24 сентября 1532 года отряд Писарро вышел из поселка Сан-Мигель. Десять дней он провел в Пьюре, ненадолго остановился в Саране (современный Серран), Мотуксе (Мотупе) и 6 ноября достиг Саньи. До сих пор испанцы оставались на прибрежной равнине, узкой пустынной полоске суши между Тихим океаном и Андами, но 8 ноября они решили повернуть в глубь страны и подняться в горы. Инки привыкли жить в горах, их легкие в ходе эволюции приобрели больший объем, чтобы можно было дышать разреженным воздухом. И хотя ими были завоеваны многие цивилизации, расположенные в жарких прибрежных долинах, настоящая империя инков лежала вдоль горных цепей Анд, и именно там любой завоеватель должен был встретиться с инками лицом к лицу.
Сопутствуемые поразительным везением, испанцы из отряда Писарро вторглись в Перу именно в тот момент, когда война за престолонаследие была в самом разгаре. Когда несколько лет назад Писарро впервые плыл по Тихому океану, империей инков безмятежно правил один, почитаемый всеми, Великий Инка Уайна-Капак. Его владения простирались почти на 3 тысячи миль вдоль Анд, от Центрального Чили до юга современной Колумбии. Это больше, чем расстояние от Западного до Восточного побережья США, и больше, чем расстояние от Атлантического побережья Европы до Каспийского моря. Тихий океан омывал границы империи инков на западе, а леса бассейна Амазонки простирались на востоке, и инки пребывали в уверенности, что их империя поглотила почти весь цивилизованный мир.
В течение многих лет Уайна-Капак стоял во главе профессиональной армии империи, которая воевала с племенами на ее северных границах, в Пасто и Попаяне в Колумбии. Борьба была упорной, и военная кампания затягивалась. Инка и его приближенные давно уже не жили в Куско, столице империи, и Уайна-Капак подумывал о том, чтобы создать вторую столицу на севере, в Кито или Томебамбе. Именно во время этой военной кампании Уайна-Капаку впервые донесли о появлении высоких чужестранцев с моря. Но ему не было суждено увидеть европейцев. Его армию и двор внезапно охватила сильная эпидемия, и Уайна-Капак умер в горячечном бреду в период между 1525-м и 1527 годом. Возможно, болезнью была малярия, но могла быть и оспа. Испанцы привезли с собой оспу из Европы, и она неудержимо распространилась по Карибскому бассейну среди народов, не имевших к ней иммунитета. Она легко могла передаваться от племени к племени по всей Колумбии и настичь армию инков задолго до того, как сами испанцы приплыли к побережью. Эпидемия скосила большую часть приближенных Инки. В их число попал и вероятный наследник Уайна-Капака Нинан Куйучи. «Умерло и простого народа без счета».
Преждевременная смерть Великого Инки Уайна-Капака и его наследника создала неопределенную ситуацию. Наиболее вероятным преемником был сын Инки Уаскар, который принял бразды правления в столице Куско. Другой сын, Атауальпа, остался во главе имперской армии в Кито. Вероятно, он исполнял обязанности губернатора этой провинции от имени своего брата, хотя некоторые летописцы отметили, что умирающий Инка решил разделить огромную империю на две части, одну со столицей в Куско, а другую – в Кито. Мы никогда не узнаем правду о том, каким в действительности было завещание Инки. Известно лишь, что после нескольких лет спокойной жизни между двумя братьями вспыхнула междоусобная война. Некоторые испанцы вели в этом походе путевые заметки и дали различные объяснения причин этого конфликта в зависимости от личных симпатий тех местных жителей, которые их информировали. Будучи европейцами, испанцы изо всех сил старались доискаться, притязания кого из братьев, Уаскара или Атауальпы, на трон были самыми «законными». Но это было бесполезно, так как для инков право первородства не имело значения. Для них было важно только, чтобы новый Инка был королевской крови и мог править. Если старший или любимый сын, назначенный наследником, оказывался слабым или неспособным к управлению государством, то в ходе междоусобной войны или дворцового переворота его вскоре смещал более агрессивный брат. Большинство из 11 Инков, которые правили страной до этого времени, пришли к власти только после некоторой борьбы, в результате чего выдающиеся правители сменяли один другого.
Когда началась междоусобная война, Атауальпа обладал профессиональной армией, которая все еще вела бои на севере под командованием полководцев Чалкучимы, Кискиса и Руминьяви. Уаскару осталась верна большая часть его подданных. Всего за несколько лет отношения между двумя братьями развились в открытый конфликт. Народное ополчение Уаскара предприняло попытку вторгнуться в Кито, но после начального успеха было отброшено на юг, через Анды, закаленными в боях регулярными частями, верными Атауальпе. Серия сокрушительных побед китонцев завершилась поражением и взятием в плен Уаскара в генеральном сражении у Куско. Многие народы империи считали одерживающих победы китонцев врагами и захватчиками, и профессионалы отвечали им жестокостью, которой они научились во время походов на север. Атауальпа подвергнул опустошению провинцию, где жило племя каньяри, в наказание за интриги его вождя. Полководец Кискис, захвативший Куско, вознамерился истребить всех членов семьи Уаскара, чтобы избавиться от любых других претендентов. Он отослал пленного Инку на север под сильной охраной. Чалкучима, верховный главнокомандующий Атауальпы, удерживал район в центральных Андах вместе с еще одной армией, находившейся в Хаухе, в то время как полководец Руминьяви был оставлен командовать войсками в Кито. Сам Атауальпа совершал триумфальное шествие на юг вслед за своими военачальниками.