Долгое время российские власти крайне благосклонно относились к немецким колонистам. Однако положение стало меняться еще при царе Александре II — после того, как Бисмарк объединил разрозненные немецкие княжества, и в Центральной Европе у России появился потенциальный соперник.
По закону от 4 июня 1871 года все права, выданные колонистам "на вечные времена", были отменены. Немецкие крестьяне были приравнены в правах к российским крестьянам. Их стали именовать "поселянами-собственниками". Наметилась тенденция к русификации. Переименовывались колонии: Вормс превратился в Верное, Нойбург — во Владимирову, Александерхильф — в Алексееву. С 1874 года колонистов стали призывать на военную службу. Лишь меннонитам — членам протестантской секты — по закону от 14 мая 1875 года воинская повинность заменялась трудовой. Переводилось на русский язык и обучение в школах.
Все эти меры встревожили колонистов. С 1874 года начинается эмиграция за океан, в США, Канаду и Южную Америку, прежде всего — Бразилию и Аргентину. С 1882 года колонисты начинают переселяться и в другие области империи — в Сибирь и Среднюю Азию. Там было много неосвоенных, целинных земель, и эти земли нуждались в трудолюбивых руках. Вскоре омские и семипалатинские степи, солончаки Кулундинской степи стали житницей империи.
Германская война грянула для колонистов, как гром посреди ясного неба. В те первые дни войны многие из них, явившись на призывной пункт, почувствовали, что к ним относятся как к врагам. "Вы немцы? — говорили им командиры. — Война идет против варваров, ваших братьев. Горе вам, если вы попытаетесь помочь вашему императору Вильгельму".
После первых поражений к солдатам-немцам во многих частях стали впрямь относиться как к предателям. В конце концов их отозвали с Западного фронта и перебросили на Кавказ. Верховный главнокомандующий великий князь Николай Николаевич, ненавидевший немцев, погнал их под стены турецкой крепости Эрзурум. Наступление захлебнулось в крови. Вспыхнувшая эпидемия тифа унесла еще тысячи жизней.
В 1915 году, 2 февраля и 13 декабря, в Российской империи были приняты законы, получившие название "ликвидационных". Фактически немецкое крестьянство в России ликвидировалось как класс. Всех немцев было приказано выселить из пограничной зоны, протяженность которой составила сто километров. Эта мера касалась, прежде всего, жителей Западной Украины — Волыни.
В городах начались погромы. Двадцать седьмого мая 1915 года в Москве было разграблено и уничтожено 759 немецких магазинов и квартир. Общий убыток составил, по приблизительным подсчетам, 29 миллионов золотых рублей. Сорок немцев было ранено, трое убиты. В этот день было разгромлено также 300 русских, французских и английских магазинов. Слабым утешением для пострадавших "за фамилию" стали таблички, украсившие на следующий день разбитые витрины: "Разгромлено по ошибке".
В 1917 году Временное правительство гарантировало права и свободы всем народам России, за исключением немцев. Лишь благодаря настойчивости профессора Карла Линдемана, обратившегося к новым властям, это "недоразумение", как выразился А.Ф. Керенский, было улажено. В опубликованный 20 марта 1917 года текст Декрета о свободе пункт о немцах не вошел.
Впрочем, для поволжских немцев свобода пришла слишком поздно. Их депортация в восточные районы страны проводилась самым жестоким образом, и, очевидно, опыт ее был востребован впоследствии строителями социалистического государства.
В годы гражданской войны многие немецкие колонисты, жившие на юге Украины, стали жертвами банд Махно, сжигавших целые деревни и истреблявших их жителей.
Особенно трагичен был 1921 год. Никогда прежде, по словам историков, немецкие колонисты не умирали от голода. В любой общине хранилось зерно на случай неурожая. Его распределяли среди бедствующих. В 1921 году после многочисленных реквизиций запасов зерна не осталось. По оценке Георга Лебзака, в Поволжье погибло от голода более 166 тысяч немцев, в Причерноморье — 40-50 тысяч немцев. В русских деревнях смертность от голода была еще выше. В тот страшный год многие колонисты бежали из Поволжья в Новороссию и на Северный Кавказ.