Когда первая революционная волна схлынула, настоящего успокоения в обществе так и не наступило, и Новоселов трезво отдавал себе в этом отчет. «Силы очень нужны, — писал он 3 августа 1909 года Ф. Д. Самарину, — так как работы всякой по горло. Мне последнее время все кажется, что нужно спешить делать добро, как выражался д–р Гааз. То есть и всегда это знаешь, да не всегда чувствуешь. Кругом слишком сумрачно, и громы многие слышатся, и волны вздымаются, — а ковчег наш не устроен и требует внимательной, упорной и энергичной работы. Не знаю, как Вы, а я, видя, что «пашни много», в то же время чувствую, что «дня немного впереди», что впереди, как хорошо о себе в последние годы жизни выразился Владимир Соловьев, впереди»прочее время живота». Если бы Вы спросили, около чего вращается теперь моя мысль по преимуществу, если не исключительно, я твердо бы ответил: около души и Церкви. В сущности эти вещи неразъединимы. Так, по крайней мере, у нас в православии. И это — душа и Церковь — есть то единое на потребу, к чему приложится все прочее, чему приложиться положено волей Божией. Окружающее нас — близкое и далекое — особенно и ценно, и значительно, и поучительно со стороны своего отношения к этому сокровищу, ради которого стоит продать все прочее, чтобы получить его. И хотя нависают тучи и слышны раскаты грома, я все больше и больше, — если хотите — в меру усиления грозы, — чувствую всю несокрушимость того Ковчега, непоколебимость Коего обещана нам Истинным Свидетелем, но тем ответственнее чувствуешь себя за ковчег своей души и за ковчег своей Церкви, которые тогда только могут быть в безопасности, когда прикреплены надежно к Ковчегу вселенскому. Довольно тесное общение, в течение почти 1,5 лет, с протестантствующей молодежью и встреча с заграничными представителями англиканства и баптизма еще больше внушили мне уверенность в несравненной истинности нашей Церкви, несущей в себе предание Духа Истины, и сознание исключительной важности всестороннего служения Церкви. Вот на этом предмете и следует нам всем сосредоточить главные силы».
Для реализации этой цели в 1907 году был организован хорошо известный впоследствии в московской церковной среде «Кружок ищущих христианского просвещения». Конечно, это было в духе времени: широкое распространение различных религиозно–философских объединений (кружков, обществ, братств) было одной из характерных форм духовной жизни предреволюционного десятилетия. На заседаниях этих объединений горячо обсуждались всевозможные проблемы христианского вероучения, а их смешанный состав (духовенство, философы, богословы, ученые, писатели) давал возможность непосредственного диалога между Церковью и интеллигенцией, позволял выдвинуть задачу воцерковления последней. Новоселов придавал большое значение такого рода деятельности и участвовал в ней, начиная с заседаний самого первого из таких объединений — Петербургских «Религиозно–философских Собраний» (1901—1903 гг.), неизменно выступая на них со строго церковных позиций в противовес Мережковскому и Розанову. Участвовал он и в работе Московского религиозно–философского общества памяти Владимира Соловьева (1905—1918 гг.), возле которого сосредоточились в то время основные силы русской религиозной философии.
Заседания новоселовского кружка проходили на квартире Михаила Александровича, жившего напротив Храма Христа Спасителя. Главное, что отличало «Кружок ищущих христианского просвещения», — его строго церковное направление: он принципиально ставил себя внутрь церковной ограды, пользовался покровительством ректора МДА епископа Феодора (Поздеевского) и духовно окормлялся старцами Зосимовой пустыни. На его заседаниях царила подлинно православная атмосфера. Здесь не ставилась задача выработки «нового религиозного сознания», агитации и распространения своих взглядов. Руководящей для деятелей кружка была мысль, что внешними мерами — реформами, новыми уставами и т. п. — ничего не достичь, если не будет внутреннего изменения человека. А достичь такого внутреннего изменения можно было лишь в ходе совместного продумывания основ православной веры, изучения Писания и Предания. Люди, собиравшиеся на новоселовских «четвергах», стремились реализовать хомяковскую идею соборного богопознания. Цель эта постоянно и сознательно «держалась в уме» — какой бы вопрос ни возникал перед членами кружка.
Центром духовной жизни Новоселова была молитва. В письме к Ф. Д. Самарину от 3 августа 1909 года он писал: «Сердечнейшее Вам спасибо за молитвы обо мне. Мы как‑то обычно мало придаем значения этой сфере общения и взаимослужения, а между тем что важнее этого, если оно совершается не формально, а по сердечному влечению. Со времени возникновения нашего»Кружка»я поминаю членов его, лучше сказать, собратьев своих, в ежедневной молитве. Кроме того, временами о каждом из них молюсь особо, испрашивая ему у Господа той милости, которая, по моему рассуждению, нужна ему преимущественно… Будем продолжать молитву друг о друге».
Когда в конце 1911 года распространились слухи о возможном рукоположении Григория Распутина, Новоселов выпустил в своем издательстве брошюру «Григорий Распутин и мистическое распутство». Эта брошюра была запрещена и конфискована еще в листах в типографии, а за опубликование выдержек из нее газетой «Голос Москвы» на последнюю был наложен большой штраф.
Приход большевиков к власти знаменовал начало новой эпохи в жизни Русской Православной Церкви — эпохи притеснений, гонений, преследований. Михаил Александрович Новоселов был одним из тех, кто встал на защиту Церкви в это трудное для нее время. Так, он был членом Временного Совета объединенных приходов города Москвы, и мы встречаем его имя на выпущенном этим Советом в начале февраля 1918 года воззвании, которое призывало верующих защищать храмы от посягательств богоборной власти, рекомендуя в случае посягательств власти на церковное имущество «тревожным звоном (набатом) созвать прихожан на защиту церкви. При этом Совет считает безусловно недопустимым, чтобы прихожане в этом случае прибегали к силе оружия. Если есть поблизости другие храмы, то желательно войти с ними предварительно в соглашение, чтобы и в них раздался тревожный звон, по которому население окрестных приходов могло бы придти на помощь и своей многочисленностью дать отпор покушению на церковь».
Понятно, что подобные призывы к сопротивлению власти не могли остаться безнаказанными для их авторов. Для Новоселова, в частности, еще и потому, что он продолжал активно работать на ниве духовного просвещения, предоставив свою квартиру для занятий Богословских курсов, открывшихся весной 1918 г. с благословения Святейшего Патриарха Тихона. «Курсы ставили целью приблизить православных мирян к сокровищам благодатной жизни Церкви, знакомя их с проявлениями церковного духа по первоисточникам (Слово Божие, жития святых, творения святых отцов, богослужебные книги и т. д.), и подготовить их к деятельному служению Церкви». На этих курсах Новоселов преподавал и сам. Многое из того, что было подготовлено Михаилом Александровичем для занятий на курсах, было затем использовано им в главном труде его жизни — в «Письмах к друзьям».
Эта непрекращающаяся активность Новоселова неизбежно должна была привлечь к нему внимание органов ГПУ. После распространения весной 1922 года в церковных кругах Москвы резкого воззвания против обновленцев, озаглавленного «Братское предостережение чадам истинной Церкви Христовой», отпечатанного типографским способом в виде листовок и подписанного: «Братство ревнителей Православия. Издание друзей истины», чекистам нетрудно было догадаться о причастности Новоселова к его составлению. Чекисты нагрянули к нему с обыском в ночь на 12 июля, но предполагаемого арестанта дома не оказалось. Однако возвращаться домой Новоселову было уже нельзя, и он переходит на нелегальное положение, «затерявшись» на бескрайних просторах еще помнящей Бога России.
Но и в новых условиях своего существования Новоселов не перестал работать на ниве церковной — вплоть до своего ареста в 1928 году. Памятником этой работы являются его «Письма к друзьям», которые он писал с 1922 по 1927 год — время, когда за горячее слово о христианской вере можно было заплатить не только свободой, но и жизнью. Письма эти предназначались для распространения среди православных, они переписывались и перепечатывались.