстоне. Следующий вылет должен был состояться для бомбардировки аэродрома Ольберге, Дания. Но из—за отказа компаса Гибсон был вынужден вернуться. 23/24 апреля он снова вылетает для постановки мин, на сей раз в Осло—фиорде. И снова он садится в Манстоне.
10 мая Военный Кабинет снимает все ограничения с действий Бомбардировочного Командования. Теперь самолеты могут вылетать в Германию, имея на борту более серьезное оружие, чем листовки. Первой целью английских бомбардировщиков должны были стать нефтехранилища в Бельгии и Голландии, куда вторглись немцы. Таким способом британское командование желало замедлить продвижение немецких войск. 14/15 мая 83–я эскадрилья ставила мины в гавани Копенгагена. 17/18 мая Гибсон пилотировал один из 78 самолетов, которые бомбили Гамбург и Бремен. Его самолет врезался в аэростат заграждения и повредил себе рули, правую плоскость и компас. Но Гибсон сумел вернуться назад, управляя самолетом с помощью моторов.
22/23 мая Гибсон бомбил железнодорожный мост через Шельду и уничтожил его. 26/27 мая он атаковал железнодорожный тоннель возле Аахена. Чтобы рикошетом загнать бомбу прямо в горло тоннеля, ему пришлось лететь на очень малой высоте. 30/31 мая Гибсон участвовал в сорвавшейся атаке нефтехранилища возле Брюнсбюттеля. Самолеты цель не нашли и вернулись назад с бомбами.
Несмотря на это, в тот же день командир 5–й Группы вице—маршал авиации Артур Харрис представил Гибсона к награждению Крестом залетные заслуги. В это время Гибсон имел 11 боевых вылетов и провел в воздухе 66 часов. 9 июня 1940 года он получил эту награду. А тем временем Бомбардировочное Командование переключилось с решения «стратегических» задач на оперативные. Его целью стали коммуникации германской армии.
13/14 июня Гибсон бомбил район Гента. 17/18 июня он участвовал в налете на нефтеперегонный завод в Ганновере. 21/22 и 23/24 июня эскадрилья Гибсона бомбила авиазаводы в Касселе и Висмаре. 27/28 июня Висмар подвергся новой атаке. Сбрасывать бомбы приходилось с малой высоты под сильным зенитным огнем. 1/2 июля Гибсон сбросил первую 2000–фн бомбу во время атаки линкора «Шарнхорст», стоящего в Киле. Однако он промахнулся, и бомба упала на городские кварталы. На следующий день атаке подвергся нефтеперегонный завод в Нанте. После атаки весь заводской район был охвачен пламенем. 4 июля Бомбардировочное Командование переключилось на борьбу с угрозой вторжения. Его целью стали вражеские порты, корабли и авиапромышленность. Но британское верховное командование никак не могло определиться с приоритетом целей и постоянно переключало свои бомбардировщики с одной задачи на другую. 13 июля главной целью были названы авиазаводы, а нефтехранилища — второй по важности. Потом на второй план выдвинулись узлы связи. 10 июля главной целью становятся электростанции и оружейные заводы. Словом, в умах британских маршалов авиации царил настоящий хаос.
В августе Гибсон был не столь занят, так как основная тяжесть военных действий упала на легкие бомбардировщики и истребители, которые боролись с Люфтваффе. Английская авиация снова занялась охотой на германские высадочные средства. 25 июля Гибсон бомбил заводы «Сименс и Гальске». После посадки Гибсон приказал как можно быстрее заправить самолет, чтобы вылететь на поиск пропавшего экипажа. Но летчики были подобраны катером раньше, чем Гибсон обнаружил упавший в море самолет. 8 сентября Гибсон на своем «Хэмпдене» вылетает для бомбежки Остенде. 15 сентября 155 британских самолетов наносят удар по порту Антверпена, где немцы сосредоточивают десантные баржи. Гибсон участвует в этом налете. Он добился по крайней мере 1 прямого попадания. Во время операции 20 сентября самолет Гибсона был поврежден прямым попаданием зенитного снаряда, который, к счастью, не разорвался. Он пробил пол кабины возле педали рулей и ранил бомбардира. Гибсон сохранил искореженную педаль у себя в комнате вместе с другими сувенирами. 21 сентября Бомбардировочное Командование получило новую директиву. Главной целью становились десантные баржи, а аэродромы и авиазаводы отодвигались на второй план. 23 сентября Гибсон участвует в налете на Берлин и сбрасывает бомбы на электростанцию в Потсдаме. Этот полет завершил пребывание Гибсона в 83–й эскадрилье и его первый период пребывания в составе Бомбардировочного Командования.
Гибсон подал рапорт о зачислении его на курсы пилотов ночных истребителей. 26 сентября он был направлен в 14–ю учебную эскадрилью в Коттесморе, а 16 октября был переведен в 16–ю эскадрилью в Аппер Хейфорд. 13 ноября Гибсон был направлен в 29–ю эскадрилью, которая базировалась в Веллингоре, Линкольншир. В это время эскадрилья летала на «Бленхеймах», ценность которых в качестве истребителей была довольно сомнительной. Однако вскоре ожидалось поступление «Бофайтеров». Гибсон совершил первый полет на «Бленхейме» 15 ноября. 19 ноября он совершил первый боевой вылет на этом самолете.
В это же время Гибсон занимает свою первую командную должность. Он становится командиром звена «А», хотя пилоты встречают это назначение без радости. Для них Гибсон был «бомбером». Однако вскоре характер Гибсона и его качества пилота принесли ему уважение летчиков 29–й эскадрильи.
В конце ноября Гибсон получает краткосрочный отпуск и 21 ноября улетает на «Бленхейме» в Кардифф на собственную свадьбу. 23 ноября он обвенчался с Эвелин Мэри Мур в церкви Всех Святых в Пенарте, Кардифф. Медовый месяц был коротким. Уже 1 декабря Гибсон совершает первый полет на «Бофайтере», а 10 декабря он впервые вылетает на боевое патрулирование. В течение 20 минут Гибсон гонится за «призраком», мелькнувшим на экране радара, но обледенение самолета вынуждает его прекратить погоню. 11 декабря он проводит первый ночной бой. Над морем он атакует вражеский самолет, который опознал как Ju–88. Гибсон выпускает 2 короткие очереди, однако в своем рапорте ничего не говорит о попаданиях или ответном огне.
15 декабря Гибсон первым из пилотов получает разрешение летать на «Бофайтере» и днем, и ночью. 20 декабря он имеет безрезультатную стычку с Не–111. 4 февраля он атакует вражеский самолет над Гримсби и выпускает по немцу 63 снаряда. Однако снова никаких попаданий. Гибсон даже не смог опознать противника. 14 марта Гибсон наконец сбивает самолет противника. Это был Не–111. Первой очередью Гибсон убил стрелка немецкого бомбардировщика, поэтому ответного огня противник не ведет. Гибсон сначала подбивает левый мотор «Хейнкеля», а потом правый. Но при этом обломки пробивают и крыло «Бофайтера». Немецкий бомбардировщик падает в море, и лишь один из летчиков успевает выпрыгнуть с парашютом.