Еврейская Энциклопедия ещё предполагает, что Иоанн III «из политических соображений не выступал против ереси. С помощью Схарии он надеялся усилить своё влияние в Литве», а кроме того, хотел сохранить расположение влиятельных крымских евреев: «князя и владетеля Таманьского полуострова Захарии де Гвизольфи» и крымского еврея Хози Кокоса, близкого к хану Менгли-Гирею[39].
После Собора 1490 Зосима ещё несколько лет гнездил тайное общество, но был раскрыт и он, и в 1494 великий князь повелел ему, без суда и шума, как бы добровольно удалиться в монастырь. «Ересь, однако, не ослабела: одно время (1498) последователи её едва не захватили в Москве всей власти и ставленник их Димитрий, сын княгини Елены, был венчан на царство»[40]. Но вскоре Иван III помирился с женой Софьей Палеолог, и с 1502 трон наследовал её сын Василий. (А Курицын к тому времени умер.) И еретики после Собора 1504 одни были сожжены, другие заточены, третьи бежали в Литву, «где формально приняли иудаизм»[41].
Отметим, что преодоление ереси «жидовствующих» дало толчок духовной жизни Московской Руси конца XV – начала XVI века, осознанию необходимости духовного просвещения, школ для духовенства, а с именем епископа Геннадия связано собирание и издание на Руси первой церковно-славянской Библии, ещё не существовавшей как единое собрание на православном Востоке. С изобретением книгопечатания «через 80 лет эта самая Геннадиева Библия… напечатана была в Остроге (1580–82 г.), как первопечатная церковно-славянская Библия, и тогда ещё опередившая этим своим появлением весь православный Восток»[42]. Широко обобщает это явление и академик С. Ф. Платонов: «Движение „жидовствующих“ несомненно заключало в себе элементы западно-европейского рационализма… Ересь была осуждена; её проповедники пострадали, но созданное ими настроение критики и скепсиса в отношении догмы и церковного строя не умерло»[43].
Современная Еврейская Энциклопедия напоминает «предположение, что резко отрицательное отношение к иудаизму и евреям в Московской Руси, неизвестное там до начала 16 в.», повелось от этой борьбы с «жидовствующими»[44]. По духовным и государственным масштабам события это вполне правдоподобно. Но Ю. И. Гессен оспаривает такое мнение: «знаменательно, что столь специфическая окраска ереси, как „жидовская“, не помешала успеху секты и вообще не возбудила в ту пору враждебного отношения к евреям»[45].
В эти века, с XIII по XVIII, в соседней Польше создавалась, росла и укреплялась в своём устойчивом быте крупнейшая еврейская община, которой предстояло основать массив будущего российского еврейства, к XX веку главной части еврейства мирового. С XVI века происходило «значительное переселение польских и чешских евреев» на Украину, в Белоруссию и в Литву[46]. В XV веке еврейские купцы из Польско-литовского государства ещё свободно приезжали и в Москву. Но это изменилось при Иоанне Грозном: въезд еврейским купцам был запрещён. А когда в 1550 польский король Сигизмунд-Август потребовал, чтоб им был дозволен свободный въезд в Россию, Иоанн отказал в таких словах: «в свои государства Жидом никак ездити не велети, занеже в своих государствах лиха никакого видети не хотим, а хотим того, чтобы Бог дал в моих государствах люди мои были в тишине безо всякого смущенья. И ты бы, брат наш, вперёд о Жидех к нам не писал»[47], они русских людей «от христианства отводили, и отравные зелья в наши земли привозили и пакости многие людям нашим делали»[48].