Коротков успешно справился с заданием. На знаменитой фотографии, запечатлевшей момент подписания нацистским фельдмаршалом акта о безоговорочной капитуляции Германии, он стоит за спиной Кейтеля. Полковник Коротков столь плотно работал с Кейтелем, что последний в мемуарах, написанных в тюрьме Шпандау в ожидании приговора Нюрнбергского трибунала, отметил: «К моему сопровождению был придан русский офицер; мне сказали, что он обер-квартирмейстер маршала Жукова. Он ехал в машине со мной, за ним следовали остальные машины сопровождения». Как известно, со времен Петра I генерал-квартирмейстер русской армии возглавлял ее разведывательную службу.
Сразу же после войны Коротков был назначен резидентом внешней разведки во всей Германии, разделенной на четыре оккупационных зоны. В Карлсхорсте, где размещалась резидентура, он занимал официальную должность заместителя советника Советской военной администрации. Центр поставил перед ним задачу выяснить судьбу довоенных агентов советской разведки, а с теми, кто уцелел в военном лихолетье, возобновить работу. Разведчикам, возглавляемым Коротковым, удалось выяснить трагическую судьбу «Старшины», «Корсиканца», «Брайтенбаха», погибших в застенках гестапо, а также встретиться с сумевшим выжить военным атташе Германии в Шанхае «Другом», предупредившем Москву о сроках нападения Гитлера, и многими другими источниками резидентуры. Советская разведка восстановила также контакт с агентом в ближайшем окружении фельдмаршала Листа, который всю войну ожидал связи с курьером НКВД…
В 1946 году Александр Михайлович был отозван в Центр, где стал заместителем начальника внешней разведки и одновременно возглавил се нелегальное управление. Он имел непосредственное отношение к направлению в США нелегального резидента «Марка» (Вильяма Фишера), известного широкой публике под именем Рудольфа Абеля.
В мае — июле 1953 года Коротков исполнял обязанности начальника внешней разведки, однако затем вновь стал заместителем и продолжал руководить нелегальной разведкой.
Лично знавшие Александра Михайловича ветераны разведки вспоминают, что ему было свойственно нестандартное оперативное мышление и желание избегать привычных штампов в работе. Так, общаясь по долгу службы в основном с начальниками отделов и управлений и их заместителями, Коротков одновременно продолжал дружить и с рядовыми сотрудниками разведки. Вместе с ними он выезжал на рыбалку, за грибами, семьями ходили в театр. Александра Михайловича всегда интересовало мнение рядовых сотрудников разведки о мерах руководства по совершенствованию ее деятельности. Причем это были именно дружеские отношения, лишенные подобострастия и лести. Коротков не кичился своим генеральским званием, был прост и одновременно требователен в общении с подчиненными.
Вспоминая о своей первой встрече с Александром Михайловичем, замечательная разведчица-нелегал Галина Федорова писала:
«С необыкновенным волнением вошла я в кабинет начальника нелегальной разведки. Из-за большого стола в глубине кабинета энергично поднялся высокий широкоплечий мужчина средних лет и с приветливой улыбкой направился мне навстречу. Обратила внимание на его мужественное, волевое лицо, сильный подбородок, волнистые каштановые волосы. Одет он был в темный костюм безупречного покроя. Пронизывающий взгляд серо-голубых глаз устремлен на меня. Говорил низким, приятным голосом, с доброжелательностью и знанием дела.
Беседа была обстоятельной и очень дружелюбной. На меня произвели большое впечатление его простота в общении, располагающая к откровенности манера вести беседу, юмор. И, как мне показалось, когда бы он захотел, мог расположить к себе любого собеседника».
В 1957 году генерал Коротков получил назначение на должность уполномоченного КГБ СССР при министерстве госбезопасности ГДР по координации и связи. Ему было доверено руководство самым большим представительским аппаратом КГБ за рубежом. Александру Михайловичу удалось установить доверительные отношения с руководством МГБ ГДР, в том числе с Эрихом Мильке и Маркусом Вольфом, с которым он познакомился во время войны в Москве. Он способствовал тому, что разведка ГДР стала одной из самых сильных в мире. Аппарат представительства КГБ традиционно размещался в Карлсхорсте. Западногерманская контрразведка, воспользовавшись закупкой мебели для представительства, пыталась внедрить подслушивающую технику в кабинет Короткова, закамуфлировав се в люстру. Эта попытка была вовремя пресечена благодаря высокопоставленному источнику советской разведки Хайнцу Фёльфе, занимавшему один из руководящих постов в самой западногерманской контрразведке. В дальнейшем эта закладка использовалась представительством КГБ для дезинформации спецслужб противника.
Можно с уверенностью сказать, что для советской внешней разведки Хайнц Фёльфе в ФРГ значил то же самое, что и знаменитый разведчик Ким Филби в Англии. Благодаря Фёльфе на протяжении длительного периода все секреты возглавляемой Рейнхардом Гсленом западногерманской разведки становились известны Лубянке.
Генерал Коротков неоднократно встречался с Фёльфе и проводил его инструктажи. Первая их встреча состоялась в Австрии летом 1957 года и проходила в загородном ресторанчике под Веной на территории, отведенной для любителей пикника. Беседа разведчиков продолжалась практически весь световой день. А.М. Коротков подробно расспрашивал агента о внутриполитическом положении в Западной Германии, расстановке сил внутри правительства и политических партий страны, влиянии американцев на принятие политических решений, ремилитаризации ФРГ. В своей книге «Мемуары разведчика», вышедшей в 1985 году, X. Фёльфе, вспоминая А.М. Короткова, писал:
«Я хорошо помню генерала Короткова. Во время наших встреч в Берлине или Вене мы часто вели с ним продолжительные диспуты о внутриполитической обстановке в ФРГ. Его отличный немецкий язык, окрашенный венским диалектом, его элегантная внешность и манеры сразу же вызвали у меня симпатию. Он хорошо ориентировался в различных политических течениях в Федеративной республике. Не раз мы с гам горячо спорили, когда он выражал свои опасения по поводу возникновения и распространения праворадикальных группировок в ФРГ. Тогда я не разделял его мнения. Очень жаль, что сейчас я уже не могу сказать ему, насколько он был прав».
В июне 1961 года, за два с половиной месяца до сооружения Берлинской стены, А.М. Коротков был вызван на совещание в ЦК КПСС в Москву. Накануне совещания состоялась его предварительная беседа с тогдашним Председателем КГБ А.Н. Шелепиным. Бывший комсомольский вожак в беседе с разведчиком не согласился с его оценкой происходящих в Германии событий и пригрозил уволить его из разведки после завершения совещания в ЦК КПСС. Отправляясь на следующий день на Старую площадь, Коротков сказал жене, что, возможно, вернется домой без погон или вовсе не придет, поскольку Шелепин настроен решительно и не терпит возражений.
Против его ожиданий, совещание согласилось с оценками разведчика ситуации в Германии. Шелепин, видя, что позиция Короткова совпадает с мнением большинства, от выступления отказался.
Желая снять нервный стресс, Коротков прошелся пешком по улицам города, а затем поехал на стадион «Динамо» поиграть в теннис. На корте, нагнувшись за мячом, он почувствовал острую боль в сердце и упал без сознания. Срочно вызванный врач констатировал смерть от разрыва сердца. Замечательному разведчику было тогда немногим более 51-го года.
За большие заслуги в деле обеспечения государственной безопасности генерал-майор Коротков был награжден орденом Ленина, шестью (!) орденами Красного Знамени, орденом Отечественной войны 1-й степени, двумя орденами Красной Звезды, многими медалями, а также нагрудным знаком «Почетный сотрудник госбезопасности». Его труд был отмечен высокими наградами ряда зарубежных государств.
Похоронен выдающийся советский разведчик на Новодевичьем кладбище в Москве.