После смерти Николая Васильевича заботы по храму взял на себя его старший сын Василий Николаевич, который был старостой до времени своего отъезда с территории Мароновского прихода в 1895 году, после чего его заменил его брат Иван Николаевич. Главной святыней храма является чудотворный образ преподобного Марона, к которому обращаются страдающие от горячки и лихорадки.
Во время обучения в Усачевском институте, как впоследствии рассказала игумения Афанасия на допросе у следователя в тюрьме, она жила хорошо, всем была довольна, много веселилась и многие студенты относились к ней с большим уважением, много было среди них и поклонников.
Но неожиданно для многих, после окончания в 1902 году института, молодая девушка ушла в монастырь — Троице–Одигитриевскую Зосимову пустынь. В 1904 году игумения Зосимовой пустыни София (Быкова) послала Александру Васильевну в Понетаевский монастырь для обучения живописи. Полгода Александра Васильевна обучалась художеству и, вернувшись в Зосимову пустынь, стала исполнять послушание иконописки. В 1920 году она была пострижена в мантию с именем Афанасия и избрана игуменией Зосимовой пустыни.
В это время монастырь по требованию властей был преобразован в сельскохозяйственную артель, и игумении пришлось часто сталкиваться с представителями властей, ведя с ними переговоры относительно хозяйственной деятельности монастыря. Игумению как главу артели приглашали на заседания уездного исполнительного комитета. Заседания эти проходили в местном клубе. Все члены исполкома рассаживались в этих случаях вокруг поставленного на сцене стола. Появление игумении, сопровождаемой послушницей, вызывало среди членов исполкома неловкость, и однажды один из них, решив пошутить, показал на висящий на стене портрет Маркса и сказал:
— А вот, матушка игумения, Маркс. Он является, собственно, учеником первого социалиста — Христа.
—Вот портрет «ученика» вы поместили здесь, а почему же нет портрета Учителя? —спросила игумения.
В то время, когда игумении пришлось управлять обителью, к трудностям от преследования властями прибавились скорби от болезней, так как уже больше двадцати лет мать Афанасия страдала малярией. Ее часто лихорадило, она не лечилась, и хроническое заболевание в конце концов разрушило ее здоровье. На пасхальной неделе в 1925 году сестры послали за врачом в Алабинскую больницу. Вот как описывает свое посещение игумении врач Михаил Михайлович Мелентьев: «Монастырский дворкладбище был необширен, тих и пустынен. В центре стоял небольшой белый храм, окруженный намогильными крестами, кое–где с горящими лампадами. По мосткам прошли к игуменскому корпусу, где меня встретила маленькая, согбенная старая монахиня, ласковая и приветливая. В корпусе стоял какой‑то давний, уютный запах древней мебели, печеного хлеба, ладана. Тикали часы, и стояла ничем не нарушаемая тишина. Монахиня пригласила меня к столу откушать, а сама пошла доложить игумении о моем приезде…
Держалась она [игумения] величаво–спокойно, говорила чуть–чуть нараспев, с низкими контральтовыми нотами. Ближайший угол и стена были заняты образами. У большого распятия горела лампада и стоял аналой.
Здоровье игумении оказалось в очень плохом состоянии. Я сказал ей, не скрывая, о ее положении и предложил на ближайшее лето выехать в другое место и попытаться подлечиться там. Обстановка с монастырем была сложна и внешне, и внутренне. В монастыре было до трехсот человек сестер, в том числе шестьдесят беспомощных старух. Всех их нужно было прокормить, отопить, одеть, обуть. Поплакала игумения, погоревала, и все это сдержанно, с ясным сознанием огромной ответственности за триста душ, и отпустила меня, не дав ответа. Однако в дальнейшем ухудшение здоровья заставило ее смириться. Я взял на себя ответственность поднять ее на ноги. Это была трудная задача, но Бог помог мне, и моя больная к концу лета настолько поправилась и окрепла, что могла вернуться к себе и приняться за свои дела».
В 1928 году власти закрыли обитель, и игумения Афанасия переехала в село Алабино Наро–Фоминского района, где поселилась вместе со старой монахиней Антонией, которая была с ней с первых дней ее монастырского жития, и послушницей Евдокией Бучиневой. Врач Михаил Мелентьев пишет в своих воспоминаниях об этом времени: «Игумения Афанасия правила всю дневную службу и являлась умственным центром этой маленькой общины. Она же, вместе с матерью Антонией, стегала одеяла. Дуня выполняла более тяжелую работу и служила для сношения с внешним миром. На первую и последнюю недели Великого поста двери их жилища закрывались для всех. Это были дни молитвенного труда и молчания. Но зато и праздник Воскресения был праздником истинно Воскресшего Христа.