Армяне, переселившиеся в Киликию, постепенно попадали под влияние греческой и западной церкви. Симеон Ереванци писал в “Джамбре”: “Когда католикосский престол был переведен в Рум-Кале, и наш народ стал постепенно переселяться туда; духовенство и миряне даже на некоторое время основали там царство. Но так как земля была греческая и заселена греками, то наши [переселенцы] смешались с ними, переняли их обычаи, нравы, язык, одежду, пищу и прочее житейское в такой мере, что только именем “армянин” и григорианским вероисповеданием (и то не все) принадлежали нам, а всем остальным были отдалены и обособлены от армян, оставшихся на родине”. В дальнейшем среди киликийских армян влияние западной церкви усилилось настолько, что в 1439 г. патриарх Киликийской Армении отправил своих представителей на Флорентийский церковный собор, чтобы они заявили о переходе армянской церкви в католичество. Все это вызвало волнение и недовольство феодалов и духовенства Центральной Армении. Чтобы сохранить свою независимость от западной церкви, представители армянского общества во главе с духовенством и светскими феодалами, собравшись в Вагаршапате, решили создать патриарший престол в Центральной Армении, откуда было бы легче вести борьбу против влияния католичества. Этим объясняется учреждение в 1441 г. патриаршего престола в Эчмиадзине. Симеон Ереванци связывает основание патриаршего престола в Эчмиадзине с переводом туда “десницы” Григора Просветителя из Киликии.
В 40-х годах XV в. у армян существовало четыре враждовавших друг с другом патриаршества — Эчмиадзинское, Киликийское, Ахтамарское и Гандзасарское (Агванское).
Для усиления руководящей роли Эчмиадзинского престола церковные и светские феодалы Центральной и Восточной Армении лишили престола слабохарактерного патриарха Киракоса и избрали сына Парон-Джалал-бека Григора Маквеци (1443—1445), выходца из светских феодалов.
Григор Маквеци, энергичный и состоятельный человек, начал приобретать крупные земельные владения и привел в порядок хозяйство Эчмиадзинского престола. В 60-х годах XVI в. эчмиадзинскому патриарху Микаэлу удалось ограничить права гандзасарских и ахтамарских патриархов и поставить их в зависимость от Эчмиадзина. Но борьба не прекращалась, так как гандзасарские патриархи стремились отнять у Эчмиадзина епархии Нахичевань, Гегаркуни, Капан, Лори, а ахтамарские патриархи — Хой, Салмаст, Ван, Арджеш, Хлат, Муш и т. д.
Однако эчмиадзинскому патриарху Микаэлу удалось получить указ шаха о том, что названные епархии принадлежат Эчмиадзину.
После Микаэла Эчмиадзинский престольный центр снова долгое время был в упадке; им управляли два, три, а иногда и четыре патриарха одновременно. В 1455 г. в Эчмиадзине были помазаны два, в 1461 г. — три, с 1476 до 1506 г. — два, в 1557 г. — четыре патриарха; в 1567 г. — четыре патриарха, с 1603 по 1628 г. — три патриарха и т. д.[5].
Каждый из этих патриархов по-своему распоряжался хозяйством и средствами Эчмиадзина и, враждуя с остальными патриархами (“сотоварищами” по престолу), нередко прибегал к помощи иранских властей. Это привело к упадку Эчмиадзина как церковного центра и усилило его зависимость от шахских и ханских властей.
Историк Аракел Даврижеци, рассказывая о патриархах Меликсете и Сааке (первая четверть XVII в.), пишет, что они “из-за своей жадности и властолюбия купили у персидского царя патриаршую власть над св. Престолом Эчмиадзина”[6]. Католикос Меликсет был утвержден шахом Аббасом I с условием, чтобы он каждый год вносил в шахскую казну подать-муката в размере 100 туманов в год. Получив власть, патриархи Меликсет и Саак за взятки рукополагали епископов и священников, которые “были до крайней степени невежественны, негодны, мерзки” и занимались “низкими и мерзкими делами”[7]. И сами патриархи и назначенные ими высшие должностные лица Эчмиадзина фактически были исполнителями воли сефевидских властей, что не могло не вызывать возмущения населения.
Недовольство армянского населения эчмиадзинскими патриархами усиливалось в связи с действиями агентов католической церкви. После “Великого сургуна” (насильственного переселения в Персию), когда католические миссионеры стали раскапывать землю в монастырях св. Гаяне и Рипсиме, чтобы взять мощи святых, среди армян вспыхнули волнения. Собравшиеся у монастырей епископы, вардапеты и крестьяне, узнав, что католикос Меликсет получил от “латинцев” взятку и не собирается принимать никаких мер против них, напали на “латинцев”, избили и прогнали их[8].