У 1590 годзе памёр кракаўскі біскуп. На яго катэдру кароль хацеў назначыць віленскага біскупа кардынала Юрыя Радзівіла. Леў Сапега, даведаўшыся аб гэтым, напісаў да Радзівіла наступны ліст: «Маю ведамасьць, што, па сьмерці Кракаўскага біскупа, вакансію гэту аддаюць Яго Міласьці Кардыналу, біскупу Віленскаму. Я рад служу Яго Міласьці і ніякай рэчы ня бачу, якой-бы паводле думак Кс. Кардынала яму не жадаў. Але баюся, каб якая з гэтага поваду мутацыя да нас ня ўнеслася і каб не казалі напотым: «а вось літвін быў біскупам кракаўскім, няхай-жа будзе цяпер паляк віленскім». Але каб з гэтага факту ня было ўшчэрбку народу нашаму напотым дык тады няхай Яго Міласьць катэдры не даходзіць».
Радзівіл згодзіўся прыняць кракаўскую катэдру, але, як і прадбачыў Сапега, кароль зараз-жа вызначыў віленскім біскупам паляка — Мацееўскага. З гэтага поваду канцлер напісаў Крыштофу Радзівілу ўспомненае вышэй пісьмо наступнага зьместу. «Ані права, ані рацыі нашыя ня могуць вымагчы на каралю, каб зьмяніў свае адносіны на карысьць нашага народу, асабліва каб не вызначаў віленскім біскупам паляка. Я з асобы маёй даховываю веру Айчыне маей і ня толькі пячатаваць ня буду таго, што будзе супраць правоў нашых, але і проціставіцца супраць гэтага з вамі разам буду, каб ня толькі да гэтакіх дыгнітарскіх урадаў, але і да меншых бэнэфіцыяў і навет да дзяржаваў і лясьніцтваў народу нашага ніхто не папераджаў».
I запраўды Леў Сапега ў дадзеным прыпадку проціставіўся разам з народам і пры гэтым з пазытыўным рэзультатам. Біскупа Мацееўскага, паляка, жыхарства Вільні ня прыняла, дзеля чаго віленская біскупская катэдра засталася неабсаджанай да 1600 году.
Гэта былі найважнейшыя праявы дзейнасьці Сапегі ў галіне ўпарадкаваньня ўнутраных адносінаў у Вялікім Князьстве. З няменшай энэргіяй бараніў Сапега інтарэсаў сваёй бацькаўшчыны і вонках, а ў першую чаргу перад Каронаю, якая, асабліва пасьля вуніі 1569 году, імкнулася да гэгемоніі і поўнае інкорпорацыі Вялікага Князьства. Вышэй было ўспомнена аб нэгатыўным становішчы Сапегі адносна да Люблінскай вуніі. Толькі адна акалічнасьць у вачох Сапегі апраўдавала яе часткова: гэта — неабходнасьць супольнае, у інтарэсах абодвух народаў ляжаўшае абароны звонку. Гэтую думку Сапега выказаў у лісьце да Крыштофа Радзівіла з 29.1.1590. «Ня мае француская зямля гэтакіх ворагаў каля сябе, як Літва і Польшча; дзеля чаго самі паміж сабой б'юцца і ніхто іх не разводзіць. Але нас разьвялі-б хутка: з аднэй стараны турчын, з другой татарын, а з трэцяй масквіцін, а падобна-б і немцы ня спалі.
Гэтак толькі апраўдаваў Сапега вунію 1569 г. Па-за гэтым ідуць ужо тыя асаблівасьці абодвух народаў, каторыя ўсьцяж падкрэсьліваў Сапега і каторыя ўпаважнялі яго казаць: «Мы і палякі, хоць і брацьця, але зусім адменных звычаяў»[65]. Абарона гэтых звычаяў у першую чаргу перад Каронай і зьяўляецца вонкавай дзейнасьцю Сапегі. Юрыдычна гэтыя «асаблівыя звычаі» трэба разумець, як тую частку дзяржаўнае самастойнасьці, каторая асталася Вялікаму Князьству пасьля вуніі 1569 г. I запраўды Вялікі Канцлер бараніў гэтае самастойнасьці з задзіўляючай энергіяй і субтэльнасьцю. Прыкладам можа служыць наступны факт. Льву Сапезе палякі рабілі закіды, што ён забараняе прыймаць недагодныя дзеля яго ўрадаў пратэстацыі. Сапега адказаў, што гэта няпраўда, што пратэстацыі яго ўрадам прыймаюцца, і толькі пратэстацыя шляхціца Гарабурды супраць справаў польскіх, парушаных на Сойме, прынята і ўпісана ня была, што Канцлер апісавае гэтак: «досыць яму Гарабурдзе пратэставацца ў сваіх справах, а ня супраць усяго Сойму, бо што каму з нас да спраў польскіх, як і мы ня хочам, каб яны аб нашых ведалі».
Запраўды, з пункту гледжаньня дзяржаўных інтарэсаў Вялікага Князьства і правоў беларускага шляхціца прыняцьце гэткае пратэстацыі было немагчымым, бо яна зацірала-б існаваўшую юрыдычную розьніцу паміж Вялікім Князьствам і Каронай, нішчыла-бы гэныя «асаблівыя звычаі» бацькаўшчыны Сапегі дый была-бы крокам да зьліцьця ў адно цэлае дзьвюх палітычна розных частак аднае дзяржавы.
Сапега ўважаў за патрэбнае перадусім бараніць тэрыторыяльную цэласьць Вялікага Князьства, разумеючы гэта ў самым шырокім сэньсе. Леў Сапега пашыраў правы свае бацькаўшчыны на ўсе тыя тэрыторыі, якія каліколечы належалі да гістарычнае Літвы. Па меры адбіраньня беларускіх этнаграфічных тэрыторыяў ад дзяржаў, якія захапілі іх, Леў Сапега дамагаўся бязумоўнага далучэньня іх да Літвы, нэгуючы рашуча ўсе правы да іх Кароны.