Последствия смены веры в каганате были неоднозначны. По одной современной версии, принятие иудаизма стабилизировало ситуацию в каганате после поражения в войне с арабами и способствовало его расцвету, росту городов и, в целом, вступлению на цивилизованный путь развития. Однако византийские хроники повествуют о жестокой «гражданской войне» в Хазарии в начале IX века, о том, что войну эту развязала оппозиция, возникшая после реформ хазарского царя Обадия. Это подтверждается и императором Константином Багрянородным, который в отрывочных сведениях сообщает, что война велась из-за власти. Перемены в Хазарии устраивали не всех. Раньше это была «кочевая империя», связанная сетью династических браков, интересами общей безопасности и, по возможности, общей наживы, о чем должен был заботиться владыка своих подданных – тюркский каган. Теперь часть населения осела в городах, живя уже не войнами, а торговлей и земледелием. Степнякам трудно было принять такой образ жизни, так же как и новую, совершенно непонятную им религию. Возможно, с принятием иудаизма изменился статус самого кагана и власть фактически перешла к «беку».
По мнению М.И. Артамонова, беком был и царь Булан, от которого и произошла династия хазарских царей. Прежде бек отвечал за набор ополчения и пополнение казны. Именно в интересах бека было упрочение городов, сосредоточение богатств в одном месте, развитие торговли, системы взимания дани с соседей, иными словами, велось некое плановое хозяйство, противостоящее анархии рискованных военных походов. Бек был заинтересован в передаче власти по наследству и в уменьшении роли старой племенной аристократии. Он же был заинтересован и в принятии единой религии: предполагалось, что это сплотит племена, входящие в каганат. В результате иудаизм приняла только хазарская верхушка и теперь царю, чтобы иметь под рукой верных воинов, недостаточно было, как прежде кагану, бросить клич – приходилось нанимать наемников, в том числе и из враждебного когда-то Ирана, которым нужно было платить. Начались войны, собирающие дань с соседних народов. В их число при постоянном расширении территорий для сбора дани попали камские булгары, буртасы (по арабским источникам, народ, живший на берегах Волги от нынешнего Саратова до Казани), мордва, марийцы, вятичи, северяне и поляне. Славяне-поляне оказались последними в этом списке: до IX века хазары и славяне не встречались. Именно отгораживаясь от славян, в 834 году хазары построили на Дону крепость Саркел, пригласив византийских мастеров.
Таким образом, родовая аристократия – феодалы, недовольные и религиозными, и экономическими реформами политики Обадия, а также тем, что беки превратили кагана «в бессильного сакрального царя», восстала против правящей верхушки. Восстание было подавлено, а вместе с тем в ходе последовавшей после него долгой междоусобной войны была истреблена значительная часть населения.
Хронологию конфликта можно вычислить из списка христианских епархий начала IX века. Документ этот называется «Notitia VI Parthey». В этом списке, составленном до 815 года, отсутствуют и Готская (Хазарская) митрополия, учреждения которой Византия добилась в 80-х годах VIII века, и епископии в крымских и таманских городах. По всей видимости, христианская Готия, расположенная на территории каганата и тесно связанная с Византией, была для царя Обадия серьезной преградой распространению избранной государственной религии – иудейства. И хазарское правительство уничтожило церковные организации христиан в каганате.
К тому же интересы торговли требовали теперь добрых отношений с исламским миром, поэтому Хазария ориентировалась уже не на Византию, а на мусульманский Восток. Византия, в свою очередь, продолжала быть заинтересованной в христианском присутствии в Хазарии и отправила в 860 году в каганат своего проповедника и полномочного представителя Кирилла. Напутствовал миссионера патриарх Фотий (некоторые исследователи полагают, что сам Фотий был хазарского происхождения, иначе почему бы за ним закрепилось ругательство «хазарская рожа»). Кирилл был принят каганом с почестями, беседовал с ним и в прениях о вере победил своих противников, что и отражено в летописи «Паннонское житие». В целом же, судя по этому источнику и мнениям многих исследователей, миссия Кирилла была более чем скромной.
В результате всех внутренних конфликтов царь Обадий и его окружение утвердили власть царя в каганате, но распространить иудейство в качестве основной религии им не удалось, поскольку хазары-христиане и хазары-мусульмане активно противостояли этому.
«Народ (до нападения на нас) неименитый, народ не считаемый (ни за что), народ поставляемый наравне с рабами, неизвестный, но получивший имя со времени похода против нас…» – писал патриарх Фотий в Окружном послании по случаю нашествия «россов» на Константинополь, которое было далеко не первым в череде походов нового, неведомо откуда взявшегося полчища. В первой половине IX века, совершая первые набеги на византийские и хазарские владения, это полчище состояло из среднеднепровских славян – руссов, северных племен – новгородцев и варягов, а к середине IX века славянская Русь уже была способной организовать большой поход на Константинополь. Следующий же поход на Константинополь, организованный новгородским князем Олегом (между 907 и 911 годами), в десятки раз по силам превышал поход 860 года. По данным летописи, у Олега было тогда 2 000 кораблей. В этот поход он отправился, подчинив себе уже и Киев, и полян, и северян, и радимичей, плативших дань хазарам. Древнеармянский историк Моисей Каланкатуйский сообщает, что налоговая практика, созданная хазарами, была довольно изощренной. Например, в покоренной Албании помимо налогов, взимавшихся с албан Ираном, хазары обложили налоговыми повинностями ремесленников, горняков, рыбаков и торговцев и приставили к ним надзирателей. А в русской летописи сообщается, что хазары брали дань с полян, северян и вятичей «по беле и веверице с дыма» – по серебряной монете и белке с дома. Наверное, это был нелегкий налог, потому как о дани, которую после освобождения от хазар славянские племена платили Олегу, говорится как о легкой.