Сразу же после избрания святитель Исидор рукоположил 32 новых епископов;(6) некоторые из них подписали февральский Томос сразу же после назначения. Повышение касалось и св. Григория Паламы: он был поставлен архиепископом Фессалоникийским. Вероятно, именно по этому случаю формулировки богословия св. Григория Паламы были прибавлены к исповеданию веры, которое требуется от епископов при рукоположении.
Оппозиция. Тем не менее, избранию святителя Исидора и сопровождавшим ее мерам имелась серьезная оппозиция. Иоанн Калека по-прежнему не признавал вынесенные ему приговоры и обнародовал Апологию. На короткий срок он был отправлен в изгнание в Дидимотику, где заболел. Вернувшись в Константинополь, он умер 29 декабря 1347 г.(7), по-прежнему отказываясь от политической амнистии, которую предлагал ему Кантакузин. Что касается Акиндина, то он бежал из столицы. В начале 1348 г. он послал своим константинопольским ученикам что-то вроде завещания, выдержанного в очень трогательном тоне, которое отражает драму этого, несомненно, искреннего человека, глубоко убежденного в том, что он защищает истину, но, к несчастью, не способного понять ясно поставленную проблему, диаметрально противоположные решения которой предлагали Варлаам Калабрийский и св. Григорий Палама. Он умер в изгнании через несколько дней или недель, покинутый почти всеми своими бывшими друзьями(8). Никифор Григора, который станет главным мыслителем антипаламитской партии, очень редко на него ссылается. Что касается епископов, встававших на краткое время во главе оппозиции, то они тщательно отмежевываются от Акиндина, как он сам отмежевывался в 1341 г. от Варлаама, хотя и повторял против св. Григория Паламы те же самые доводы(9).
Кажется, у этой оппозиции епископов в 1347 г. были разные мотивы, среди которых вероучение не было главным; в своих протестах они подчеркивают, в основном, поставление Исидора патриархом. Со своей стороны Кантакузин отмечает, что три участника собора были благосклонны к Калеке, другие же, напротив, выставляли на вид свои политические заслуги, чтобы самим добиться патриаршества: они-де были так же расположены к Кантакузину, как и Палама и Исидор, и пострадали, как и они. Первых трех можно определить по Томосу, в котором описывается их низложение; речь идет о Неофите Филиппийском, Иосифе Ганском и Митрофане Патрасcком(10). Последних возглавлял старый митрополит Ефесский Матфей, оставшийся в ходе гражданской войны в своей епархии, занятой турками; несмотря на это он имел столкновение с патриархом Иоанном Калекой и его синодом. В 1345 г. св. Григорий Палама причисляет его к мудрейшим из своих приверженцев! В сентябре 1346 г. он действительно подписывает поданное Анне прошение против патриарха; однако под февральским Томосом его подписи нет. В мае 1347 г. Матфей входит в меньшинство, отказавшееся голосовать за св. Исидора, и увлекает за собой некоторых епископов, в частности, Харитона Апронского, также подписавшего как прошение Анне, так и низложение Калеки.
Собор антипаламитов и осуждение их. Эта разнородная оппозиция объединила двадцать епископов, десять из которых составляли соборы в Константинополе (11) начиная с мая — сначала в церкви св. Апостолов, а затем в монастыре Первомученика Стефана. В июле 1347 г. они обнародовали Томос, отлучающий Исидора и Паламу. Обвинения, выдвигаемые против двух вождей исихазма, напоминают упреки, которым некогда подвергался Афанасий I, в частности, в отношении "отказа" от икон и других священных предметов в церквях. Достижение монахами-исихастами руководящих постов в Церкви, их суровость и антиформализм вызывали сопротивление некоторых епископов. Святитель Афанасий тоже обрел самых жестоких своих врагов среди епископов.
Тщетно попытавшись привести их к повиновению, святитель Исидор и его Синод в августе низложили их, получив под соборным Томосом подпись Иерусалимского патриарха, и приняли ряд мер в отношении управления епархиями, которыми управляли бунтовщики. Пока речь шла об условном низложении, ибо сохранялась надежда добиться от них покорности(12).
Св. Григорий Палама и "зилоты". После избрания на кафедру Фессалоники св. Григорию Паламе не удалось туда попасть из-за препятствий, чинимых администрацией зилотов, все еще отказывавшихся признать восшествие на престол Иоанна Кантакузина; кроме того, некоторые фессалоникийцы были сторонниками Акиндина, хотя для них, по мнению святителя Филофея, это был лишь предлог, прикрывающий политическую оппозицию Кантакузину(13).