В своих записях алхимики беззастенчиво применяли коды, загадки и использовали язык аллегорий — всё это позволяло им сохранить в тайне детали своего ремесла от непосвященных читателей. Очень редко в алхимических текстах можно встретить упоминание веществ под их настоящими названиями (естественно, что названиями, присущими той эпохе), вместо этого алхимиками были изобретены кодовые имена — метафоры, описывающий физические или химические свойства веществ: прожорливый волк (вещество, вызывающее коррозию), орёл (летучее вещество), король (драгоценный материал), распущенная блудница (вещество, которое легко реагирует со многими другими материалами) и так далее. Некоторые из алхимиков шли дальше, делая всех этих волков, королей, орлов и блудниц героями аллегорических рассказов, в которых шифровалось описание экспериментов. К таким рассказам, например, относится один из самых популярных алхимических текстов, написанный Эйренаэусом Филалетесом (скромно взятый псевдоним переводится как «Мирный любитель истины»). Сэр Исаак Ньютон учился алхимии по трудам Филалетеса и, возможно, вывел свои собственные теории о строении материи, находясь под их влиянием. В качестве руководства по практическому занятию алхимией Ньютон должен был читать у Филалетеса следующее:
Возьмём четыре части нашего Огненного Дракона, скрывающего в своём брюхе Магическую Сталь, девять частей нашего Магнита, смешаем с раскалённым Вулканом… отбросим пену и возьмем зерно, трижды очистим его огнём и Солнцем, которое можно легко получить, когда Сатурн увидит своё отражение в зеркале Марса. Так мы получаем Хамелеона нашего Хаоса… Дитя-Гермафродита, порченного укусом Бешенного сумасшедшего пса…
Этот цветастый зашифрованный язык не что иное, как описание воспроизводимого процесса выделения сурьмы (Дитя-гермафродита) из её сульфидного минерала (Магнит Сатурна), используя железо (Огненный Дракон или Марс) в качестве восстановителя. Даже отсылка Филалетеса к водобоязни (укус бешенного сумасшедшего пса) указывает на химические процессы — под водобоязнью здесь подразумевается то, что сурьма «боится» металлической воды (ртути). Говоря проще, сурьма не образует устойчивую амальгаму.
Специалистам по истории химии удалось без особых проблем прорваться через поток метафор и расшифровать методику благодаря тому, что известно — под псевдонимом «Филалетес» выступал алхимик (а может уже и химик) Джордж Старки. Старки родился в 1628 году в британской колонии на Бермудских островах и в возрасте 18 лет окончил Гарвард, тогда еще бывший Британским университетом. Сохранились источники, в которых Старки описывает тот же самый процесс получения сурьмы «нормальным» химическим языком того времени, не прибегая к метафорам и называя вещества своими именами. Эти источники — и дожившие до наших дней лабораторные журналы, и письма Старки своему ученику и другу Роберту Бойлю. Наследие Старки-Филалетеса и других его коллег позволяет с уверенностью говорить о том, что алхимики использовали два стиля научного письма. Записи, изобиловавшие метафорами, в которых водились огненные драконы, светлые огнегривые львы и прочие исполненные очей волы, предназначались для публикаций, которые может прочитать неосведомлённая публика, в то время как более строгое и конкретное описание экспериментов использовалось в узком кругу собратьев по «тайному ремеслу». То, что до наших дней дошло больше напечатанных работ с метафорическими текстами, чем личной переписки и лабораторных журналов алхимиков, позволяющих расшифровать все эти метафоры и шифры, в конечном итоге и породило устойчивый миф о том, что такое экстравагантное описание алхимических практик в ряде случаев было даже не описанием экспериментов, а попыткой поделиться с широкой публикой своими видениями, которые порождала не всегда здоровая психика. Тем не менее, это не что иное, как миф, а алхимические метафоры и образы вполне можно считать одним из способов защиты интеллектуальной собственности, реализованных в средневековой Европе.