В качестве доказательства активной антисоветской и антипатриотической деятельности Сибирского ВВЦУ атеистическая литература любила цитировать его послание руководителям христианский церквей с обвинениями Советской власти и призывом оказать поддержку Церкви в борьбе с атеистическим правительством. Это послание подписано всеми членами ВВЦУ, за исключением еп. Андрея.
Многочисленные факты свидетельствуют о разгуле террора в колчаковских войсках и в тылу. Наиболее яркие и документированные воспоминания такого рода принадлежат одному из руководителей Красной армии в Сибири и на Дальнем Востоке, автору песни «По долинам и по взгорьям» П.С. Парфенову (Алтайскому). Колчаковские карательные органы почти не видели разницы между большевиками и другими социалистическими партиями, с ненавистью относились к кадетам, видя в них главных виновников революции. Подавлялась всякая оппозиция, откуда бы она ни исходила. За любые выступления против колчаковского режима уничтожались активисты всех партий левее октябристов. Солдаты и офицеры расстреливались за малейшее проявление недовольства. В марте 1919 года в колчаковской «Сводке сведений по контрразведке» констатировалось: «Социалисты-революционеры в блоке с большевиками. Соорганизованы объединенные боевые дружины по Сибирской железной дороге и в крупных центрах… Идет усиленная совместная работа по организации предстоящей весною вооруженного выступления и всеобщей забастовки». Еп. Андрей никак не мог быть сторонником вооруженных восстаний, однако карательные органы белых были обязаны помнить о том, что совсем недавно владыка высказывал надежды на совместную работу с эсерами в деле организации сельских приходских общин. Еще в годы Первой мировой войны еп. Андрей держался образа мыслей, близкого линии либеральной газеты «Утро России» – органа прогрессистов, стоявших в то время на крайнем левом фланге среди лояльных режиму партий.
Колчак конфликтовал с чехословацкими частями, которым владыка поначалу симпатизировал: «…Бог спас нашу Родину! Явились родные наши братья чехи и словаки для того, чтобы спасти нас от страшного немецкого порабощения и полного духовного падения и развращения народа. Мы, русские люди, должны благословить Промысл Божий, который привел к нам в Россию благородных братьев наших – чехов, лучших представителей славянской семьи» [192] .
Наконец, при достаточно очевидном отрицательном отношении владыки к российскому самодержавию, особенно к последнему императору, он явно не мог сочувствовать насаждавшемуся в заметной части белого движения культу Романовых. Между тем в антирелигиозной литературе речь еп. Андрея перед открытием Государственного совещания в Уфе недобросовестно истолковывалась как призыв к восстановлению на престоле династии Романовых в лице великого князя Михаила.
С учетом всего вышеизложенного абсурдна и формулировка обвинительного заключения по делу патриарха Тихона, характеризующая еп. Андрея как «черносотенного церковного деятеля… набрасывающего из-за фронта целую программу деятельности «тихоновцев» внутри России. Глубоко проникнутый идеями борьбы с Советской властью, особенно укрепившимися в нем, несомненно, под влиянием его участия в «соборных» работах бывшего Патриарха Тихона , епископ Уфимский Андрей , член Сибирского Соборного совещания 1918–1919 гг., бывший заведующий духовенством армии Колчака и деятельнейший сподвижник черного адмирала по формированию «крестовых дружин» и «проповеднических отрядов», в своих черносотенных листках, кощунственно присвоивших себе название «За родную землю», откровенно выбалтывает за рубежом Советской России планы «тихоновцев»… В своей статье №4 журнала «Народ-хозяин» от 5 октября 1918 г. Ухтомский спрашивает: «Возможен ли блок приходских советов с социалистами-революционерами», и отвечает: «должен оговориться, что эта партия для меня из остальных самая близкая… Теперь церковно-приходские советы и партия социалистов-революционеров должны составлять единое неразрывное целое … Что касается русских социал-демократов… то они, вероятно, скоро убедятся, что Церковь для них мать родная, а не враг, что Церковь открывает для них свои объятия и что радость человеческая имеет основание не в классовой борьбе, а в братской взаимопомощи…» Но и внутри России программа Ухтомского не осталась только на бумаге… внутри страны специально «церковная» часть программы кн. Ухтомского была полностью проведена в жизнь тихоновцами » [193] .