Напряженная кабинетная работа помешала писателю пристальнее всмотреться в то, что происходило вокруг. Ставя прогнозы насчет ближайшего будущего, он проглядел рост революционного движения. Между тем признаки общественного недовольства становились всё более явными: зимою и весною 1901 года оно нашло исход в массовых студенческих демонстрациях и забастовках. Ответом сверху были яростные полицейские репрессии и преследование независимой печати. В еврейских кругах параллельно с революционными настроениями усиливались национальные. В Одессе, считавшейся одним из крупнейших еврейских центров, стал очевидным процесс расслоения интеллигенции. Недавние теоретические дискуссии между националистами и ассимиляторами на заседаниях Общества Просвещения привели к открытому конфликту, когда на очередь поставлен был практический вопрос о программе еврейских народных школ, субсидировавшихся Обществом. С. Дубнов невольно очутился в центре борьбы, разгоревшейся вокруг проблемы национального воспитания,
В середине девяностых годов в среде членов Общества образовалась сплоченная группа, требовавшая расширения преподавания еврейской истории, литературы и древнееврейского языка. Целью этой группы было создание школы нового типа, носящей (109) национальный характер. Комитет Общества по-прежнему держался принципа русской школы для еврейских детей. В ответ на требование оппозиции он заявил, что национальное воспитание несовместимо с общеевропейским образованием. Ожесточенная баталия разыгралась на очередном общем собрании весной 1901 г. Огорченный резкостью полемики и нападками, носившими личный характер, С. Дубнов тщетно пытался перенести прения на принципиальную почву. Он возражал против разграничения между "еврейским" и "общеобразовательным" элементом в обучении. "Ни одна живая нация - заявлял он - не знает такого различения, ибо общечеловеческое всегда воспринимается через национальное, и если нам недоступно преподавание на национальном языке, то мы должны, по крайней мере, усилить в программе национальное содержание. Ведь для народа в диаспоре национальное воспитание является суррогатом территории; школа должна быть щитом против ассимилирующего влияния среды, а не только поставщицей "полезных знаний"; кроме утилитарных задач она имеет моральные и духовные".
В обществе и прессе было много шума по поводу этого собрания; оно было началом той деятельности, которую С. Дубнов назвал "культуркампфом" (борьбой в области культуры). Сионисты и националисты, объединившись, образовали "Комитет национализации", ставивший себе задачей борьбу за усиление национального элемента в еврейских общественных учреждениях и прежде всего в школе. В этой организации ахад-гаамисты составляли центр; на крайних флангах находились политические сионисты и "дубновисты".
Выступления на собраниях отнимали у писателя много времени и энергии; несмотря на это, он своевременно закончил третью часть учебника, посвященную средним и новым векам. Учебник этот не был допущен в школы: его содержание вызвало неудовольствие цензуры. Автору поставлено было в вину, что он "старается выставить... заслуги евреев и умалчивает ... о темных сторонах их деятельности, объясняющих враждебное отношение к ним народов". Особенно возмутили цензоров-бюрократов главы, содержавшие критику мер правительства по отношению к евреям. Цензурный запрет разрушил планы писателя; третья часть учебника, в отличие от первых двух, осталась (110) внешкольным пособием, и лишь немногие учителя пользовались ею тайком от начальства.
К практическим неудачам С. Дубнов привык относиться стоически; гораздо больше угнетала его мысль, что случайные работы отодвигают в неопределенное будущее давно задуманный большой труд. Тем не менее он не считал себя вправе отказываться от попыток популяризации еврейской истории. Когда в Америке начала выходить Еврейская Энциклопедия на английском языке, он счел своим долгом помочь новому изданию и в течение ряда лет выполнял обязанности редактора-консультанта.
Летом 1901 г. Дубновы покинули пыльную Базарную улицу и поселились в тихом приморском переулке, в уединенном домике с садом; сквозь зелень смутно просвечивала синева моря. Измученный усиленной работой и городской сутолокой, писатель, приведя в порядок библиотеку и архив, уехал в Полесье, а оттуда - в родной город. Сразу почувствовал он, как изменилась за последние годы сонная еврейская провинция: всюду кипели политические споры; приезжий гость осаждался посетителями, жаждавшими обмена мыслей. Перемены в семейной обстановке были менее ощутительны; но скромный домик, в котором жила семья, казалось, еще больше съежился и врос в землю. Мать сильно кашляла и была грустна; невеселы были и молчаливые стареющие сестры. За самоваром велись тихие беседы о семейной нужде и заботах, об умерших и живых родственниках. Когда сын прощался с матерью, старушка горько плакала, словно чувствовала, что это последнее свидание. Она вскоре умерла от той же болезни, которая свела в могилу ее мужа. Уезжая из Мстиславля, писатель не подозревал, что видит и мать свою, и родной город в последний раз.
Вернувшись в Одессу, он снова с головой ушел в публицистику: нужно было закончить теоретическую часть "Писем" и перейти к злободневным темам. В осенние дни в обширном кабинете, куда доносился шум далекого морского прибоя, писалась статья "Раздробленная и объединенная партия" (Восход, 1901, № 11). Тему подсказала деятельность недавно возникшего Комитета национализации. Писатель пришел к убеждению, что необходима единая национальная партия, обнимающая различные (111) группировки ; он опасался, что в результате обособления сионистов энергия, необходимая для обслуживания миллионных масс еврейства, уйдет целиком на создание убежища для небольшой части народа.
В следующем "Письме", носившем название "Автономизм, как основа национальной программы" (Восход, 1901, кн. 12), формулирована центральная идея всего цикла статей. Провозглашая принцип "культурно-национальной автономии", писатель впервые конкретизировал неопределенное требование "национальных прав", выставленное им три года назад. В связи с новой концепцией он подробнее развил свою излюбленную идею диалектической триады. 19-ый век представлялся ему веком борьбы против национально-религиозного тезиса, который в течение ряда столетий обособлял евреев от окружающего мира и подавлял индивидуальную свободу. Возникший в этом веке антитезис был восстанием человека в еврее, протестом против деспотизма коллектива. Этот протест оказался, однако, односторонним: гуманизируя еврея, он денационализировал его. Установление гармонии между гуманизмом и национализмом является задачей двадцатого века. В этом веке еврейству предстоит осознать себя, как культурно-историческую свободно самоуправляющуюся нацию. Единицей самоуправления должна стать национальная община, включающая в свой состав как религиозных евреев, так и неверующих. Такая секуляризованная община является более действенным орудием национального объединения, чем традиционная, автоматически исключающая свободомыслящую интеллигенцию. Союз автономных общин в каждой стране и всемирный еврейский "Союз Союзов" должны стать высшими представительными органами разбросанной по различным странам нации.