Так началась Великая Отечественная война. На всем протяжении границы от Баренцева до Черного морей завязалась ожесточенная и кровопролитная борьба.
Партия прежде всего приняла меры к созданию органов стратегического руководства и фронтового управления. В этом ей пришлось пойти дальше, чем предусматривалось нашими планами. В довоенные годы мы предполагали, что военными действиями, командованием фронтов будет руководить нарком обороны с Главным военным советом, созданным в 1938 году. Проекта создания Ставки Верховного командования не имелось. Но начало войны показало, что структура руководства вооруженной борьбой должна быть более совершенной и эффективной. 22 июня военными действиями руководил, как и предусматривалось, Главный военный совет, но уже на следующий день была создана Ставка Главного командования Вооруженных Сил Союза ССР. Я сказал бы, что она носила несколько демократический характер, так как во главе ее был не главнокомандующий, а председатель нарком обороны Маршал Советского Союза С. К. Тимошенко. В нее вошли также С. М. Буденный, К. Е. Ворошилов, Г. К. Жуков, П. Г. Кузнецов, В. М. Молотов, И. В. Сталин.
Одновременно при Ставке был создан институт постоянных советников в составе Н. Ф. Ватутина, Н. А. Вознесенского, Н. Н. Воронова, А. А. Жданова, П. Ф. Жигарева, Г. И. Кулика, К. А. Мерецкова, А. И. Микояна, Б. М. Шапошникова и других военных, партийных и государственных деятелей.
Большое значение для ведения войны имело постановление ЦК партии от 30 июня об образовании Государственного Комитета Обороны. ГКО сосредоточил в своих руках всю полноту власти в стране. Его постановления имели силу законов военного времени, их были обязаны выполнять все партийные, советские, военные, профсоюзные и другие организации, а также граждане СССР. Уже первые шаги ГКО по перестройке народного хозяйства, по мобилизации сил и ресурсов страны для военных нужд были весьма успешными.
В связи со все усложнявшимися задачами отпора врагу ЦК партии снова возвращается к вопросу о стратегическом руководстве. 10 июля Ставка Главного командования преобразуется в Ставку Верховного командования Вооруженными Силами Союза ССР, а 8 августа – в Ставку Верховного Главнокомандования Вооруженных Сил СССР. Ее председателем становится И. В. Сталин. 19 июля он назначается народным комиссаром обороны, а 8 августа – Верховным Главнокомандующим Вооруженными Силами СССР.
Членами Ставки Верховного командования были назначены В. М. Молотов, К. Е. Ворошилов, С. К. Тимошенко, Г. К. Жуков, Б. М. Шапошников, С. М. Буденный. В этом составе она оставалась почти до конца войны. Ставка превратилась в достаточно централизованный и гибкий орган руководства вооруженной борьбой.
Были также внесены изменения в структуру Наркомата обороны и Генерального штаба. Характер перестройки также подсказывали интересы конкретного и оперативного руководства военными действиями, помощи фронтам.
Сошлюсь хотя бы на такой факт. С самого начала войны Генеральный штаб испытывал затруднения из за постоянной потери каналов связи с фронтами и армиями. Трудно было и войскам без связи со Ставкой, Генштабом. Наркомат связи шел нам навстречу, но он должен был обслуживать потребности всей страны, а потому бывало, что наши нужды не всегда немедленно удовлетворялись. Когда доложили об этом ЦК партии, И. В. Сталин сказал:
– Если нарком Пересыпкин плохо помогает вам, тогда есть смысл назначить его по совместительству начальником Управления связи Наркомата обороны.
Так и сделали. Это сразу позволило привлечь для руководства фронтами и армиями все возможные средства связи страны и значительную часть лучших специалистов наркомата для обслуживания линий связи Вооруженных Сил. Дело решительно изменилось, и связь перестала быть у нас проблемой.
Тогда же было создано Главное управление формирования и укомплектования войск Красной Армии (Главупраформ).
В конце июля реорганизуется служба тыла. Было создано Главное управление тыла (штаб, управление военных сообщений, автодорожное управление). Начальником тыла был назначен популярный в Вооруженных Силах и опытнейший хозяйственник генерал А. В. Хрулев. Ряд управлений Наркомата обороны преобразуются в главные. Восстанавливается должность начальника артиллерии Красной Армии, им был назначен генерал Н. Н. Воронов. Перестройка произошла в видах Вооруженных Сил.
В результате реорганизации центрального аппарата, осуществленной летом и осенью 1941 года, улучшилось руководство Вооруженными Силами, их строительством и обеспечением. Освобождение Генерального штаба от непосредственного участия в укомплектовании и формировании войск Красной Армии, от управления тылом Вооруженных Сил (за ним оставалось лишь право контроля) позволило ему сосредоточить основное внимание на оказании Верховному Главнокомандованию всемерной помощи в решении оперативно стратегических вопросов.