После кончины в июле 1645 года царя Михаила Федоровича и по сложившейся традиции предстояли выборы нового монарха. Придворная группировка русской аристократии, в состав которой входили влиятельные князья и бояре, в частности, И.М. Черкасский, Ф.Ф. Шереметев, Н.И. Одоевский и другие члены Боярской думы, решила посадить на русский престол датского принца Вольдемара и создать в России на польский манер режим выборной монархии. Но эта дворцовая интрига не удалась, поскольку усилиями боярина Б.И. Морозова на русский престол был избран его воспитанник, старший сын почившего государя, молодой царевич Алексей Михайлович. В результате этого «дворцового переворота» к власти пришло новое правительство, в состав которого вошли бояре Б.И. Морозов, Г.Г. Пушкин, М.М. Салтыков, Л.С. Плещеев, П.Т. Траханиотов и другие представители родовой аристократии и столичного дворянства. Многие из них были связаны различными родственными узами, как, например, Б.И. Морозов, Л.С. Плещеев и П.Т. Траханиотов, которые приходились родней царскому тестю, боярину И.Д. Милославскому.
Период правления царя Алексея Михайловича Романова (1645–1676) характеризуется противоречивой двойственностью, с одной стороны, стремлением сохранить роль и значение земского самоуправления, с другой стороны, растущим закрепощением народной массы, которую отдали в жертву интересам служилого землевладения.
Царь Алексей Михайлович по своей природе мягкий человек постоянно нуждался в советниках и помощниках; он всем сердцем привязывался к людям, близко стоявшим к нему, легко поддавался их влиянию. Таким близким лицом в начале царствования был его воспитатель («дядька») боярин Б.И. Морозов, который в течение 3 лет фактически управлял государством, поскольку на престол Алексей Михайлович вступил в 16 лет. Молодой царь находился под сильным влиянием дядьки – человека способного и опытного администратора, но «не умевшего возвыситься до того, чтобы не быть временщиком» и приносившего общие государственные интересы в жертву своим личным выгодам.
В 1646 году была установлена новая пошлина на соль, из-за чего цена на нее сильно выросла. По стране прокатилась волна Соляных бунтов, направленных против правительства боярина Б.И. Морозова. Произвол и лихоимство ставленников Б.И. Морозова вызвали волнение в Москве (1648), беспорядки в Соль-Вычегодске и бунт в Устюге-Великом. Алексей Михайлович вынужден был пожертвовать своим воспитателем и отправил его в ссылку в Кирилло-Белозерский монастырь. Народные требования об отмене новой пошлины на соль были удовлетворены. Новая пошлина на соль была отменена в том же году. Постепенно недовольство угасало, после того как народное волнение стихло, боярин Б.И. Морозов вернулся к царскому двору. С этого времени Б.И. Морозов утратил первенствующую роль в государственном управлении, но царское расположение к нему осталось.
Новое окружение царя выступало за улучшение законодательства и судебной системы. Для составления нового кодекса был созван Земский собор (1647), результатом работы которого явилось опубликованное в мае 1649 года «Уложение, по которому суд и расправа во всяких делах в Российском государстве производится». «Уложение» распространялось на все сферы жизни тогдашней России и удовлетворяло основным требования дворян (о бессрочном сыске беглых крестьян и др.) и верхушки посада (ликвидация беломестных слобод и др.).
Удручающее экономическое положение народа побудило царя и его Думу провести денежную реформу. Были предприняты следующие меры: сначала произвольно увеличили курс ходившей монеты – клеймённый казной серебряный ефимок стоимостью в 42–50 коп. должен был приниматься за рубль. Затем пустили в оборот (1656) медные деньги, одинаковой формы и величины с серебряными, выпущенные по одному номиналу с последними. Меры эти, применённые крайне неумело, привели к постепенному исчезновению из обращения серебра, к обесцениванию медных денег, к страшному вздорожанию продуктов. Все это, в конце концов, привело к открытому бунту в Москве в июле 1662 года. Для усмирения бунта, получившего название «Медного», пришлось прибегнуть к военной силе, и волнения были жестоко подавлены. В 1663 году медные деньги были отменены, но правительственные меры в сфере денежного обращения успели катастрофически сказаться на благосостоянии народа.