Рана Санга, имевший среди других раджпутских властителей немалое влияние, собрал под свои знамена 80000 отборных воинов и приготовился вышвырнуть пришельца обратно в афганские горы. Рана Санга принял в свое войско уцелевших мусульманских военачальников и даже брата Ибрагима Махмуда, которого он временно признал законным правителем Дели. Мусульмане и раджпуты не очень доверяли друг другу, но их объединяла одна цель — убрать третьего.
Бабуру начало боевых действий не принесло никакого удовлетворения. Раджпуты взяли штурмом укрепленную крепость Баяна, перебили могольский гарнизон и уничтожили могольский отряд в 1500 всадников, посланный на выручку защитникам крепости. Уцелевшие моголы рассказывали о том, какие ужасные воины раджпуты, и, пока Бабур не казнил их, сумели создать в войске мнение, что пора уходить домой, сохранив то, что удалось награбить. Масла в огонь подливал и астролог из Кабула, предрекавший в битве с раджпутами неизбежное поражение. Бабур казнил и его, а затем обратился к войску с решающей речью. Он сказал всем своим наемникам, которые составляли большинство его войска (было там и немало европейцев), что всякая жизнь кончается смертью, а родной дом слишком далеко, и если уж им суждено погибнуть, то сделать это надо с честью, если же суждено победить, то все они получат богатейшую страну и приумножат славу Аллаха.
В конце своей речи Бабур объявил джихад — священную войну против раджпутов. И войско воспряло духом.
Возможно, самая великая из всех битв в истории Индии состоялась 17 марта 1527 года близ деревни Кхануа в районе Агры. Рана Санга выставил около 80 000 человек и сотни боевых слонов. Бабур — около 40 000 воинов и артиллерию. Битва длилась 10 часов и была исключительно упорной. Раджпуты, поначалу ошеломленные артиллерийской пальбой, сумели взять себя в руки, усмирить слонов и потеснить моголов по всему фронту, почти уничтожив их правый фланг. Победа раджпутов уже была видна, когда Бабур нанес сокрушительный фланговый удар своим лучшим кавалерийским отрядом, который он до последнего момента держал в резерве.
У раджпутов еще была возможность перегруппировать силы, но именно в этот момент Рана Санга был ранен и без сознания унесен с поля боя. Бабур же в отсутствие командующего смял раджпутов и одержал победу. Впоследствии в своих мемуарах он очень высоко оценил боевые возможности раджпутов и назвал битву при Кхануа самой тяжелой в своей карьере. Рана Санга пытался снова собрать войско, но ему уже никто не хотел подчиняться, и раджпутские раджи и махараджи вернулись к своей обычной точке зрения — «каждый за себя». Обескровленному войску моголов это было только на руку, и Бабур, снова собравшись с силами, начал отрывать от раджпутских княжеств «по кусочку». Рана Санга, тяжело страдая и от раны, и от непонимания соотечественников, в 1528 году умер. У Бабура больше не было равных соперников.
Так началось почти 300-летнее владычество моголов в Индии. Впрочем, сам Бабур не слишком долго наслаждался победой и умер в декабре 1530 года. Что касается раджпутов, то они ни на один день не прекращали свою борьбу против моголов. На протяжении всех 300 лет их владычества они, преимущественно партизанскими методами при полной поддержке остального населения, наносили захватчикам большой урон. Раджпуты довели до совершенства свою набеговую тактику, и вплоть до прихода англичан целый ряд пригималайских и западных труднодоступных раджпутских княжеств сумели сохранить свою независимость. Остальные раджпуты либо погибли в неравной борьбе, либо, в отдельных случаях, шли на сотрудничество с моголами, отдавая за них замуж своих дочерей и делая успешную карьеру в могольской армии. Раджпутские военачальники одержали немало славных побед на востоке и юге Индии, но лишь единицы принимали мусульманство и выступали против соотечественников, подобно Ман Сингху в неудачной для него битве при Халдигхати. Его родной клан — каччва вот уже почти 500 лет не любит вспоминать об этом позорном для них факте. Но об этом помнят остальные раджпуты — ведь история их народа для них не есть что-то застывшее и покрывшееся пылью веков, она — неразрывная и вечно живая связь времен, из глубин которых отважные предки с гордостью смотрят на своих отважных потомков, которые в любой момент готовы совершить подвиг во имя своей собственной чести и чести своей Родины и пройти путь воина и раджпута до конца.