Ещё шесть лодок тоже затонули, но были подняты и снова введены в строй. Среди них Щ-118 (затонула 18 июля 1942 г. от взрыва торпед на соседней Щ-138); Щ-130 (затонула 31 августа 1943 г. в результате столкновения с Щ-128); М-51 (затонула 22 сентября 1943 г. от подрыва на мине); М-54 (10 декабря 1941 г. была выброшена штормом на берег, где валялась более полугода); М-74 (потоплена авиацией 23 сентября 1941 г.); ТС-2 (бывшая румынская «Мерсинул») затонула 20 февраля 1945 г. в результате взрыва торпеды.
В послевоенное время погибли ещё несколько дизельных подлодок. Так, 1 июня 1948 года столкнулись М-12 и М-19, причем последняя затонула (уже через день её подняли и вскоре снова ввели в строй).
В декабре 1953 года пропала без вести в Охотском море С-117 (бывшая Щ-117) из состава 90-й бригады подводных лодок 7-го флота.
В августе 1956 года на Балтике эсминец «Статный» на выходе из Таллинской бухты протаранил оказавшуюся на его пути подводную лодку М-200, отправив её на дно.
Через год на Тихоокеанском флоте шторм выбросил на берег острова Парамушир С-104. В том же 1957 году затонули подводные лодки М-296 и М-351.
Как видим, причиной большинства аварий в мирное время были в прошлом навигационные ошибки, приводившие к столкновениям с другими кораблями либо к посадке на камни. Ситуация стала меняться в конце 1950-х годов после вступления в боевой строй первых атомных подводных лодок, и поступления на вооружение новых образцов оружия, после чего морякам пришлось столкнуться с радиационными авариями, взрывами и пожарами, уносившими человеческие жизни, и приводившими к гибели подводных лодок.
Новый счёт открыла дизельная ракетная подводная лодка Северного флота С-80 (лодка проекта 613, переоборудованная по проекту 644), пропавшая в море 27 января 1961 года при отработке задач боевой подготовки. Вот что вспоминал в связи с её гибелью адмирал Егоров, ранее командовавший дивизией подводных лодок:
«Я обратил внимание на одного из командиров.[275] В море он допускал оплошности, часто нервничал, что совершенно недопустимо для подводника. Я не раз обращался и к командующему подводными силами контр-адмиралу Г. Т. Кудряшову, и к командующему флотом адмиралу А. Т. Чабаненко с просьбой направить этого командира на тщательную медицинскую проверку для определения его психологического состояния, но этого сделано не было... Поэтому, возвратившись с моря, я приказал начальнику штаба дивизии капитану 1-го ранга Н. М. Баранову не отправлять лодку в море».[276]
Но штаб подводных сил флота рассудил иначе, и распоряжение командира дивизии просто проигнорировал. С-80 под командованием капитана 3-го ранга А. Ситарчика отправилась в море, чтобы уже никогда не вернуться назад. После потери связи с подводной лодкой на её поиски были брошены все имеющиеся силы — несколько десятков кораблей, самолёты, вертолёты, но никаких следов С-80 они не обнаружили. Безрезультатные поиски длились несколько месяцев.
Для расследования обстоятельств катастрофы на Северный флот прибыла комиссия, которую возглавлял маршал К. К. Рокоссовский. Первым делом сняли с должности командира бригады подводных лодок В. Сухомлинова, однако установить причины гибели подводной лодки комиссии не удалось. По её заключению, предположительно «на лодке произошла тяжёлая авария, связанная с поломкой техники, с которой экипаж в условиях урагана не смог справиться».
Только через 7 лет (в 1968 году) С-80 обнаружили на дне Баренцева моря, на глубине около 200 метров, лежащей на грунте без видимых повреждений корпуса. 27 июля 1969 года с помощью спасательного судна «Карпаты» лодку подняли на поверхность, после чего её тщательно исследовала комиссия во главе с вице-адмиралом Г. Щедриным. Она же составила доклад об обстоятельствах гибели подводной лодки С-80, посчитав, что причиной катастрофы стало ошибочное решение командира о плавании под РДП в условиях шестибалльного шторма.
Адмирал Егоров в своих мемуарах написал:
«Причиной катастрофы было признано попадание забортной воды через шахту подачи воздуха к дизелям. При плавании подводной лодки в условиях шторма и снежных зарядов, возможно, произошло обледенение поплавкового клапана, находящегося на верхнем срезе выдвинутой шахты РДП и закрывающего её автоматически при уходе лодки на глубину или накрытии её волной.