Вместе с тем Берию обвиняют в массовых депортациях народов СССР и расстреле в 1940 г. пленных польских офицеров. В данном случае опять необходимо подчеркнуть: не Берия принимал решение, а Политбюро.
30 января 1941 г. Берии было присвоено звание «государственный комиссар госбезопасности». В феврале 1941 г. он был назначен заместителем председателя Совета народных комиссаров СССР, где курировал работу органов безопасности.
В годы Великой Отечественной войны, с 30 июня 1941 г., являлся членом Государственного Комитета обороны, а с 16 мая 1944 г. — заместителем председателя Государственного Комитета обороны.
9 июля 1945 г., при замене специальных званий госбезопасности на воинские, Берии было присвоено звание маршала Советского Союза.
18 марта 1946 г. он становится членом Политбюро.
Берия осуществлял общее руководство реализацией проекта по созданию атомной бомбы. 3 декабря 1944 г. ГКО принял постановление, в котором говорилось: «Возложить на товарища Берию Л. П. наблюдение за развитием работ по урану»[13]. В дальнейшем главенствующая роль в руководстве проектом создания водородной бомбы также перешла к возглавляемым им НКВД — МВД. Именно за организацию работы по производству атомной энергии и успешное завершение испытания атомного оружия Берия стал лауреатом Сталинской премии и был награжден единственной Грамотой почетного гражданина Советского Союза (1949 г.).
Однако документы свидетельствуют, что эти заслуги Берии были сильно преувеличены. В первую очередь в создании атомного оружия главную роль сыграло большое государственное финансирование.
Берия был удостоен звания Героя Социалистического Труда, награжден пятью орденами Ленина, орденом Суворова 1-й степени, двумя орденами Красного Знамени и семью медалями.
После смерти Сталина на верхних ступенях иерархии в партии резко обострилась борьба за власть. Сложилась интересная ситуация. Хрущев к этому времени еще не был первым в Президиуме ЦК КПСС. Решали все Берия и Маленков. Наиболее активным из них оказался Берия. Он первым начал критику ошибок, допущенных в сталинское время, внес ряд предложений по их исправлению. В это время он активно занялся различными проблемами как внутренней, так и внешней политики. В ходе их решения проявились противоречия между ним и остальными членами Президиума ЦК и руководством Совмина.
Старожилы политического Олимпа В. М. Молотов, Л. М. Каганович, К. Е. Ворошилов и А. И. Микоян нейтрализовались. Они не хотели ни противопоставлять себя Маленкову и Берии, ни поддерживать Хрущева.
Берия начал готовить почву для генеральной перетряски верховного органа партии, считая, что Маленков, с его богатым опытом и прочными связями в центральном аппарате, поможет ему. К тому же он опирался на всесильные органы безопасности и был уверен в беспомощности членов Президиума ввиду их разобщенности.
Однако Берия переоценил свои возможности в захвате верховной власти: его претензии на «наследство» Сталина сплотило высшее партийное руководство, и это привело к его падению. 26 июня 1953 г. во время заседания Президиума ЦК КПСС Берия по предварительному сговору был арестован и вывезен из Кремля в штаб Московского округа ПВО. Этим же днем датируется Указ Президиума Верховного Совета СССР о лишении Берии всех званий и наград.
29 июня 1953 г. на заседании Президиума ЦК было принято постановление «Об организации следствия по делу о преступных антипартийных и антигосударственных действиях Берии». Ведение следствия поручалось Р. А. Руденко, который на этом заседании был утвержден в должности Генерального прокурора. Прежний прокурор, Г. Н. Сафонов, не вызывал доверия. Члены Президиума сомневались, что он может объективно провести следствие по делу Берии.
В июле 1953 г. спешно был созван Пленум ЦК КПСС. Выступавшие на нем были единодушны в оценке деятельности Берии. Пленум постановил вывести Берию как врага партии и советского народа из состава Президиума и ЦК КПСС, исключить из партии и предать суду.
Следствие длилось полгода. По делу проходило шесть соратников Берии: бывший министр государственной безопасности, в последнее время министр государственного контроля СССР В. Н. Меркулов; бывший начальник одного из управлений НКВД СССР, в последнее время министр внутренних дел Грузинской ССР В. Г. Деканозов; бывший заместитель народного комиссара внутренних дел Грузинской ССР, позже заместитель министра государственной безопасности СССР, в последнее время заместитель министра внутренних дел СССР Б. 3. Кобулов; бывший комиссар внутренних дел Грузинской ССР, в последнее время начальник одного из управлений МВД СССР С. А. Гоглидзе; бывший начальник одного из управлений НКВД СССР, в последнее время министр внутренних дел УССР П. Я. Мешик и бывший начальник следственной части по особо важным делам МВД СССР Л. Е. Влодзимирский.