Как утверждал в своих воспоминаниях X. Р. Лессер, бывший адъютант главнокомандующего эстонской армии генерала Лайдонера, в своем письме Пятсу Гитлер заявил, что Германия не будет возражать, если в Эстонии будут размещены советские войска. В то же время Гитлер просил эстонское правительство “потерпеть” до осени 1940 года. Это письмо во многом объясняло последующее поведение Пятса и его окружения. В эти дни Лайдонер заявил: “Если бы была надежда, что откуда-нибудь придет помощь… то мы бы воевали”.
Однако не только отказ Германии, не желавшей в это время идти на ухудшение отношений с СССР, но и широкая оппозиция такому союзу в Эстонии препятствовали подобному повороту. Признавая непопулярность проектов эстонско-советской войны, Лайдонер говорил: “Нетрудно предсказать, каково было бы влияние коммунистической пропаганды в случае развязывания этой войны… Кроме всего прочего, трудно начать войну, когда тебе предлагают договор об оказании помощи”. Эстонский государственный деятель Пийп констатировал: “Народ сейчас не в таком состоянии, чтобы с ним не считаться”. Консультации, которые правительство Пятса провело с правительством Финляндии, окончательно убедили его в необходимости принять советское предложение.
28 сентября 1939 года, в тот же день, когда был подписан советско-германский договор о дружбе и границе, Эстония и СССР подписали договор о взаимной помощи. Как подчеркивал Риббентроп в телеграмме Гитлеру, направленной в тот же день из Москвы, договор не означал “упразднения эстонской системы правления”. Однако на следующий же день Гитлер отдал приказ о перемещении в Германию 86 тысяч немцев, проживавших в Эстонии и Латвии.
Хотя эстонское правительство знало, что уже не может рассчитывать на поддержку Германии, министр иностранных дел Эстонии К. Сельтер в ходе переговоров в Москве старался свести к минимуму усиление влияния СССР на свою страну, а потому отверг советское предложение о размещении в Эстонии 35 тысяч красноармейцев и соглашался лишь на 15 тысяч. Тогда участвовавший в переговорах Сталин предложил ограничиться 25 тысячами, заметив при этом: “Не должно быть слишком мало войск — а то вы их окружите и уничтожите”.
В соответствии с пактом о взаимопомощи СССР и Эстония обязывались “оказывать друг другу всяческую помощь, в том числе и военную, в случае возникновения прямого нападения или угрозы нападения со стороны любой великой европейской державы по отношению морских границ Договаривающихся Сторон в Балтийском море или сухопутных их границ через территорию Латвийской Республики, а равно и указанных в статье III баз”.
Третья статья определила право Советского Союза “иметь на эстонских островах Сааремаа (Эзель), Хийумаа (Даго) и в городе Палдиски (Балтийский Порт) базы военно-морского флота и несколько аэродромов для авиации на правах аренды по сходной цене”. Договор закреплял за СССР право держать на участках, отведенных под базы и аэродромы, “ограниченное количество советских наземных и воздушных вооруженных сил, максимальная численность которых определяется особым соглашением”.
Участники договора обязывались не участвовать в союзах или коалициях, направленных против другой стороны. СССР обязывался “оказывать эстонской армии помощь на льготных условиях вооружением и прочими военными материалами”. В договоре подчеркивалось: “Проведение в жизнь настоящего пакта ни в какой мере не должно затрагивать суверенных прав Договаривающихся Сторон, в частности, их экономической системы и государственного устройства”.
Договор, подписанный в Москве, соответствовал всем нормам международного права и был зарегистрирован в Лиге Наций 13 октября 1939 года в Официальном регистре договоров Секретариата в соответствии со статьей 18 Устава этой организации. И хотя советско-эстонский договор не посягал на суверенитет страны, К. Н. Никитин так характеризовал реакцию верхов Эстонии: “Правящая буржуазная эстонская верхушка, промышленная буржуазия заключала пакт о взаимопомощи с большим недоверием и неохотой. В приходе Красной Армии видели подрыв своего господства, видели начало своего конца”. Особенно негативной была реакция эстонских военных. “В правительстве при обсуждении вопроса о заключении эстоно-советского пакта выступали ярыми противниками заключения этого пакта генерал Лайдонер и бывший премьер-министр Энпалу… Эстонское высшее офицерство настроено было все время против СССР, шло всецело за Лайдонером и не сочувствовало пакту. В особенности враждебно настроен кайцелит”.
В то же время политический уход Германии из Эстонии и выезд десятков тысяч немцев из страны вызвал позитивную реакцию в широких народных массах. Как отмечал К. Н. Никитин, “эстонцы выражают чувство удовлетворения по поводу отъезда немцев из Эстонии. Своё удовлетворение их отъездом они обосновывают тем, что немцы всегда в Прибалтике вели себя как завоеватели и поработители. Вместе с экономическим угнетением они несли с собой и национальное угнетение, они стремились уничтожить национальную культуру и т. п …Фашизм, который упорно прививали немцы в Эстонии и который был по нутру правящей эстонской буржуазии, взятый вместе с воспоминаниями о немцах как завоевателях, родил в эстонских широких кругах чувство ненависти. Хозяйничанье немцев и их заносчивость по отношению к эстонскому населению, угроза полным порабощением, если придет Гитлер, еще больше разжигали у эстонцев чувство ненависти к немцам”.