Особенность Амурского казачьего войска заключалась в том, что существовавшие в нем станичные округа представляли собой одновременно и административно-территориальные единицы войска (как отделы в других казачьих войсках или округа в Войске Донском), и территориально-хозяйственные единицы (по типу станичных юртов на Дону и округов в других казачьих войсках страны). При этом станичные администрации выполняли и функции администраций окружных. При таких условиях в Амурском войске отмечалось очень тесное переплетение административно-территориальных и территориально-хозяйственных аспектов существования станичных округов, что придавало системе административно-территориального устройства войска и непосредственно связанным с ней элементам управления и хозяйствования определенную специфику. (Автор считает некорректным чисто механическое сравнение административно-территориального деления Амурского и Донского казачьих войск исходя лишь из одинакового названия их основных административно-территориальных единиц-округов.) Административным центром войска являлся город Благовещенск-на-Амуре. В Амурском казачьем войске насчитывалось 12 станиц, 69 хуторов и 15 выселков [36]. В некоторых современных работах указывается, что в Амурском казачьем войске не было станиц и хуторов, а существовало 120 поселков [37].
Семиреченское казачье войско сплошной войсковой территории не имело и располагалось отдельными участками в Семиреченской области, в основном в Верненском, Лепсинском, Капальском, Пржевальском (бывшем Каракольском), частично в Пишпекском и Джаркенском уездах. Внутреннего административного деления на отделы или округа в войске не существовало. Административным центром являлся город Верный. В составе Семиреченского казачьего войска было 19 станиц и 15 выселков [38].
Уссурийское казачье войско располагалось на территории Южно-Уссурийского края Приморской области. Его земли тянулись вдоль реки Уссури, а отдельные казачьи поселения находились южнее озера Ханка. Войсковая территория занимала в основном одну из трех округ Южно-Уссурийского края, а именно, Уссурийскую казачью округу с центром в станице Камень-Рыболов на озере Ханка. В административном плане в войске выделялось шесть станичных округов (по числу существовавших станиц) [39]. Их названия (Казакевичевский, Козловский, Платоно-Александровский и др.) устанавливались соответственно названиям станиц. Административным центром войска был город-крепость Владивосток. В Уссурийском казачьем войске располагалось 6 станиц, 67 поселков и 2 выселка [40]. (По другим данным, 6 станиц и 76 поселков [41].)
Казачье население Иркутской и Енисейской губерний собственной административно-территориальной системы не имело. Казаки проживали в 38 населенных пунктах Иркутской и в 36 Енисейской губерний.
Таким образом, процесс образования и полного организационного оформления того или иного казачьего войска страны и его включения в единые общероссийские государственно-политическую и административно-территориальную системы в каждом конкретном случае отличался определенным своеобразием и имел четко выраженные специфические особенности. Данное обстоятельство обуславливалось целым рядом общих причин и конкретных факторов, определяющими среди которых являлись содержательная логика и практические направления внутреннего общественно-политического и социально-экономического развития как страны в целом, так и конкретного казачьего образования, в частности. С течением времени доминирующими факторами в этом процессе становятся конкретные государственные интересы, обусловленные приоритетными направлениями внутренней и внешней политики, особенно в плане военной и хозяйственно-экономической колонизации слабо освоенных или недавно включенных в состав государства территорий, и возможностями их практической реализации в различные периоды.
На этапе существования казачества как своеобразной социально-этнической общности, сложившейся из вольных казаков, в казачьих общинах, а позже и в казачьих войсковых образованиях (войсках) на основе обычного права были выработаны и строго соблюдались основополагающие общие принципы, формы и методы внутреннего управления. С течением времени они претерпели определенную трансформацию, но сущность устоявшихся традиционных общинно-демократических принципов оставалась прежней. Существенные подвижки в данной сфере стали происходить как во внутреннем содержании, так и во внешних формах под влиянием процессов социально-классовой трансформации казачества и превращении его в специфическое военно-служилое сословие. Этот процесс происходил в XVIII – первой половине XIX века. Казачество утрачивает не только былую независимость от государства, но и важнейшие права в области власти и внутреннего управления, лишается высших органов самоуправления, иными словами, войсковых кругов и избираемых на них войсковых атаманов, а также вынуждено мириться с процессами изменений многих общинно-демократических прав и традиций.
Казачьи войска с течением времени включаются в общую систему государственного управления страны. Одновременно происходит и процесс полного законодательного оформления специфических прав и обязанностей казаков и их особой социальной функции [42].
Продолжается и активный процесс организационного оформления высших государственных управленческих структур, в ведении которых находились все казачьи войска страны. В 1815 году они были подчинены Главному штабу Военного министерства. А в декабре 1857 года образуется подчиненное Военному министерству специальное Управление иррегулярных войск, в компетенцию которого передавалось руководство всеми казачьими и другими иррегулярными войсками. 29 марта 1867 года оно переименовывается в Главное управление иррегулярных войск. А в 1879 году на его основе образуется Главное управление казачьих войск, которое также находилось в непосредственном подчинении Военного министерства. 6 сентября 1910 года Главное управление казачьих войск было упразднено, а все его функции переданы специально образованному Отделу управления казачьими войсками Главного штаба Военного министерства[2]. Формально атаманом всех казачьих войск страны с 1827 года считался наследник престола.
К началу XX века в казачьих войсках окончательно сложилась довольно стройная структура органов высшего управления и местного самоуправления. Высшим должностным лицом в каждом казачьем войске являлся назначаемый императором войсковой наказной атаман. (В казачьих войсках востока страны просто наказной атаман.) В его руках находилась высшая военная и гражданская власть на территории войска. В тех казачьих войсках, территории которых не составляли отдельных самостоятельных административно-территориальных единиц и располагались в пределах различных губерний и областей, что было характерно для Оренбургского, Астраханского, Уральского, Забайкальского, Семиреченского, Амурского и Уссурийского войск, посты наказных атаманов занимали по совместительству местные губернаторы или генерал-губернаторы (если территория конкретного казачьего войска входила в состав генерал-губернаторства) либо командующие соответствующими военными округами, как это было в Сибирском войске. Иногда следствием существования столь сложной, зачастую своеобразной «многослойной» системы управления являлось положение, при котором одно и то же лицо сосредотачивало в своих руках одновременно несколько высших административных и военных должностей. Например, командующий Омским военным округом одновременно являлся наказным атаманом Сибирского казачьего войска, а позже, за несколько лет до Февральской революции, и генерал-губернатором Степного края, в который входили Акмолинская и Семипалатинская области. Такое положение дел, естественно, осложняло осуществление управленческих функций высшим должностным лицом войска и сказывалось на их эффективности.