В 1927 году в городе Глазове он был рукоположен в сан иерея, а в 1929-м назначен настоятелем московского Князе-Владимирского храма в Старосадском переулке. Но время его открытого служения церкви, «неподпольной» жизни и счастливого общения со своими детьми было недолгим. В 1932 году последовали арест и продолжительные гонения. Лишь в 1934-м он вернулся в Москву и устроился на работу в Институт климатологии в поселке Кучино.
В ночь с 8 на 9 сентября 1937 года за ним пришли. Дети собрали отцу кое-какие вещи и положили их в наволочку. Когда он вышел из дома, дочь, провожавшая его, сорвала в саду и подала отцу яблоко. «Не надо», – отрезал сотрудник ОГПУ. Он, видно, знал, что забирают на этот раз не для того, чтобы отпустить. 5 ноября 1937 года отец Владимир Амбарцумов был расстрелян в Бутово.
Отец Кирилл: «Бутово должно стать местом памяти»«…После того как Церковь узнала о том, что на Бутовском полигоне погибло много священнослужителей – это было весной 1994 года, – возникла необходимость строительства на этом месте храма. Не потому, что мы знали, что многие погибшие здесь за веру будут потом прославлены как святые, а потому что это вообще в традициях православия. Причем эта мысль была высказана как Святейшим, так и мэром Москвы. Но в это время и Святейший, и Ю. Лужков занимались строительством Храма Христа Спасителя – было ясно, что еще на один храм их не хватит. И тогда родственники пострадавших на полигоне попросили у Патриарха разрешения создать общину, чтобы самим заняться строительством храма. Община была создана в конце 1994 года. Я был избран председателем приходского совета, или, попросту, старостой. По нашей просьбе Святейший обратился в ФСК (теперешнее ФСБ) с просьбой о выделении в Бутово земельного участка под строительство храма. Никто не думал, что нам отдадут полигон, и тем более центральную часть, поэтому формулировка была именно такая. Неожиданно быстро в патриархию позвонили из администрации Московской области и предложили обсудить этот вопрос. Переговоры проводил владыка Арсений, теперешний архиепископ. Я присутствовал. Два чиновника из администрации Московской области поинтересовались: зачем вам это? Когда им было объяснено, что здесь пострадало много священнослужителей и вообще много известных людей, один из них сказал: „Тогда возьмите лучше „Коммунарку“, там такой хороший лес…“ Владыка Арсений сказал: „Нет. Здесь пострадали конкретные люди, родственники которых живы до сих пор…“
Неожиданно быстро эти вопросы разрешились. При этом было решено, что в Бутово будет открыт храм, куда люди смогут приходить молиться – потому что здесь земля освящена кровью священномучеников. Как только территория была передана Русской Православной Церкви, она стала открытой для всех. Ибо даже тогда, когда чекисты признали, что это зона массовых захоронений, они разрешили доступ сюда только по выходным дням. Затем был построен храм по проекту архитектора Дмитрия Шаховского, чей дед, священник Михаил Шикт, тоже здесь расстрелян. Сама территория… Я не могу сказать, что она благоустроена, но она все-таки приведена в порядок. Потому что когда мы ступили сюда впервые, чтобы пройти от первого поклонного креста к тому месту, где находится сейчас храм, мы топорами прорубали заросли борщевика, сухостоя, буквально, как в джунглях. Сейчас основная часть территории, по крайней мере, ухожена, скошена трава, обозначены рвы, разбиты цветники – совсем другой вид. И это с нашей точки зрения очень большой шаг.
В 1997 году на средства Московского правительства в Дрожжино была практически заново построена дорога от Варшавского шоссе. Сюда был пущен автобус, налажено рейсовое сообщение. Этот рейс был организован именно для того, чтобы люди приезжали на место захоронения, и сейчас этим автобусом пользуются все, хотя расписание его приурочено к расписанию богослужений. Так или иначе это место стало достижимым, доступным. В начале 1997 года по благословению Его Святейшества было произведено вскрытие одного из рвов и впрямую доказано, что это – место массовых захоронений расстрелянных. И в 2000—2001 годах, опять же на средства Московского правительства, были проведены проектно-изыскательские работы с целью точного нахождения рвов. Их обнаружено тринадцать. После этого, собственно, и возникла мысль, чтобы всю эту территорию сохранить как памятник. Для начала пришлось остановить строительство здесь, в Дрожжино, микрорайона из нескольких многоэтажных домов, коммуникации которых вообще планировалось проложить через южный ров. После того как план отменили, было принято решение о сохранении этого места как исторического памятника. И сейчас все, что происходит в Бутово, вошло, можно сказать, в гораздо более серьезную стадию. Готов проект благоустройства и озеленения памятника «Бутовский полигон». Сейчас этот проект проходит последние экспертизы, и надо будет решать вопрос о финансировании работ по благоустройству территории полигона. Основная идея проекта – это сохранение территории в прежнем виде и обозначение погребальных рвов в виде холмов. Потому что, если вы ходили по проваленным ямам, забросанным мусором, обувью, чернильницами, вы сами понимаете, как это жутко. Надо проделать мелиоративные работы, земляные, работы по озеленению и так далее, но главное, с чем сейчас все согласились, это то, что здесь должен быть памятник.