Во второй половине 1930-х гг. публичная критика Н. Вавилова как директора ВИРа усилилась. Вновь и вновь отмечалось отставание института от решения срочных сельскохозяйственных проблем; чрезмерная академичность работ многих его ведущих сотрудников. А. К. Коль в 1936 году, в статье "Реконструкция растениеводства СССР", повторил свои утверждения, что в ВИРе "был допущен крен на прикладную ботанику, т. е. на академическую морфологическую систематику сельскохозяйственных культур, не давшую, в конце концов, нашему строительству ничего реального. Всем известное отставание Всесоюзного института растениеводства от задач социалистического строительства в сельском хозяйстве своими корнями уходит именно в этот неправильно допущенный крен"[83]. Коль отмечал, что источниками форм сельскохозяйственных растений для их дальнейшего улучшения должны были бы быть не дикие дебри и горы, а центры цивилизации. Эти свои тезисы он повторял и в более поздних публикациях.
Сменивший А. К. Коля в должности зав. отделом интродукции[84] института Г. Н. Шлыков тоже неоднократно выступал с критическими оценками деятельности Вавилова и его руководства ВИРом. "За истекшее десятилетие Институт Растениеводства не мог выделить ни одного сорта из растений хлебных злаков, который, пройдя конкурсное государственное сортоиспытание, оказался бы действительным шедевром и тем самым доказал бы непосредственное практическое значение для нашего земледелия вавиловских "центров""[85].
Критика Вавилова звучала на страницах газет, в стенах Академии наук, ВАСХНИЛ. 4 октября 1937 года в "Правде" появилась статья "На старых позициях", в которой отмечалось, что громадные средства на экспедиции не оправдали себя; что институт, вместо сортов, дал сотни монографий и ботанических описаний. В 1937 году было урезано финансирование ВИРа. В Учёный совет института был введён, независимо от Вавилова и вопреки его желанию, ряд новых членов. В мае 1939 года президиум ВАСХНИЛ, после обсуждения отчёта ВИРа, признал его работу неудовлетворительной.
В те же годы к публичной критике Вавилова начали добавляться письма в парторганы и НКВД с требованиями расследования его деятельности. Так, 27 марта 1935 года, в письме на имя Сталина вицепрезидент ВАСХНИЛ Бондаренко и парторг академии Климов, утверждали, что "в качестве Президента он (Вавилов) фактически представляет в настоящее время отрицательную величину, фигурируя, как таковой, лишь в торжественных случаях… борьба за решительный поворот и перестройку науки в сторону практических запросов социалистического сельскохозяйственного производства, на что указывал т. Сталин на XVII съезде партии, вызывает глухое сопротивление части старых научных работников". 7 марта 1939 г. Г. Шлыков, тогдашний заведующий отделом интродукции ВИРа, направил письмо в НКВД с предложением расследовать связи Вавилова с уже осуждёнными за троцкизм бывшими наркомземами Яковлевым и Черновым.
Падение политических покровителей. В 1937-38 гг. были репрессированы многие высокопоставленные партийные деятели, дружески относившиеся к Вавилову: Я. Яковлев, Г. Каминский, К. Бауман Был также арестован ряд троцкистов в системе наркомзема: А. Муралов, с 1933 года зам. наркомзема, с июня 1935 года (после Вавилова) президент ВАСХНИЛ и другие. В феврале 1938 года очередь дошла до Н. Горбунова.
Дело в НКВД. В деле Вавилова продолжали накапливаться показания, которые давали против него на допросах в 1937-38 гг. бывшие руководители сельского хозяйства и аграрной науки СССР, включая Н. Тулайкова, Г. Мейстера и других.
83
Коль А. К. "Реконструкция растениеводства СССР" // "Социалистическая реконструкция сельского хозяйства", 1936 г., № 10, стр. 88–94.
85
Шлыков Г. "Менделизм и последовательный дарвинизм" Л., 1939 г. Архив РАН, ф.1521, оп.1, д.270.