Переворот принес Борису Годунову прямые выгоды. За некое «бесчестье» он получил вотчину казненного Тулупова. Мы никогда не узнаем, какому оскорблению подвергся Годунов. Но его обидчик полностью оплатил счет, угодив на кол. Со временем Борис постарался избавиться от неправедно нажитого имения. Едва Грозный умер, как он, с благословения Федора, передал тулуповскую вотчину в монастырь. Годунов наказал монахам молиться за погубленных бояр братьев Колычевых, Бориса Тулупова и его мать (княгиня Анна Тулупова погибла вместе с сыном)[8]. Борис сделал благочестивое дело, но не было ли в его жесте признания своей вины? В характере Бориса не было ни жестокости, ни склонности к кровопролитию, но он уже начал свое восхождение к вершинам власти…
Царь Иван, разгромив мнимый заговор в «дворовой» думе, занялся организацией новой опричнины, получившей наименование «удела». Он фиктивно передал власть в государстве крещеному татарскому хану Симеону Бекбулатовичу, объявленному «великим князем всея Руси», а себе оставил титул «удельного» князя Московского. Не желая брать на службу старое опричное дворянство, Иван включил в «удел» города Псков, Ростов и Ржеву. Эти земли никогда не были опричными. Местные дворяне, служившие до того в земщине, вошли в «удельную» армию. С помощью новых преторианцев «удельный» владыка разгромил второй новгородский заговор. Жертвами царской подозрительности стали на этот раз бывший сподвижник опричных властей в Новгороде архиепископ Леонид, игумен опричного Симонова монастыря, старые опричные бояре Бутурлины и Борисовы. Казни в «уделе» довершили дело, начатое Малютой Скуратовым. Погибли почти все уцелевшие члены старого опричного руководства. Лишь Дмитрий Годунов и некоторые думные дворяне благополучно пережили новую чистку. «Удильную» думу Грозного возглавили Афанасий Нагой, не служивший в опричнине, и Богдан Бельский, игравший в опричнине скромную роль. Отмена «удела» не повлекла за собой нового «перебора людишек». До последних дней жизни Грозного ключевые посты в правительстве занимали бывшие правители «удела» Польские, Нагие да Годуновы.
«Двор» так и не был распущен, но кровавые казни в Москве прекратились. После гибели царевича Ивана Грозный пожертвовал монастырям колоссальные суммы на помин души нарубленных им людей. «Прощение» опальных стало гарантией того, что опалы и гонения на бояр не повторятся. Другой гарантией стал царский указ, грозивший холопам жестокими карами на ложные доносы. Смерть ждала всякого, кто попытался бы необоснованно обвинить бояр в государственной измене.
Под конец жизни царь почти вовсе перестал пополнять обе думы боярами. Исключение было сделано для одних Годуновых. Бывший вяземский помещик Дмитрий Годунов удостоился боярского чина. Его многолетняя служба в составе опричнины, «двора» и «удела» получила высшую оценку. За 30-летним Борисом Годуновым не числилось никаких государственных заслуг, но и его царь возвел в боярское достоинство. Даже родня Бориса, Степан Годунов, стал окольничим.
Успехи Годуновых выглядели исключительными, но будущее по-прежнему внушало им немало тревог. В годы опричнины царь Иван объявил наследником старшего сына Ивана и отказал ему по завещанию большую часть государства. Но он не желал обделить младшего сына Федора и распорядился дать ему удельное княжество, по размерам превосходившее многие европейские государства и включавшее древние города Суздаль, Ярославль и Кострому со многими волостями и селами. Удельные князья были крамольниками по самому своему положению. Московская история почти не знала случаев их ненасильственной смерти, особенно при смене лиц на троне. Царя тревожила мысль о возможном соперничестве сыновей, но он надеялся, что благоразумие и ловкость Годуновых помогут предотвратить распри в царской семье после образования удельного княжества Федора.
Царь постоянно возлагал на Годуновых заботу о младшем сыне. Отправляясь в военные походы, он оставлял Федора в безопасном месте под их присмотром. Положение Бориса было весьма почетным, но оно ограничивало поле его деятельности стонами дворца. Когда одни его сверстники служили в приказных и дипломатических ведомствах, а другие обороняли крепости от врагов, Борис усердно постигал тайны дворцовых интриг.