Бесс медлил, находясь в нерешительности. Он рассчитывал уйти вглубь пустыни и в союзе с кочевниками систематическими набегами изматывать войско Александра (Arr. Anab. III, 25, 3; 28, 8; Curt. VII, 4, 32)[15]. Это означало сдать не только Бактрию и Согдиану, но и вообще все обжитые земли, что в итоге и лишило его соратников. Не исключено, что принятие Бессом царского титула только внесло разлад в его отношения с бактрийцами, ведь после краха персидской власти бактрийская аристократия хотела обрести свободу и влияние, а не подчиняться новой царской власти. Сперва бактрийцы вернулись домой, затем согдийцы показали дорогу отряду, охотившемуся за Бессом. Он был схвачен в каком-то селении, оставленный почти без защиты. Бесс был выдан Александру, а затем казнен (Diod. XVII, 83, 8-9; Plut. Alex. 43; Arr. Anab. III, 30, 5; IV, 7, 3). "Будет проклят тот, кто сохранит жизнь убившему своего господина", - говорит в "Александрии" Александр перед казнью Бесса[16].
Еще в Бактрах Александр назначил сатрапом Бактрии и Согдианы Артабаза, что было воспринято местной знатью как дружественный жест и вызвало чувство благодарности к царю[17]. Однако Александр не сумел привлечь на свою сторону всю местную аристократию, которая рассчитывала, пользуясь крушением Ахеменидов, завоевать и сохранить в будущем независимое положение. В Центральной Азии неоднократно происходили антиахеменидские восстания.
Армия Александра несла в Бактрию и Согдиану иго ничуть не легче предыдущего, а трагедия Бранхидов заставила видеть в ней жестокую враждебную силу[18]. Бранхиды из Милета были участниками осквернения Дидимейона. Они были переселены персидским царем еще в V в. до н. э. в Согдиану (Curt. VII, 5, 29). Они сдались без боя, а вопрос об их участи Александр передал милетянам, служившим в его войске. Мнения разделились, и Александр решил покарать потомков святотатцев. Александр хотел проявить тем самым свое эллинофильство, но цели не достиг. Наоборот, показал свою жестокость (Diod. XVII, 20; Strab. XI, 518; XIV, 634; Curt. VII, 5, 28-35). Особенно чудовищным это казалось эллинам, так как Бранхиды сдались на милость Александру. Расправа над ними вызвала также сопротивление Согдианы захватчикам[19].
Политика основания новых городов вызвала недовольство согдийской знати, земли которой отчуждались к новопоселенцам. Самой плодородной земли было в Согдиане немного. Даже прохождение войск требовало большого напряжения экономики не слишком богатой страны. Восстание было вызвано также предчувствием нарушения традиций новопоселенцами во всех областях жизни: и духовной, и материальной сфере. В отличие от Александра Кир, покорив Согдиану, по-видимому, не стал менять устоявшиеся обычаи, так как согдийцы и бактрийцы, как и персы, были иранцами [20].
Сопротивление бактрийцев и согдийцев греко-македонским войскам доходило до крайности. Это была настоящая партизанская война, в которой македонские войска не раз терпели поражение[21]. Партизанскую войну возглавил один из согдийских вождей, Спитамен. Будучи талантливым полководцем, он неоднократно побеждал и истреблял отдельные греко-македонские отряды, заманивая их в ловушку (Arr. Anab. IV, 5, 2-8; IV, 16, 4-5). Спитамен даже попытался вернуть согдийцам Мараканды (совр. Самарканд), осадив в них македонский гарнизон, но Александр вовремя подошел к Мараканде (Arr. Anab. IV, б, 3-5). После чего греко-македонские войска подвергли опустошению долину Зеравшана. Александр приказал "жечь села и убивать всех взрослых". "Бесчеловечным свирепством над местным населением рассчитывает завоеватель навести ужас, убить любовь его к независимости, попытки его к борьбе с чужеземцами"[22]. Диодор пишет, что воины Александра истребили здесь 120 тысяч человек, а остальных обратили в рабство. В Бактрии и Согдиане греко-македонские войска истребляли или обращали в рабство население и стирали города с лица земли[23].