Як за життя, так і після смерті Драгоманова часто вважали атеїстом. Це було однією з головних причин ворожого ставлення до нього, так само як причиною його популярності в інших колах. Така інтерпретація можлива на основі певних його праць, де він нападає на церкву як на причину багатьох кривавих воєн і непотрібних битв і закликає до раціоналізму в релігійних справах. Однак Драгоманов не пропонує раціоналістичної ерзац-релігії в стилі позитивізму Огюста Конта чи всеохопної ідеології марксизму. При детальнішому розгляді видно, що позитивізм Драгоманова можна обмежити до вимог свободи наукових досліджень, якій би не перешкоджали релігійні чи якісь інші заборони. В одній із своїх популярних брошур він дає чудову інтерпретацію міфа про Прометея, як давнього, але вічно нового символу людського духу, що безстрашно штурмує небо[328]. У зв’язку з вивченням фольклору та етнографії Драгоманов мав науковий інтерес до проблем історії релігій. Він намагався поширити серед українців дослідження історії релігій та біблійної критики. В суспільстві, де релігія майже наскрізь ототожнювалась із традиційним віруванням та усталеними церквами — православною та уніатською, цього було досить, щоб присвоїти Драгоманову репутацію атеїста. Він уважав релігійну ситуацію в Росії патологічною. Там, завдяки цензурі і царській політиці загалом, навіть найосвіченіші люди не бачили іншої альтернативи, ніж державна православна церква (котра була відсталою навіть порівняно з візантійською церквою IV–VIII ст.) або вульгарний матеріалізм нігілістів[329]. Немає сумніву, що Драгоманов з усієї сили намагався вказати українському народові третій шлях виходу з цієї дилеми.
Кожен, хто читає праці Драгоманова, не може не помітити уваги, якої автор надає протестантству, уваги, непропорційно великої проти його справжньої ролі в житті українського народу. Він досліджує всі єретичні впливи в українській релігійній історії, від маніхейства до гуситства, кальвінізму й социніанства. Його також надзвичайно цікавили світські братства XVI–XVII ст. Вони представляли демократичні елементи в правлінні православної церкви в Україні, контролюючи ієрархію, сприяючи розвиткові школи та книгодрукування і чинячи опір войовничому католицизмові польської контрреформації. В другій половині XIX ст. селяни підросійської України, невдоволені офіційною православною вірою, заснували євангелічний рух, що дістав назву штундизму. Незважаючи на жорстокі переслідування з боку царського уряду, штундизм ставав дедалі важливішим і з плином часу набув характеру протестантської секти, спорідненої з західним баптизмом. Драгоманов з неослабним інтересом слідкував за розвитком штундизму. Ще в 1875 році він намагався забезпечити їх українськими перекладами Біблії[330]. На початку 90-х рр. він написав низку брошур, серед них одну в 1893 р. про Джона Вікліфа, маючи на меті ознайомити українських селянських реформаторів із традиціями західного протестанства. В той же час він закликав своїх галицьких товаришів пропагувати в підавстрійській Україні рух, подібний до штундизму на підросійських землях. Драгоманов навіть висунув основні принципи “Руського братства”[331]. Смерть перешкодила йому написати ще дві заплановані брошури: одну — про Роджера Вільямса, другу — про Джона Лейденського. Перша мала проілюструвати стосунки між просвіченим християнством і соціально-політичним поступом, друга — небезпеку фанатичного сектанства[332].
331
Див.: Переписка Михайла Драгоманова з Михайлом Павликом. — Т. 6. — С. 184. Ці принципи визнають Боже батьківство, братерство всіх людей і самоуправління всіх громад трьох або більше членів “Руського братства”.Див.: Переписка Михайла Драгоманова з Михайлом Павликом. — Т. 6. — С. 184. Ці принципи визнають Боже батьківство, братерство всіх людей і самоуправління всіх громад трьох або більше членів “Руського братства”.