В Москве Малиновский был деятелен в Филантропическом комитете — он бесплатно директорствовал в доме трудолюбия, давшем приют 30 девицам бедного состояния. В этой скромной должности и в материальной нужде (при номинальной принадлежности к иностранной коллегии) застало его в 1809 г. известие об открытии в Царском Селе Лицея для знатнейших дворян (всё это потом несколько изменилось: «знатных» в Лицее собралось лишь несколько человек). В июне 1811 г. Василий Федорович получил официальное назначение и выехал к месту службы. К этому времени у него был, как мы теперь говорим, почти тридцатилетний стаж чиновничьей, педагогической и литературной работы. Он выбрал сослуживцев (важнейшая заслуга!) и приступил к перестройке дворцового флигеля, отведенного под Лицей, закупке утвари и т. п. Дальше события развивались стремительно. 11 июля объявление в «Санкт-Петербургских ведомостях» сообщало, что в «непродолжительном времени имеет быть прием воспитанников в Императорский Царскосельский Лицей». Пушкины собирают документы (№ 2–4), готовят «недоросля Александра» по опубликованной программе приемных испытаний и 16 июля отправляют — с богом и с дядей Василием Львовичем. Не позднее 1 августа — в этот день был медицинский осмотр — Пушкин знакомится с директором Лицея.
8–9 августа прошли приемные экзамены (№ 6), а 9 октября в Царское Село к Малиновскому приехали, чтобы на шесть лет поселиться в Лицее, несколько воспитанников. В их числе — Пушкин, сопровождаемый почтенным дядюшкой-поэтом. Они обедали в семье Василия Федоровича, а затем, простившись с родными, разместились в комнатах, заранее им приготовленных на 4-м этаже лицейского флигеля. 13 октября Малиновский доложил министру, что все воспитанники собрались, что они и родные их довольны приемом и пребывают в отличном настроении; все лицеисты одеты в казенные сюртуки и обуты в казенные башмаки, «потому что многие из них приличной одежды не имели».
Много времени потратил Малиновский на подготовку речи, которую он должен был произнести в присутствии императора на торжественном акте открытия Лицея. Но речь никак не нравилась министру народного просвещения А. К. Разумовскому. Мало в ней было торжественности и совсем отсутствовала пышность. В конце концов Разумовский махнул рукой и повелел Малиновскому прочитать чужую речь, сочиненную для него в министерстве. На открытии Лицея 19 октября с этой речью все-таки вышел конфуз, описанный в воспоминаниях И. И. Пущина: «…робко выдвинулся вперед наш директор В. Ф. Малиновский со свертком в руке. Бледный как смерть, начал что-то читать; читал довольно долго, но вряд ли многие могли его слышать, так голос его был слаб и прерывист. Заметно было, что сидевшие в задних рядах начали перешептываться и прислоняться к спинкам кресел. Проявление не совсем ободрительное для оратора, который, кончивши речь свою, поклонился и еле живой возвратился на свое место. Мы, школьники, больше всех были рады, что он замолк: гости сидели, а мы должны были стоя слушать его и ничего не слышать». Любопытно, что этот фрагмент воспоминаний, опубликованный в 1859 г. в «Атенее», вызвал решительные возражения некоего автора, подписавшегося в «Русском инвалиде»: «первого курса лицеист». Он обиделся за Малиновского и вспомнил к случаю лицейские стишки о Пущине:
В воспоминаниях декабриста А. Е. Розена также находим ответ Пущину: «Товарищ мой И. И. Пущин, воспитанник Лицея, в позднейших записках своих, напечатанных в Атенее, описывая день открытия Лицея, выставил директора в крайнем смущении. Малиновский был необыкновенно скромен и проникнут важностью церемонии, в первый раз в жизни говорил с государем и должен был произнести речь, которая десятки раз была переправлена предварительною цензурою; так мудрено ли, что он был смущен и дивно ли, что природа не дала ему голоса лихого батальонного командира перед фронтом». Из всего этого следует только, что Малиновский был личностью обаятельнейшей: ни чужих речей не умел читать; ни перед царем заискивать, а умел поставить порученное дело так, что за полтора века слава Лицея не померкла. Еще разрабатывая устав, Малиновский добился, чтобы строго-настрого запретили в Лицее телесные наказания. Это совершенно необычное для той поры установление было внесено в устав. Впоследствии Николай I ввел порку и для воспитанников Лицея — «в виде исключения», конечно.