За свои высокие подвиги и богоугодную жизнь святый старец сподобился от Бога благодатного дара прозорливости. Но тем более он избегал славы человеческой и стремился к безмолвию.
В 1806 году настоятель Саровской обители, старец Исаия, по своему болезненному положению и преклонности лет, удалился от дел, и братия единодушно избрала на его место преподобного Серафима. Но Серафим уклонился от этого, как по своему глубокому смирению, так и по крайней любви к пустыне и безмолвию. Тогда настоятелем был избран отец Нифонт, с детства известный Серафиму. Между тем старец Исаия, вследствие недугов своих и слабости сил, не имея возможности ходить за шесть верст в пустынь к преподобному Серафиму и вместе с тем не желая лишиться утешения беседовать с ним, сильно скорбел о том. Тогда братия, по усердию, стали возить престарелого Исаию в пустынь к преподобному Серафиму, за телесной немощью обоих. Но вскоре и этот последний из самых дорогих друзей преподобного Серафима по жизни духовной отошел ко Господу. Эта потеря поразила Серафима глубокой скорбью, и с того времени он еще больше и чаще стал размышлять о тленности привременной сей жизни, о жизни будущей и страшном суде Христовом. Вместе с тем, он с особенным усердием стал молиться о упокоении душ дорогих сердцу его блаженного Пахомия, Иосифа и Исаии и, проходя мимо монастырского кладбища, всегда на их могилках возносил пламенные моления ко Всевышнему о них и о других Саровских старцах и подвижниках, называя их, по пламенности и высоте молитв, «огненными от земли до небес». И другим старец завещал чаще поминать их в молитвах. Так, одной знакомой инокине, нередко бывавшей в Сарове и посещавшей Серафима, последний дал такую заповедь:
- Когда идешь ко мне, зайди на могилки, положи три поклона, прося у Бога, чтобы Он упокоил души рабов Своих: Исаии, Пахомия, Иосифа, Марка, и проч. И потом говорил про себя: простите, отцы святые, и помолитесь обо мне.
По смерти старца Исаии, преподобный Серафим не изменил своего образа пустыннической жизни, но придал новый характер своему подвижничеству, возложив на себя тяжкий подвиг молчальничества. Приходили ли к нему в пустыню посетители, - он не выходил к ним. Случалось ли ему самому встретить кого в лесу. – он падал ниц на землю и до тех пор не поднимал очей, пока встретившийся не проходил мимо. В таком безмолвии прожил он около трех лет. Незадолго до сего срока, он перестал посещать даже Саровскую обитель по воскресным и праздничным дням. Один брат носил ему и пищу в пустынную его келлию, особенно зимой, когда у старца не было своих овощей. Пища приносилась раз в неделю, в воскресный день. Когда брат выходил в сени, старец, сказавши про себя: «аминь», отворял двери, потупив лицо в землю, и лишь когда брат уходил, старец клал на лоток, лежавший на столе, небольшую частицу хлеба или немного капусты, в знак того, что принести ему в следующее воскресенье.
Но это были только наружные знаки молчальничества. Сущность же многотрудного подвига старца заключалась собственно не в наружном удалении от общительности, но в безмолвии ума, в отречении от всяких житейских помыслов для чистейшего, совершеннейшего посвящения себя Богу.
Многие из братии весьма сожалели о таком удалении благодатного старца от общения с ними и о подъятом им на себя подвиге молчальничества, а некоторые даже как бы укоряли его за то, что он уединяется, тогда как, пребывая в близком общении с братией, он мог бы назидать их, и словом и примером, не терпя ущерба и в благоустроении своей души. Но на все сии упреки старец отвечал словами преподобного Исаака Сирина: «…возлюби праздность безмолвия предпочтительно насыщению алчущих в мире» и – святого Григория Богослова: «… прекрасно богословствовать для Бога, но лучше сего, если человек себя очищает для Бога».
И подъятый преподобным Серафимом на себя многотрудный подвиг молчальничества совершеннейшим образом очищал и просвещал праведную душу его и еще более и выше возводил в тайны Богосозерцания, совершенно обезоруживая диавола для борьбы с пустынножителем. Какие плоды духа приносил для Серафима этот подвиг, - о сем ясно можно судить по наставлениям святого старца касательно безмолвия, несомненно основанным и на собственном опыте. «Когда мы в молчании пребываем, - говорил впоследствии преподобный Серафим, - тогда враг, диавол, ничего не успеет относительно к потаенному сердцу человеку: сие же должно разуметь о молчании в разуме. Оно рождает в душе молчальника разные плоды духа. От уединения и молчания рождаются умиление и кротость. В соединении с другими занятиями духа, молчальничество возводит человека к благочестию. Молчание приближает человека к Богу и делает его как бы земным ангелом. Ты только сиди в келлии своей во внимании и молчании, и всеми мерами старайся приблизить себя к Господу: а Господь готов сделать тебя из человека ангелом: и на кого воззрю, токмо на кроткаго и молчаливаго, и трепещущаго словес Моих (30) Плодом молчания, кроме других духовных приобретений, бывает мир души. Молчание учит безмолвию и постоянной молитве, а воздержание делает помысел неразвлекаемым. Наконец, приобретшего сие ожидает мирное состояние». Так проходил преподобный Серафим подвиг молчальничества, и, достигая высших дарований духовных, получал и новые благодатные утешения, ощущая в сердце неизреченную радость о Дусе Святе (31).