14 июня 1995 г. Басаев во главе отряда численностью до 200 человек начал проведение террористической акции в Буденновске Ставропольского края с захватом заложников и большими жертвами среди мирного населения. Группировка Басаева пользовалась наибольшим авторитетом среди боевиков, а сам он все больше становился "сплачивающим фактором личности". Возглавляемый им отряд боевиков располагал значительными материальными средствами включая БМП, установки "Град", ПЗРК "Стрела" и "Стингер".
В августе 1999 года вооруженный отряд под руководством полевых командиров Шамиля Басаева и Хаттаба вторгся на территорию Дагестана. Около двух тысяч вооруженных боевиков прошли по горным ущельям и оказались в Ботлихском районе Дагестана. Саму республику боевики объявили "Исламской республикой Дагестан". Федеральная власть ответила активными действиями военных и быстро одержала верх над боевиками.
Спустя несколько недель в Москве произошел взрыв в торговом центре Охотный ряд, затем один за другим были взорваны два жилых дома. Российские власти возложили вину за трагические события на чеченских радикалов. Именно эти после этих событий — вторжения боевиков в Дагестан и взрывы в Москве — началась вторая чеченская война. По оценкам экспертов, под командованием Шамиля Басаева и его союзников находилось более половины как активных, так и потенциальных чеченских боевиков. Басаев как один из наиболее одиозных лидеров чеченских сепаратистов считается заказчиком целого ряда терактов. Например, 5 декабря 2003 года, когда во втором вагоне электрички, курсировавшей между Кисловодском и Минеральными Водами, взорвался смертник. Погибли 47 человек, ранены 233. Заказчиком теракта считается боевик Шамиль Басаев. Следствие считает, что в теракте участвовали неустановленные три женщины и один мужчина, к ногам которого были привязаны гранаты. В результате взрыва вагон разорвало пополам и в нем начался пожар. Мощность взрыва составила до 10 килограммов в тротиловом эквиваленте.
31 августа 2004 года произошел взрыв у метро "Рижская" в Москве. Террористка-смертница взорвала "пояс шахида", в результате взрыва погибли 10 человек, еще 50 получили ранения. Спецслужбы считали, что теракт должен был произойти в метро, но террористка испугалась милиционеров, проверявших перед входом документы. Первоначально ответственность за теракт у метро взяла на себя подразделение "Аль-Каиды" египетская группировка "Бригады Исламбули", однако потом в авторстве этого теракта признался Шамиль Басаев. Он заявил, что теракт у "Рижской" осуществили бойцы из подразделения "Риядус-Салихийн".
После терракта, совершенного 1 сентября 2004 года в бесланской школе, Шамиль Басаев дал несколько интервью различным масс-медиа, где взял на себя ответственность за организацию операции, приведшей к гибели более 330 человек, половина из которых — дети. В 2005-ом террористы под руководством Басаева совершают нападение на Нальчик, столицу Кабардино-Балкарии.
Премьер Чечни Рамзан Кадырова объявил Басаева кровником после того, как тот признался в причастности к покушению на бывшего президента Чечни Ахмата Кадырова. "Мы благодарны тем, кто уничтожил Басаева, но он мой кровник, и я обещал его уничтожить. Сожалею, что это сделал не я", — заявил Рамзан Кадыров. Председатель правительства Чечни называет ликвидацию одного из главарей боевиков Шамиля Басаева безусловным успехом правоохранительных структур России.
"Я всегда говорил, что Басаева нужно искать за пределами республики, так как в Чечне ему места не оставалось, и это было связано не только с деятельностью правоохранительных органов — республиканских и федеральных, круглосуточно охотившихся за ним, но и из-за того, что население категорически отвергло идеологию ваххабизма и террор, которому Басаев подвергал население республики", — сказал Кадыров. — "Я не сомневаюсь, что в скором времени будут ликвидированы и другие бандиты, в том числе и Доку Умаров".
Президент Чечни Алу Алханов считает, что с ликвидацией Басаева перелистнута одна из самых черных страниц истории республики. "Результат так называемой деятельности Басаева это — стопроцентное разрушение экономики, тысячи убитых, десятки терактов не только на территории Чечни, но и во всей России", — сказал Алханов. С уничтожением Басаева фактически положен конец организованному террористическому подполью на Северном Кавказе. Ведь Басаев, по сути, оставался последним из известных и наиболее одиозных лидеров боевиков. А операция по его ликвидации стоит в череде других успешных операций спецслужб. В марте прошлого года в чеченском селении Толстой-Юрт был уничтожен, пожалуй, главный сподвижник и сообщник Басаева Аслан Масхадов — человек, у которого тоже руки по локоть в крови. Вместе эти террористы замышляли взрывы жилых домов в Буйнакске, Москве и Волгодонске, планировали захваты заложников в "Норд-Осте" и Беслане. Тремя годами ранее российские спецслужбы провели еще одну показательную операцию: был уничтожен один из самых жестоких боевиков — арабский наемник и финансист "Аль-Каиды" Хаттаб. Причем контрразведчики грамотно использовали внутренние противоречия бандитов и, что называется, убрали Хаттаба руками его сообщников. Единственным известным террористом, которого спецслужбы решили взять живым, был Салман Радуев. Участника нападения на Первомайское и дагестанский Кизляр, где боевики захватили роддом и больницу с тысячей заложников, арестовали в 2000-м. И приговорили к высшей мере — пожизненному заключению, которое он, впрочем, не отбыл. Радуев умер в тюремной больнице спустя два года.
В феврале 2004-го на границе с Грузией был уничтожен полевой командир Руслан Гелаев. И уже в этом году в Аргуне спецслужбы ликвидировали еще одного пособника Басаева — самопровозглашенного президента Ичкерии Абдул-Халима Садуллаева. Информацию о его местонахождении продал один из приближенных к нему боевиков, всего за полторы тысячи рублей. Религиозный экстремист, крупный теоретик ваххабизма Садулаев участвовал в похищении Кеннета Глака — сотрудника организации "Врачи без границ" — и был среди организаторов нападения на Ингушетию в 2004-м.
2006 год. 19 ноября. Москва. Ленинский проспект, дом 30. Заманен в ловушку и расстрелян бывший командир спецподразделения "Горец", полевой командир, подполковник ФСБ Мовлади Байсаров. Он приехал на "стрелку" на машине частника ВАЗ-2111 и стал ждать кого-то. К нему подъехала черная иномарка. Из нее вышли пятеро человек в камуфляжной форме. Не сказав ни слова, бойцы открыли огонь из укороченных автоматов Калашникова и пистолета Стечкина. Нападавшие сделали контрольный выстрел в голову жертве и скрылись. Стрелявшими оказались сотрудники чеченских спецслужб.
2006 год. 11 ноября. В городе Хасавьюрте в ходе получасового боя спецназовцами ФСБ были уничтожены пятерых террористов, среди которых был опознан командир иностранных наемников действующих на Северном Кавказе, иорданец Абу-Хавс.
2006 год. 19 ноября. Москва. В субботу вечером сотрудники МВД Чечни провели спецоперацию на Ленинском проспекте. Ими был ликвидирован бывший командир спецотряда "Горец", полклвник ФСБ Мовлади Байсаров. Чеченская прокуратура объявила в розыск за похищения и убийства людей после того, как тот отказался подчиняться премьеру республики Рамзану Кадырову и распустить бойцов "Горца".