После югославского кризиса руководители СЕПГ заговорили о необходимости принятия в качестве основной идеологии «марксизма-ленинизма» и переходе советской оккупационной зоны в стадию «народной демократии» и строительства социализма. Критерием идеологической чистоты члена партии провозглашались преданность СССР и дружба со странами «народной демократии». В сентябре 1948 года Центральный секретариат СЕПГ принял решение о необходимости изучения всеми партийцами краткого курса истории ВКП (б).
Однако на встрече с руководителями СЕПГ в Москве 18 декабря 1948 года Сталин подверг новый курс немецких товарищей жесткой критике, назвав их «тевтонами» за неуклюжесть и грубые методы в повседневной работе. К удивлению Пика и Ульбрихта, Сталин призвал их проводить «оппортунистическую» политику и идти к социализму «зигзагами». Советский лидер жестко заявил, что в Восточной Германии нет никакой «народной демократии» и, тем более, рано двигаться к социализму. Причина сталинской логики была для руководства СЕПГ вполне ясной: советский лидер не хотел создавать в Восточной Германии никаких общественных структур, которые мешали бы будущему объединению Германии. По этой причине, в частности, СЕПГ было отказано в приеме в созданное в 1947 году объединение европейских коммунистических партий (Коминформ).
Лидеры СЕПГ вернулись из Москвы несколько сбитыми с толку и сразу же резко поменяли линию. В интервью центральному органу партии газете «Нойес Дойчланд» 30 декабря 1948 года Вильгельм Пик назвал утверждение о наличии в Восточной Германии «народной демократии» «абсолютно неправильными».
Берлинский кризис 1948/49 годов все же заставил Сталина согласиться на «укрепление» СЕПГ. На конференции СЕПГ в январе 1949 года было создано политбюро (формально являвшееся всего лишь вспомогательным органом правления), ликвидирована система паритетного занятия партийных постов, введен кандидатский стаж, запрещено образование фракций. Превращение СЕПГ в партию «нового типа» привело в 1948 году — начале 1949 года к выходу из партии 80 тысяч членов. 116 тысяч были исключены за пассивность (СВАГ называла их «мертвыми душами»). Советские «друзья» рекомендовали проводить «укрепление» партии более осторожно, чтобы не обижать бывших социал-демократов (в начале 1949 года руководство СЕПГ провозгласило в партии «борьбу против социал-демократизма»).
На III съезде СЕПГ (20–24 июля 1950 года) руководителям партии опять не удалось добиться провозглашения курса на строительство социализма: Сталин вновь не согласился с аргументацией немецких «друзей» во время их визита в Москву 3–6 мая 1950 года.
Однако начавшаяся 25 июня 1950 года война в Корее до предела обострила обстановку в мире и не могла не сказаться на ситуации в Германии. Воспользовавшись мощной антикоммунистической кампанией в ФРГ, III съезд СЕПГ окончательно привел организационную структуру партии в соответствие с принятыми в компартиях «лагеря народной демократии» канонами: правление было преобразовано в Центральный комитет, Вальтер Ульбрихт стал генеральным секретарем ЦК, а в политбюро (которое стало теперь де-факто высшим партийным органом) остались только два бывших социал-демократа (из девяти членов). На съезде наряду с привычными ранее в СЕПГ портретами Маркса и Энгельса можно было впервые видеть изображения Ленина и Сталина. Однако характерно, что новая партийная программа, о необходимости которой говорили все руководители СЕПГ, так и не была принята (это произошло только в 1963 году). И здесь основную роль играло нежелание Сталина строить в ГДР социализм, пока сохранялись шансы на объединение Германии. Лидерам СЕПГ было вновь отказано в просьбе провозгласить на съезде курс на строительство социализма. Вместо этого Вильгельм Пик заявил, что партия должна проводить политику таким образом, чтобы все «наши меры способствовали объединению немецкого народа под знаменем демократической и миролюбивой Германии».