В конце 1980-х Артем Боровик переходит из «Советской России» в журнал «Огонек», превратившийся к тому времени в один из наиболее популярных журналов страны, благодаря разоблачительным публикациям о неизвестных страницах истории СССР 1930 – 1950-х годов и другим злободневным материалам на ранее запретные темы. В качестве сотрудника «Огонька» Боровик работает в Афганистане (результатом этой командировки стал цикл репортажей, многие из которых были перепечатаны американским журналом «Лайф», западногерманским «Штерн» и французским «Актуэль» и стали основой для документальной книги «Спрятанная война», опубликованной сперва в США, затем в Советском Союзе, Англии, ФРГ, Италии, Голландии, Канаде). По воспоминаниям друзей, он восхищался Хемингуэем и планировал первую половину жизни работать военным корреспондентом, а вторую – писать романы. При активном содействии отца он становится участником нашумевшего политико-журналистского эксперимента: обмене военными корреспондентами между Советским Союзом и Соединенными Штатами. В качестве рядового-новобранца Боровик провел две недели в учебном центре американских вооруженных сил Форт Бэнинг и на основе своих впечатлений написал книгу «Как я был солдатом армии США». Появление этих репортажей начало жаркую дискуссию о целесообразности перевода советских вооруженных сил на профессиональную основу.
До 1991 года Боровик числился специальным корреспондентом «Огонька» в Афганистане. Однако рамки одного журнала для энергичного молодого человека были уже тесны, и в 1989 году он становится соведущим программы «Взгляд». Выход книги и репортажей об афганской войне, работа во «Взгляде» и «Огоньке» обеспечили Артему Боровику всесоюзную популярность. Следующим этапом журналистской карьеры стало приглашение в «Совершенно секретно», газету, которой с самого начала было обеспечено особенно благоприятное положение даже на фоне в целом процветающей столичной прессы.
После скоропостижной смерти сначала заместителя Юлиана Семенова, Александра Плешкова, а затем и самого писателя Артем Боровик становится человеком номер один в «Совершенно секретно». На базе популярной газеты он создает сперва одноименный издательский дом, а позднее – информационно-издательскую группу, в составе которой сегодня работают несколько периодических изданий, книжное издательство, телекомпания.
Телевизионная программа «Совершенно секретно», появившаяся в 1991 году, стала первой передачей в жанре журналистского расследования на российском телевидении. Артем Боровик, ее создатель и ведущий, был первым журналистом, которому дал интервью Михаил Горбачев после сложения с себя обязанностей президента СССР. В 1997, 1998, 2000 годах программа стала участником финала ежегодной национальной телевизионной премии «ТЭФИ», а в 1999 году была удостоена ее как лучшая публицистическая программа. Скандалы, связанные с отставкой министра юстиции и фирмой «Мобитекс», расследование убийств вице-президента компании «Лукойл» Шмидта и журналиста Владислава Листьева – эти и многие другие темы наиболее остро прозвучали именно в «Совершенно секретно».
Разумеется, острые и критические материалы «Совершенно секретно» обеспечили телепрограмме не только широкий круг поклонников, но и немало врагов, в том числе весьма влиятельных. Летом 1999 года программа была снята с эфира российского телевидения. В качестве комментария пресс-служба канала распространила сообщение о том, что эта мера не временная, а окончательная. Тогдашний первый заместитель председателя ВГТРК Михаил Лесин в интервью РИА «Новости» заявил, что передача Боровика превратилась в «программу политического компромата», и ее создатели «стали постоянно использовать методы теневой политики». Одной из причин столь резкого шага в отношении программы, выходившей на государственном канале в течение семи лет, называли выход в эфир неэтичного сюжета об убитом политике Галине Старовойтовой, после чего приносить извинения пришлось руководителю ВГТРК Михаилу Швыдкому.