Аналогичным образом развивались события в Эстонии. Как вспоминал очевидец июньских событий X. Аллик, “на фабриках происходили стихийные забастовки, на улицах и площадях — митинги. На каждом углу, на улицах — собирались люди, шли обсуждения и споры. “Тишина” пятсского режима враз была сметена. Правительство еще пыталось что-то сделать, чтобы помешать свершению неизбежного. Полиция арестовала некоторых наиболее активных профсоюзных деятелей. На углах были расклеены приказы главнокомандующего Лайдонера, в которых запрещались массовые сборища и собрания. Но на них никто не обращал внимании. Вечером 20 июня в Рабочем спортзале на Пярнуском шоссе состоялось собрание представителей рабочих организаций, на котором была дана информация о событиях последних дней и выдвинуто требование ухода правительства Пятса. По всем выступлениям было видно, что настало время решительных действий”.
В соответствии с решением руководства Компартии Эстонии 21 июня на таллинской площади Свободы состоялся массовый митинг, участники которого требовали “убрать правительство, провоцирующее войну против Советского Союза” и “создать правительство, способное неуклонно провести в жизнь пакт о взаимопомощи”. Демонстрация рабочих проходила с пением революционных и советских песен. Остановившись у дворца, демонстранты требовали отставки правительства Юримаа, освобождения политических заключенных, предоставления свободы профсоюзам. Появившийся на балконе дворца Пятс заявил, что не может выполнить требования рабочих. Тогда по призыву одного из ораторов демонстрация двинулась на захват арсенала, полицейского управления и тюрьмы.
В это время к президенту К. Пятсу прибыли А. А. Жданов и К. Н. Никитин, предложившие эстонскому президенту кандидатуру Иоганеса Вареса-Барбаруса в премьер-министры. Пятс, по словам К. Н. Никитина, “едва успел прийти в себя после митинга” и “растерянно повторял: “Чудной наш народ, неорганизованный”. Предложенную нами кандидатуру… принял без возражений и испуганно повторял: “Только, пожалуйста, поскорее организуйте правительство и приведите всё в порядок”. Визит наш окончился не более чем в 8 минут”.
Тем временем, подойдя к тюрьме, манифестанты добились освобождения политзаключенных. Некоторые из них сидели по 10-15 лет.
Демонстрация продолжила свое шествие по городу. По дороге проходили краткие митинги. Как отмечал в отчете Никитин, “примерно часам к трем или четырем дня народное движение вышло из рамок демонстрации. Были захвачены оружейные склады, роздано на руки оружие, полиция в страхе разбежалась и попряталась куда попало. Город очутился во власти вооруженных рабочих и других граждан”.
Объясняя причины того, что “мирно настроенная демонстрация вдруг перешла к революционным действиям”, Никитин говорил о том, что “ненавистный режим… в течение 20 лет настолько озлобил население города и деревни, что оно готово было при малейшей возможности к тому, чтобы расправиться со своими поработителями. Уже одно то, что они вырвались после долгих лет молчания на улицу свободными гражданами, подняло у демонстрантов настроение”. Оправдывая этот взрыв эмоций объективными обстоятельствами, полпред в то же время считал, что следовало остановить накал страстей и не допустить перерастания мирной демонстрации в революционное восстание
Тем временем уполномоченные СССР А. Вышинский, А. Жданов, В. Деканозов, прибывшие в Ригу, Таллин и Вильнюс, продолжали вести переговоры с правящими кругами трёх республик о формировании правительств. После консультации с Деканозовым премьер-министром и министром иностранных дел Литвы был назначен Винкас Креве-Мицкевичус. Министром финансов стал Эрнестас Галанаускас, занимавший тот же пост в предыдущем кабинете Меркиса. Единственный коммунист в новом правительстве Литвы занял пост министра внутренних дел.
Как правило, работники полпредств в трех прибалтийских столицах рекомендовали кандидатов в члены правительств, которые были известны им как сторонники сотрудничества с СССР, но не являлись членами компартий. Таким был доктор Иоганес Варес, которого советское полпредство рекомендовало на пост премьер-министра Эстонии. Варес являлся видным писателем (псевдоним Барбарус). Среди новых членов эстонского правительства преобладали левые социалисты, члены фракции “трудового народа” Государственной думы. Коммунистов в новом правительстве не было.