В конце Ливонской войны в царской семье произошли события, круто изменившие судьбу Годуновых. В ноябре 1581 г. царь поссорился со старшим сыном и в припадке гнева избил его заодно с беременной женой, у которой случился выкидыш. От страшного нервного потрясения и побоев царевич Иван слег и вскоре умер.
Смерть старшего брата открыла перед Федором путь к трону. Окружению Федора эта смерть была исключительно выгодна, Случись все позже, молва непременно обвинила бы Бориса и в этой трагической случайности. Но Годунов не успел еще навлечь на себя ненависть бояр, и на первый раз клевета миновала его. Более того, поздние легенды выставили поведение Бориса в выгодном для него свете. Царский любимец будто бы пытался заступиться за наследника перед отцом, за что был жестоко избит и тяжко заболел.
Источник, сохранивший эту легенду, не отличается достоверностью. Однако факт остается фактом. Трагедия в царской семье испортила отношения между Грозным и его любимцем. На то были свои причины. Пока царевич Иван был жив, отца не слишком волновали семейные дела Федора. В течение многих лет у Федора не было детей. Бездетность будущего удельного князя отвечала высшим государственным интересам. Когда Федор стал наследником престола, положение изменилось. Сохранение его брака с Ириной Годуновой неизбежно обрекало династию на исчезновение. «Бесплодие» Ирины давало царю удобный предлог для развода сына. Борис Годунов всеми силами противился этому. Развод грозил разрушить всю его карьеру. Строптивость любимца вызвала гнев Ивана.
Надломленный горем, царь не осмелился поступить с младшим сыном так же круто, как со старшим. А уговоры не помогали. Царевич и слышать не желал о разлуке с женой. Годунова далеко превосходила мужа по уму и была гораздо практичнее его. За многие годы замужества она приобрела над Федором большую власть. Но Иван все же нашел способ выразить отрицательное отношение к браку Федора с Годуновой. Не питая иллюзий насчет способности Федора к управлению, Грозный поступил так, как поступали московские князья, оставляя трон малолетним наследникам. Он вверил сына и его семью попечению думных людей, имена которых назвал в своем завещании. Считают обычно, что во главе опекунского совета царь поставил Бориса Годунова. Критический разбор источников обнаруживает ошибочность этого мнения.
Через несколько месяцев после кончины Грозного его лейб-медик послал в Польшу сообщение о том, что царь назначил четырех регентов (Никиту Романова-Юрьева, Ивана Мстиславского и др.). Очевидец московских событий англичанин Горсей в одном случае упомянул о четырех боярах, в другом о пятерых. Горсей деятельно интриговал в пользу Бориса, и это нередко побуждало его фальсифицировать, известные ему факты. По утверждению Горсея, главным правителем Иван IV сделал Бориса Годунова, а в помощники ему определил Ивана Мстиславского, Ивана Шуйского, Никиту Романова и Богдана Бельского. Но кто-то из названных лиц в действительности не фигурировал в царском завещании. Осведомленный московский писатель, автор «Иного сказания», упоминает в качестве правителей Шуйского, Мстиславского и Романова. Принадлежность их к регентскому совету в самом деле не вызывает сомнения. Следовательно, из списка регентов надо исключить либо Бельского, либо Годунова. Разрешить сомнения помогает записка австрийского посла Николая Варкоча. Австрийский двор поручил ему любым способом ознакомиться с завещанием Грозного. Посол сумел получить требуемые сведения. «Покойный великий князь Иван Васильевич, — писал Варкоч, — перед своей кончиной составил духовное завещание, в котором он назначил некоторых господ своими душеприказчиками и исполнителями своей воли. Но в означенном завещании он ни словом не упомянул Бориса Федоровича Годунова, родного брата нынешней великой княгини, и не назначил ему никакой должности, что того очень задело в душе»[9].
Обстоятельства властно принудили Грозного ввести в регентский совет представителей знати, с которой он тщетно боролся всю жизнь. Из четырех регентов двое — удельный князь Иван Мстиславский и боярин князь Иван Шуйский — принадлежали к самым аристократическим фамилиям России. Мстиславский был человеком бесцветным. Зато Шуйский был личностью незаурядной, а о его военных заслугах знала вся страна. Героическая оборона Пскова спасла Россию от вражеского нашествия и полного разгрома в конце Ливонской войны. Шуйский был героем псковской обороны. Регент Никита Романов-Юрьев доводился дядей царю Федору и также представлял верхи правящего боярства. И только один Бельский был худородным деятелем опричной формации. Такие любимцы Грозного, как Нагой и Годуновы, остались не у дел. Первый казался опасен своими тайными помыслами о приобретении короны для внучатого племянника царевича Дмитрия. Годуновы несомненно воспрепятствовали бы разводу Федора с бездетной Ириной.